Improbizer Results

Improbizer will display the results in parts. First it will display the profiles (consensus sequences with the probability of each base at each position) individually as they are calculated. The position of a profile in a sequence is indicated by upper case. The strength of the profile match is indicated by the score on the left. There will be a delay during this phase as each profile is calculated. Second Improbizer will display all profiles at once over each sequence. Each profile has it's own color and the stronger the profile matches the darker it will appear in the sequence. Finally there will be a graphic summary of all the profiles at the end, using the same color conventions.

Looking for 4 motifs in 36 sequences. Longest sequence is 150 bases.

Settings are use location; don't include reverse complement; 1 occurrences per sequence; right align; restrain expansionist tendencies 6.000000; number of sequences in initial scan 1000; background model m2; background data fa/mm2.control.gold.up.fa;

5.3572 @ 70.27 sd 23.84 CTTTAGTT
	a  0.003 0.085 0.196 0.058 0.770 0.058 0.085 0.027 
	c  0.908 0.247 0.195 0.003 0.223 0.330 0.165 0.086 
	g  0.086 0.058 0.031 0.413 0.003 0.609 0.003 0.305 
	t  0.003 0.610 0.578 0.526 0.003 0.003 0.747 0.582 
 6.09 G6872891@J907741@j_at.+.chr1:60594009-60594159      tcttataagtgagagtctagaaaaaattgagtatgattcttttcataaaacacccagaaacatttgtgagagatactgccagtaCTTGACCTgttcttcccattgatttaaataaacgctgttttcctctgttctttgcctgtactgcag
 5.45 G6814999@J908899@j_at.+.chr1:160367178-160367328    gtggacaatattgaccatctctatcctaatttcttgggtgagtctttgaaattatttttaCTATACTCtttacacaaaaaatatccaaacaatagcttattcagaaatcccaactcagaagtaagcaagtttttctttgttactcaccag
 7.48 G6849168@J911119_RC@j_at.-.chr10:91329316-91329466  gaactcatctttctacctagttgtggctggtggctaaagctgcatactagtgatagtactataccaaaaggaaatagtttttttttttccttcccCTCGACTTccttagtctctgaagaaataattgatcttttttcttcaatcaaacag
 5.04 G6882959@J912548@j_at.+.chr11:60308581-60308731     tgacgctgccaaccttggagaaatgaagtcaaggatcccagtgtgctctcagatggatgtgtctggggggtgggggagagggcctggCCAGCGTGctgcatttagaactgattgtgtgtgtgtcttattttttgctctttcctctgacag
 5.73 G6857633@J913660@j_at.+.chr11:88243258-88243408     aaggtcttggaggaaggactaggtcagttttgtgggaggtgcctgctggtagcCTCTCGTGatggagataaggatggtagggggtccccgccccgtgcccgaataagctgtgttacctggatggcccttcctcacctacctggggtacag
 5.30 G6931276@J913814@j_at.+.chr11:95752018-95752168     acggctaggctttccctcaggaaagctgtgaagggttgacacccacaccccctccacgtgccaggCATGAGTGgtgagggctgggttactgtaggtagggtcatgttagaggcatgggggcccacgtaagagggcttttgcctgctgcag
 4.36 G6902949@J913965_RC@j_at.-.chr11:96051369-96051519  taatagagataagatagcaatgaccaatagcaagaacacttttacattcaaaGTATAGTGcaactacaggggattatcaaaaattcttttgctttaagtaaatgtagtcttagaagcaggtggatttattgacattgttgatggttgcag
 4.85 G6864761@J916227@j_at.+.chr12:100061897-100062047   aattatttaatctcaaaaagcccctttagaagagactctgaactattttacttcctctttatagttttgaaaactttataaattaaagCGTTAATTggcagataatctaaatttcattttggagaataaagcttttttttttaaaaacag
 4.75 G6899622@J916373@j_at.+.chr12:105924611-105924761   caacaaatgctgcttttattaatattgaccagaagaggagccctgatgtttgtttttgtttgttttttctattctttCTATAATTagattttctgtttaatttgtaaaagtcttttctgttaatttttttttggcttaatttctttttag
 4.94 G6909211@J916431@j_at.+.chr12:107302119-107302269   acttcttactcccctctgtccttgcacctcaagacctagggtcctcctcCCTGCGCTggagagacatcctgaggctttcctctggggaggatctgataatcatgaggtgctctttatccaatggtgtcttgtctctttctcatcccctag
 4.03 G6949158@J918471_RC@j_at.-.chr14:37418272-37418422  gacagaagcctagaggtgcgctccttgtgggctaggcttaatcagcctatttggaatgtggttcttaacgattggccactgcaacactgaaggccatttgtaactatcagcCTTGCCTTtacaccgcgtattgtttgtttttcttcacag
 5.46 G6912708@J918654_RC@j_at.-.chr14:43771742-43771892  ttcatcctctcctgtcttgttttttgtccctctttctgtatttggtgtctgttggtctctCTTTACCTacctttttgtgtccgtctctccatttgctgtctgtctctgtccgtgtgtgtctgtgtgtgtctgtgtgtcgtgtctctccag
 6.25 G6937960@J920661_RC@j_at.-.chr15:84170695-84170845  ccacatgtctgactaaaataatcttccatcaacacccttctcctctcatcggaagaggagccgctataaccctagagatactgtcttcctcagcagggcCTTTAGTGggcccccagctgtggtccctgaaagctctctttctccccatag
 5.44 G7138543@J921334@j_at.+.chr16:4379884-4380034       tgatgcagaattttggttgtgttaagtctaCCATAGTTttagagttcctgggtgtgcttggaggcagaaagccagagcctgtctcaccctgctggtccccacgccatgtggaggtagaagttgtaaaacatgtgatttttattttgacag
 6.00 G7027861@J921855@j_at.+.chr16:22872515-22872665     ggtgattgattctatacagttgggattttcttggtgttgctggtagcattttgactgattccctgGTTTAGTTatagtggcttttatccctaaataaattgaattgtactttgttatatgatgtaaaaaaagactttttaaaaaatacag
 6.00 G6943303@J922369_RC@j_at.-.chr16:85667063-85667213  aattcagtccctcaaggaagacttaaagtagctgcttcctccgttcagcccaggtcaccactgggaggatcagggCTTAAGTTgagtaagtatgtatgtgaacagccagaagatgtcttttctcgctaaatgtggttcccctctgattag
 5.73 G7003688@J922441@j_at.+.chr16:95331116-95331266     tacttagactggagatcaaccaggctcctgaggaaaaggaacaaactcagagcaatccaatgagaaagCCCGAGATgagttccgaaaccacaaaccatacatactttcaccttttaccagataaaaatcagaataattttcttcttttag
 7.05 G6966427@J922632_RC@j_at.-.chr17:3190002-3190152    agagggatgctcaaaatcacttcaaaatcagccccaccctcggcatcccatagcacttctgcctactacagtatgccctgcacgcaaagaccctttctgaccCTTGCGTTtggacgagatcatctttctcacagctaccatgtccttcag
 5.05 G6980115@J924138@j_at.+.chr17:55758391-55758541     ggagggtgaagcctgggttcccccggtcctgagcaatgtaacCTCTACTGttagcaaagtgagtctttacaagacctgagaagagcccagggtgtatgtctctatgggtggggctgggaacagaactctaagccttggctgcccacttag
 3.98 G6979996@J924335_RC@j_at.-.chr17:63406157-63406307  tttgttatctatttacttatgttttattttttaattgaatgagcaCCTGACTCaacgtaggcatcagcagtcctacctagcccataatgactccatctgacaaaaataacttagtgtatgatggtagtttatgtctgttctgatttgcag
 1.81 G6995328@J926515@j_at.+.chr19:26965931-26966081     gctggcgaaggatctgcctggcttccactacccagtgtgcctgtgtaCCTGACCActgagccccaggtgttgcacttccaggcagcacgggagcagcaactttgcactgaccagtttggaggctcttttgagactgtatgtcatcaacag
 5.91 G6995328@J926518@j_at.+.chr19:26976216-26976366     tcagatatgtccactttaccagttaattccgcagtgggttgtctttattacctggaattaaaataacctttcagCATTACTTctctggactacacagtcagcaactcaggaaccttggccttaaccgggttcttggtttttataatccag
 7.25 G7055471@J926782_RC@j_at.-.chr19:40026648-40026798  atagaagttgtgtccgtaagtccctttgacagtgatctttaatgtctcttccttgttcaccgatgccttcctCCTTAGTTgcttatgtggccattttccgttaagctggaccagatgattcactgcctgttttatgcaatttcatggcag
 6.23 G7004866@J926970@j_at.+.chr19:47553801-47553951     tctttcccaccaactaatgcttctgctgatgcatggtgaaaggaatctttttaacagCTTTAGTCttgatctgtagctttctgctcacacgcacacgctttctgtggaggaagtgtcattccccaccgcccgcgtgcttgtgtactgtag
 4.13 G7042652@J927155_RC@j_at.-.chr19:57084707-57084857  tgtccagttctgtggtggcagcggtgttcggagttctagctctggactctggggcactcagtgaagaatggagactcctgtctgtggggtggtaccaccactgCCGTACTGacccatagctaagcatccctggttcccatctagatgcag
 3.18 G7049748@J928034@j_at.+.chr2:35687333-35687483      ggcacactcttaccccgcccaaccctccagcagcaggtgtgggcagtgctagcaggaagtgagtgcctcatCACTAGAGgtatgcaagtaggagggatttacccatgtgacctcagactctgacactgagattcctggacccttttccag
 5.00 G6970069@J928301_RC@j_at.-.chr2:53691167-53691317   ggccttattcttttttaaaaaataattaaagtttatgcaaattttaaatgatgtaacattttttgtgggctcttattttcttgttgCTCTAGATctcagttctatagattttaaatagatttttatttgatttgattccattgaaactag
 5.19 G7132446@J930316_RC@j_at.-.chr2:166755045-166755195 cacaagtttttaaaggccccagtcacctgtaagcacatccaGTCGAGTGgcctacatgaaggaacagctagccatgggtgtcggcccctggggttgtgtgcaatttcagctgtgatggattctaaggctacctgtgctctcttcagttag
 5.02 G7050388@J932165@j_at.+.chr3:127324379-127324529    aaattgctatttaatgtagaagggatgggtgcaaatgtattgggccgggggctagttttctctgcatatctCGTAAGTGttaagggataaagcctatttaagaaaacttccttttatgccaggtggcttaaatggggcttctcttaatag
 6.51 G7052903@J932422_RC@j_at.-.chr3:139486768-139486918 tgatttctcaacaagacattccgtcaccccgCTTGAGTTtattttcaatttattaaatgaagaatagcaaaccgtgttatgttttgtatttgaaattgcaaggtacatttcctttttattttatttttaatttaactctttgttttacag
 4.63 G7102920@J935010_RC@j_at.-.chr4:143261858-143262008 catggccaggatctgtccctctcctccttgtttgtttgtccctgtgctggctcctttccgtctctgcttggcaggggttggattcttatcatggctccaagagtctgctgtgccctttaccctctgtactCTTTCGTTtcaatttctcag
 5.75 G7049941@J935306@j_at.+.chr5:14746120-14746270      gtcatggactctatgggacaaatattttgagttgtgagtgtatcatttgttctgtttcttgtcaaggaaatagctgaCTAGAGCTgactggaggatagaattcttatgttaatatgtaggataatgaactccgtttttctgttgcttcag
 5.36 G7184815@J939110@j_at.+.chr6:89683694-89683844      gttgttataacgagactttcgcagggattcagacccagagttaacacccagttgtgatccagttgggtctgaCTTGCCTGctgggaaaggtgggcagctcgtagtctccctcttcctgagctgcgcccacgctgtctccacaccctgcag
 5.45 G7151520@J941822_RC@j_at.-.chr7:68631168-68631318   taagaagatgacgaaaagcctgctttgtgtggagttaCCTTCGCTgttccgtactgtccaaggccactctgctcccaaagccactcctcctgggcgagccagggctagggatgtggaagaagaggtcatcctgcttttctctcctaccag
 5.85 G7240091@J945309_RC@j_at.-.chr8:104324864-104325014 aagcgtcatgccttgaggcagagccaggtttttattttagtgttcCTAGACTTttggggttagttgtgttttgaagagttcttgtggcgaagatttatttttgtggaaaactagcctcatctctctgactttcacttctctgggatgtag
 6.59 G7224708@J948118@j_at.+.chr9:119301624-119301774    tatagatagatttagttatatatctaaaaagagctccaaagtttcatttcagtactatgaaatataccaaacaccttgctttttatttttaaaacaactctgactcCTTTAGTTcctgatcttttttataaacttttcttttccttatag
4.7860 @ 31.65 sd 23.52 TGACGAA
	a  0.030 0.084 0.615 0.361 0.003 0.641 0.776 
	c  0.030 0.086 0.085 0.467 0.323 0.003 0.003 
	g  0.003 0.826 0.222 0.086 0.506 0.247 0.114 
	t  0.937 0.003 0.078 0.086 0.168 0.109 0.107 
 3.07 G6872891@J907741@j_at.+.chr1:60594009-60594159      tcttataagtgagagtctagaaaaaatTGAGTATgattcttttcataaaacacccagaaacatttgtgagagatactgccagtacttgacctgttcttcccattgatttaaataaacgctgttttcctctgttctttgcctgtactgcag
 5.20 G6814999@J908899@j_at.+.chr1:160367178-160367328    gtggacaatatTGACCATctctatcctaatttcttgggtgagtctttgaaattatttttactatactctttacacaaaaaatatccaaacaatagcttattcagaaatcccaactcagaagtaagcaagtttttctttgttactcaccag
 5.69 G6849168@J911119_RC@j_at.-.chr10:91329316-91329466  gaactcatctttctacctagttgtggctggTGGCTAAagctgcatactagtgatagtactataccaaaaggaaatagtttttttttttccttcccctcgacttccttagtctctgaagaaataattgatcttttttcttcaatcaaacag
 5.90 G6882959@J912548@j_at.+.chr11:60308581-60308731     tgacgctgccaacctTGGAGAAatgaagtcaaggatcccagtgtgctctcagatggatgtgtctggggggtgggggagagggcctggccagcgtgctgcatttagaactgattgtgtgtgtgtcttattttttgctctttcctctgacag
 4.82 G6857633@J913660@j_at.+.chr11:88243258-88243408     aaggtctTGGAGGAaggactaggtcagttttgtgggaggtgcctgctggtagcctctcgtgatggagataaggatggtagggggtccccgccccgtgcccgaataagctgtgttacctggatggcccttcctcacctacctggggtacag
 3.92 G6931276@J913814@j_at.+.chr11:95752018-95752168     acggctaggctttccctcaggaaagctgTGAAGGGttgacacccacaccccctccacgtgccaggcatgagtggtgagggctgggttactgtaggtagggtcatgttagaggcatgggggcccacgtaagagggcttttgcctgctgcag
 7.69 G6902949@J913965_RC@j_at.-.chr11:96051369-96051519  taatagagataagatagcaaTGACCAAtagcaagaacacttttacattcaaagtatagtgcaactacaggggattatcaaaaattcttttgctttaagtaaatgtagtcttagaagcaggtggatttattgacattgttgatggttgcag
 5.13 G6864761@J916227@j_at.+.chr12:100061897-100062047   aattatttaatctcaaaaagcccctttagaagagactcTGAACTAttttacttcctctttatagttttgaaaactttataaattaaagcgttaattggcagataatctaaatttcattttggagaataaagcttttttttttaaaaacag
 5.28 G6899622@J916373@j_at.+.chr12:105924611-105924761   caacaaatgctgcttttattaatatTGACCAGaagaggagccctgatgtttgtttttgtttgttttttctattctttctataattagattttctgtttaatttgtaaaagtcttttctgttaatttttttttggcttaatttctttttag
 2.77 G6909211@J916431@j_at.+.chr12:107302119-107302269   acttcttactcccctctgtccttgcacctcaAGACCTAgggtcctcctccctgcgctggagagacatcctgaggctttcctctggggaggatctgataatcatgaggtgctctttatccaatggtgtcttgtctctttctcatcccctag
 4.71 G6949158@J918471_RC@j_at.-.chr14:37418272-37418422  gacagaagcctagaggtgcgctccttgtgggctaggcttaatcagcctatttggaatgtggttctTAACGATtggccactgcaacactgaaggccatttgtaactatcagccttgcctttacaccgcgtattgtttgtttttcttcacag
 1.09 G6912708@J918654_RC@j_at.-.chr14:43771742-43771892  ttcatcctctcctgtcttgttttttgtccctctttctgtatttggtgtctgttggtctctctttacctacctttttgTGTCCGTctctccatttgctgtctgtctctgtccgtgtgtgtctgtgtgtgtctgtgtgtcgtgtctctccag
 5.95 G6937960@J920661_RC@j_at.-.chr15:84170695-84170845  ccacatgtcTGACTAAaataatcttccatcaacacccttctcctctcatcggaagaggagccgctataaccctagagatactgtcttcctcagcagggcctttagtgggcccccagctgtggtccctgaaagctctctttctccccatag
 4.33 G7138543@J921334@j_at.+.chr16:4379884-4380034       tgaTGCAGAAttttggttgtgttaagtctaccatagttttagagttcctgggtgtgcttggaggcagaaagccagagcctgtctcaccctgctggtccccacgccatgtggaggtagaagttgtaaaacatgtgatttttattttgacag
 5.13 G7027861@J921855@j_at.+.chr16:22872515-22872665     ggtgattgattctatacagttgggattttcttggtgttgctggtagcatttTGACTGAttccctggtttagttatagtggcttttatccctaaataaattgaattgtactttgttatatgatgtaaaaaaagactttttaaaaaatacag
 3.75 G6943303@J922369_RC@j_at.-.chr16:85667063-85667213  aattcagtcccTCAAGGAagacttaaagtagctgcttcctccgttcagcccaggtcaccactgggaggatcagggcttaagttgagtaagtatgtatgtgaacagccagaagatgtcttttctcgctaaatgtggttcccctctgattag
 5.20 G7003688@J922441@j_at.+.chr16:95331116-95331266     tacttagactggagatcaaccaggctccTGAGGAAaaggaacaaactcagagcaatccaatgagaaagcccgagatgagttccgaaaccacaaaccatacatactttcaccttttaccagataaaaatcagaataattttcttcttttag
 3.26 G6966427@J922632_RC@j_at.-.chr17:3190002-3190152    agagggaTGCTCAAaatcacttcaaaatcagccccaccctcggcatcccatagcacttctgcctactacagtatgccctgcacgcaaagaccctttctgacccttgcgtttggacgagatcatctttctcacagctaccatgtccttcag
 5.27 G6980115@J924138@j_at.+.chr17:55758391-55758541     ggagggtgaagcctgggttcccccggtccTGAGCAAtgtaacctctactgttagcaaagtgagtctttacaagacctgagaagagcccagggtgtatgtctctatgggtggggctgggaacagaactctaagccttggctgcccacttag
 5.39 G6979996@J924335_RC@j_at.-.chr17:63406157-63406307  tttgttatctatttacttatgttttattttttaatTGAATGAgcacctgactcaacgtaggcatcagcagtcctacctagcccataatgactccatctgacaaaaataacttagtgtatgatggtagtttatgtctgttctgatttgcag
 7.29 G6995328@J926515@j_at.+.chr19:26965931-26966081     gcTGGCGAAggatctgcctggcttccactacccagtgtgcctgtgtacctgaccactgagccccaggtgttgcacttccaggcagcacgggagcagcaactttgcactgaccagtttggaggctcttttgagactgtatgtcatcaacag
 1.57 G6995328@J926518@j_at.+.chr19:26976216-26976366     tcagatatgtccactttaccagttaattccgcagtgggttgtctttattacctggaattaaaataacctttcagcattacttctcTGGACTAcacagtcagcaactcaggaaccttggccttaaccgggttcttggtttttataatccag
 5.49 G7055471@J926782_RC@j_at.-.chr19:40026648-40026798  atagaagttgtgtccgtaagtccctttgacagtgatctttaatgtctcttccttgtTCACCGAtgccttcctccttagttgcttatgtggccattttccgttaagctggaccagatgattcactgcctgttttatgcaatttcatggcag
 4.83 G7004866@J926970@j_at.+.chr19:47553801-47553951     tctttcccaccaactaatgcttctgctgatgcaTGGTGAAaggaatctttttaacagctttagtcttgatctgtagctttctgctcacacgcacacgctttctgtggaggaagtgtcattccccaccgcccgcgtgcttgtgtactgtag
 6.28 G7042652@J927155_RC@j_at.-.chr19:57084707-57084857  tgtccagttctgtggtggcagcggtgttcggagttctagctctggactctggggcactcagTGAAGAAtggagactcctgtctgtggggtggtaccaccactgccgtactgacccatagctaagcatccctggttcccatctagatgcag
 3.11 G7049748@J928034@j_at.+.chr2:35687333-35687483      ggcacactcttacccCGCCCAAccctccagcagcaggtgtgggcagtgctagcaggaagtgagtgcctcatcactagaggtatgcaagtaggagggatttacccatgtgacctcagactctgacactgagattcctggacccttttccag
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