Improbizer Results

Improbizer will display the results in parts. First it will display the profiles (consensus sequences with the probability of each base at each position) individually as they are calculated. The position of a profile in a sequence is indicated by upper case. The strength of the profile match is indicated by the score on the left. There will be a delay during this phase as each profile is calculated. Second Improbizer will display all profiles at once over each sequence. Each profile has it's own color and the stronger the profile matches the darker it will appear in the sequence. Finally there will be a graphic summary of all the profiles at the end, using the same color conventions.

Looking for 4 motifs in 36 sequences. Longest sequence is 150 bases.

Settings are use location; don't include reverse complement; 1 occurrences per sequence; right align; restrain expansionist tendencies 6.000000; number of sequences in initial scan 1000; background model m2; background data fa/mm2.control.gold.down.fa;

5.1675 @ 113.58 sd 17.71 CTTGTCT
	a  0.142 0.086 0.114 0.003 0.084 0.030 0.115 
	c  0.494 0.254 0.136 0.078 0.003 0.799 0.107 
	g  0.334 0.083 0.167 0.916 0.003 0.003 0.003 
	t  0.030 0.577 0.583 0.003 0.909 0.168 0.775 
 7.54 G6872891@J907741@j_at.+.chr1:60594317-60594467      gttagctctcccccatgttgcatctaaacctttacaaaccttaatttaccatgtttgtcagactctcctgcaggtcacctgtgctaggtacagtctttcagtcaagatatgggttccCTTGTCTaagtaacattttaaacccataaatca
 5.70 G6814999@J908899@j_at.+.chr1:160367369-160367519    gttagtaccatttcttgttatatttcagttccataaaagaaaacccaacatgcccttagaattttggacacatgtttggacagaatgtaggtttcaaggaGTTGTCAgaggtttaggacaagtttatgtctccacatgtagtattgcatg
 4.70 G6849168@J911119_RC@j_at.-.chr10:91329041-91329191  gtttgtgttgcatgctggactaaaacgttctgttgaaacgtgagttgtaagatatagactgctactaacaagctgtgtggaaacctaattgcccaggaggtaagttgatgcacactaataCGAGTCCatattaaaatgcacggtgtgtct
 5.27 G6882959@J912548@j_at.+.chr11:60308797-60308947     gtaaaccacttctcactctgcccactgccctcacaggcggctctgcatgcactctcacacctccatagcacatctctatgtaattatcttcactcatctttctctgacaaacacacacCCAGTCTacatgagatctcaataactgtcctg
 4.96 G6857633@J913660@j_at.+.chr11:88243527-88243677     gcaagtccagtatcctattgtgcaggggcgtgatcagctctatccctttgcctcccggtccagaaccatgggaaacattcttcctgctgcatctacCCCGTCCctgcaactaggtccttctgcagtgtgtgggggttggtggggggaggg
 4.48 G6931276@J913814@j_at.+.chr11:95752272-95752422     gtatgtcagcatcctgggcgaaggtggcctataagggggaaaactgctcgcctcaggcattctctctatttccacctgaagccccaagaggctcaaaacctcccaggaggtggaagaagatatcCAAGTCTtcccccatcttctgctctt
 6.65 G6902949@J913965_RC@j_at.-.chr11:96051129-96051279  gtatgggccttgtgacagctctggccagccagtttgagatttgccttgtgaatctcctttgtcccataactgtcttcataggcaagtccatgcctttggtttccaggacaaatcaaaatcaCTGGTCTtccagacatcaacttgaaatca
 4.45 G6864761@J916227@j_at.+.chr12:100062110-100062260   gtatactaacttagcctttagaatgtgcacgggtagacgtgcaggtgtgtggagatagatgcctgtccttgtggtgctgagtcaactggagtgtgtgggGTTCTCTctcactgtttttaagaagcctcttggtttttttaatgttaatta
 5.65 G6899622@J916373@j_at.+.chr12:105924788-105924938   gtaggacttctatatgtacacttactccccagtcctcaccccgcccccaacagctcctgcaattaacatcaggtctggcttttggtcctgttttttgttGTTGTTTatttttgttgttctttgcgttaaaactaaactttctgctaagaa
 4.77 G6909211@J916431@j_at.+.chr12:107302376-107302526   gtatgttgaggcggctttgtggttatctccttgttgtgacagcttgtctgatgacgtgtcctgtcatgtgtttcttttgtgctggcccctatgggattgtggattttgtggactgGTGGTTTtctttagttctgagagattctcagccct
 7.45 G6949158@J918471_RC@j_at.-.chr14:37418038-37418188  gtatggtatatgtcaggagtggcactcagcaccctgaaatgctctccttagaggtctgctcagtgagaaatgggatcagctctctgcgagctgcttcagtgctaccacagcagactatgtgtgtgttCTTGTCTtcaatggtagagttca
 5.66 G6912708@J918654_RC@j_at.-.chr14:43771550-43771700  gtaaccatggggggctgtgctagggtgggaggagaagctcttctgtcccccaactgagagggccccaatctggccctctgcatccctcccatttatcctctcttccctccttttttctatttgaattccttaatctCTGGTCTttcatga
 1.87 G6937960@J920661_RC@j_at.-.chr15:84170422-84170572  gttggtgaacacacacttctctctggcttccacctcgctctctgtgtctcctctctctatccaggggtctcttGGGGTCTcactcctcagcacttcagcaatgcatgggtcctgcaggacctgggcacattccagacctggtgggacagt
 5.05 G7138543@J921334@j_at.+.chr16:4380100-4380250       gtaagtgtgttcggtcatacagctccgttttgcctcaacccttaattttaaaccaacgagtgtgggaggtcatcttaacccaagctaatatgtttaacacactttgtcaaatctgctctccCTAGTCCcggcatccctgcccaggaaggg
 6.71 G7027861@J921855@j_at.+.chr16:22872776-22872926     gtatttatatttgattttcttttgtcatgattatttgatattttaagttgttccagcccaaggcattttgtatgttagcatttctgatagggagtgataggtggtttgtATTGTCTggtactttgtaggaaggtagagagctgttttgga
 4.86 G6943303@J922369_RC@j_at.-.chr16:85666745-85666895  gtaagtggatccttcctccagcctggccacctcttgtctttctcgccactggctctgctctttgtaacagatcgagtttccctcttgttcttgggaatgggcccactgttgctaccactaaccacatgCCTGTCAatttctctaattacc
 4.36 G7003688@J922441@j_at.+.chr16:95331309-95331459     gtgagtatattaatactttaatgctaatttgttgcaagactattaagggaggtctatccatccagtcataccaacataacaaatttatcttttaatatgtatttttagCTTGATTtggttatataggcctgtaatcccagcatttgggaa
 7.27 G6966427@J922632_RC@j_at.-.chr17:3189717-3189867    gtaagatttgcttactctgagcttgccacaacgcctgctgggaataaccaactgcacccctcctgctattgaaaacacagctctaaactgctgctaagtcccttctgacgttccctccacccgggctccttGTTGTCTaactataaggca
 4.86 G6980115@J924138@j_at.+.chr17:55758651-55758801     gtgagtggctacagtccctgtggtcagctgtgttgtcctcaagtctttggggtttggagacagggtttctctgtggagccctgGCTGTCTtagaacttactttgcagaccaggctggcttcaaactcacagagatttacctgcctctgcc
 2.41 G6979996@J924335_RC@j_at.-.chr17:63405821-63405971  gtatgttaaacagagagactcatttacttaagtgtgcattatgcaagaacggcatcaccacatccaaatgtagggtatgccCTTGATTatatgtaggagcccatgttgaacacataggctctgcatggcgcattgctactttgtagggga
 6.57 G6995328@J926515@j_at.+.chr19:26966204-26966354     gtaagaagaccagtgtgcagtggcatatcccagagacccttttcctaaagaaaggcaggcaagggatgctaacttaagcctgaagacccagtgccgctgacccactttgcagtggctttGCTGTCTgctcaatatttgtccttcctaacc
 4.35 G6995328@J926518@j_at.+.chr19:26976450-26976600     gtattgggtccagcactgcaaactgttaatctcaactaactgccgcttaaataattagtgcagcttttaactactggttctgtcccaactggctacttgtgcctaaagcccaaagatttagaccctgcacatcctggatttctCTTGACT
 4.80 G7055471@J926782_RC@j_at.-.chr19:40026330-40026480  gtctgttttggtcaccgccaaccgctgcttgacccaaagcaatatttgcctttctttggcattgccctctgtaggccaatttagttctccaaacagcaCCTGTCAtcctggctttcttagccttgctttggctcttttgtggctggtgaa
 6.88 G7004866@J926970@j_at.+.chr19:47554044-47554194     gtaacagcagcagctgcaggccactcaaccagagagcagcctttctccttcctgccttagcaaaccatgggtgaaagaggagattttagctgtaatcaccatttagtgttgagctttccCCCGTCTgttgatacccagcatctttttttt
 3.94 G7042652@J927155_RC@j_at.-.chr19:57084416-57084566  gtatgcaaccaacagagttaagtcaagtagacaaatgcctaggaaagcgcaaagtgaattgcttaaaaacatgcaaagaaacgtcacagagacaggtaagaaaagtatatagaccaacgagtagatagtgagaagAATGTCTaatagtgt
 4.77 G7049748@J928034@j_at.+.chr2:35687567-35687717      gtaagtagaacacagagccactgtccacccagtgtccaggggagtctagacgattctagagtgggagtggctgaagagcctttgtggatttaaaggtttctcctgtggccgctACTGTCAatgtgttaactcatctgctcctcaacaagg
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 8.58 G7132446@J930316_RC@j_at.-.chr2:166754815-166754965 gtaagtatgaccctgtctcaggggagctgctgggagagtcactcctggcatgcagaagccatgttttgtgtgtctgtgtgtgtccgtgtgggcgtgtcctgtgctttgagtgttggtctccctctgctttgccgtcgccGTCGTCTtctt
 6.12 G7050388@J932165@j_at.+.chr3:127324618-127324768    gtaagtagcatcttgccccacggttctgtgcgatgggggctagttctggaaaagctgcatggctggtgttcttccccttgtgggcattcgctcaacagtctactccgggaagcacatgcGAGGTCTttggaaatccattgtggctttgca
 5.89 G7052903@J932422_RC@j_at.-.chr3:139486471-139486621 gtaaacaaaactgaacacttgctttttctgtgggggaaagtctaaaatcattttcactataatatacaacagacacgtggcacataaaattaagaattcactttacggtgttgggaaattacacaATGGTCTgaggtaccgaactggagc
 1.04 G7102920@J935010_RC@j_at.-.chr4:143261625-143261775 gtaaggaggtggtgtggattcagggagccacacctgagatccaggcaccttgcactgatttttgctactgctgtgcaaacacctaataCTCCTCCactaatagcctgggtcaacgcaaagctcctgatgggcttcgagggctgtactggg
 4.45 G7049941@J935306@j_at.+.chr5:14746327-14746477      gtaacggtgactgaaggtagacagcagtgctttcaaatttgctaaatcagagttgggcccaagcttctgttctcaaagcttagcaatcaaGGTGTCTttccccacactaagcttctggaggcatgaggcagaaatgagcttcccttacaa
 5.72 G7184815@J939110@j_at.+.chr6:89683928-89684078      gtgagcacggccccaccctctgtctcctgggagaatcaggggtgcgtgctgacacactgtagcggtgtggcctgctgctgtggccaaagcttaggggtgtgattgcagctgcttctaggaACTGTCTggcaaccctgacccctgactcct
 5.98 G7151520@J941822_RC@j_at.-.chr7:68630907-68631057   gtgagttaactctgctggctccttgtctcccgtgtctcccgtgatgtcttctcttccatctgctgtcggtgtcccttggtgttatctgctctgagtgagggtctgaggttctctctgtctctaggtcctcatcagaggccacGTTGTTTt
 2.90 G7240091@J945309_RC@j_at.-.chr8:104324560-104324710 gcatgtttgagatttctggttgttccttattgtgttggtgttatgactggctgtctttgcgcagagcgatacatggtatactTTTGTCTtcttgcaaatgtcatttgtaggtgaagatggttctggtaagacaactctcatgaccaaact
 6.69 G7224708@J948118@j_at.+.chr9:119301821-119301971    gttggttggtttggtttggtttggtttggtttggtttggtttggtttggtttggtttggtttggttttcttgagacaggaatttttaatgtagccctggctgtcctggaacaattgataCTCGTTTgccgcctccctcccttcccctcac
8.5394 @ 0.00 sd 1.00 GTAAGT
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	c  0.003 0.058 0.031 0.003 0.086 0.223 
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	t  0.003 0.935 0.140 0.332 0.058 0.524 
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 7.51 G6864761@J916227@j_at.+.chr12:100062110-100062260   GTATACtaacttagcctttagaatgtgcacgggtagacgtgcaggtgtgtggagatagatgcctgtccttgtggtgctgagtcaactggagtgtgtggggttctctctcactgtttttaagaagcctcttggtttttttaatgttaatta
 7.31 G6899622@J916373@j_at.+.chr12:105924788-105924938   GTAGGActtctatatgtacacttactccccagtcctcaccccgcccccaacagctcctgcaattaacatcaggtctggcttttggtcctgttttttgttgttgtttatttttgttgttctttgcgttaaaactaaactttctgctaagaa
 9.77 G6909211@J916431@j_at.+.chr12:107302376-107302526   GTATGTtgaggcggctttgtggttatctccttgttgtgacagcttgtctgatgacgtgtcctgtcatgtgtttcttttgtgctggcccctatgggattgtggattttgtggactggtggttttctttagttctgagagattctcagccct
 8.63 G6949158@J918471_RC@j_at.-.chr14:37418038-37418188  GTATGGtatatgtcaggagtggcactcagcaccctgaaatgctctccttagaggtctgctcagtgagaaatgggatcagctctctgcgagctgcttcagtgctaccacagcagactatgtgtgtgttcttgtcttcaatggtagagttca
 7.98 G6912708@J918654_RC@j_at.-.chr14:43771550-43771700  GTAACCatggggggctgtgctagggtgggaggagaagctcttctgtcccccaactgagagggccccaatctggccctctgcatccctcccatttatcctctcttccctccttttttctatttgaattccttaatctctggtctttcatga
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10.51 G6943303@J922369_RC@j_at.-.chr16:85666745-85666895  GTAAGTggatccttcctccagcctggccacctcttgtctttctcgccactggctctgctctttgtaacagatcgagtttccctcttgttcttgggaatgggcccactgttgctaccactaaccacatgcctgtcaatttctctaattacc
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 8.85 G6966427@J922632_RC@j_at.-.chr17:3189717-3189867    GTAAGAtttgcttactctgagcttgccacaacgcctgctgggaataaccaactgcacccctcctgctattgaaaacacagctctaaactgctgctaagtcccttctgacgttccctccacccgggctccttgttgtctaactataaggca
 8.61 G6980115@J924138@j_at.+.chr17:55758651-55758801     GTGAGTggctacagtccctgtggtcagctgtgttgtcctcaagtctttggggtttggagacagggtttctctgtggagccctggctgtcttagaacttactttgcagaccaggctggcttcaaactcacagagatttacctgcctctgcc
 9.77 G6979996@J924335_RC@j_at.-.chr17:63405821-63405971  GTATGTtaaacagagagactcatttacttaagtgtgcattatgcaagaacggcatcaccacatccaaatgtagggtatgcccttgattatatgtaggagcccatgttgaacacataggctctgcatggcgcattgctactttgtagggga
 8.85 G6995328@J926515@j_at.+.chr19:26966204-26966354     GTAAGAagaccagtgtgcagtggcatatcccagagacccttttcctaaagaaaggcaggcaagggatgctaacttaagcctgaagacccagtgccgctgacccactttgcagtggctttgctgtctgctcaatatttgtccttcctaacc
 6.19 G6995328@J926518@j_at.+.chr19:26976450-26976600     GTATTGggtccagcactgcaaactgttaatctcaactaactgccgcttaaataattagtgcagcttttaactactggttctgtcccaactggctacttgtgcctaaagcccaaagatttagaccctgcacatcctggatttctcttgact
 6.44 G7055471@J926782_RC@j_at.-.chr19:40026330-40026480  GTCTGTtttggtcaccgccaaccgctgcttgacccaaagcaatatttgcctttctttggcattgccctctgtaggccaatttagttctccaaacagcacctgtcatcctggctttcttagccttgctttggctcttttgtggctggtgaa
 6.90 G7004866@J926970@j_at.+.chr19:47554044-47554194     GTAACAgcagcagctgcaggccactcaaccagagagcagcctttctccttcctgccttagcaaaccatgggtgaaagaggagattttagctgtaatcaccatttagtgttgagctttcccccgtctgttgatacccagcatctttttttt
 9.38 G7042652@J927155_RC@j_at.-.chr19:57084416-57084566  GTATGCaaccaacagagttaagtcaagtagacaaatgcctaggaaagcgcaaagtgaattgcttaaaaacatgcaaagaaacgtcacagagacaggtaagaaaagtatatagaccaacgagtagatagtgagaagaatgtctaatagtgt
10.51 G7049748@J928034@j_at.+.chr2:35687567-35687717      GTAAGTagaacacagagccactgtccacccagtgtccaggggagtctagacgattctagagtgggagtggctgaagagcctttgtggatttaaaggtttctcctgtggccgctactgtcaatgtgttaactcatctgctcctcaacaagg
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