Improbizer Results

Improbizer will display the results in parts. First it will display the profiles (consensus sequences with the probability of each base at each position) individually as they are calculated. The position of a profile in a sequence is indicated by upper case. The strength of the profile match is indicated by the score on the left. There will be a delay during this phase as each profile is calculated. Second Improbizer will display all profiles at once over each sequence. Each profile has it's own color and the stronger the profile matches the darker it will appear in the sequence. Finally there will be a graphic summary of all the profiles at the end, using the same color conventions.

Looking for 4 motifs in 56 sequences. Longest sequence is 150 bases.

Settings are use location; don't include reverse complement; 1 occurrences per sequence; right align; restrain expansionist tendencies 6.000000; number of sequences in initial scan 1000; background model m2; background data fa/mm2.control.gold.down.fa;

8.3395 @ 0.00 sd 1.00 GTAAGT
	a  0.003 0.003 0.691 0.532 0.056 0.109 
	c  0.003 0.039 0.021 0.056 0.144 0.180 
	g  0.990 0.003 0.179 0.109 0.708 0.180 
	t  0.003 0.955 0.109 0.303 0.091 0.532 
 8.19 G6872891@J907741@j_at.+.chr1:60594317-60594467       GTTAGCtctcccccatgttgcatctaaacctttacaaaccttaatttaccatgtttgtcagactctcctgcaggtcacctgtgctaggtacagtctttcagtcaagatatgggttcccttgtctaagtaacattttaaacccataaatca
 9.13 G6814999@J908899@j_at.+.chr1:160367369-160367519     GTTAGTaccatttcttgttatatttcagttccataaaagaaaacccaacatgcccttagaattttggacacatgtttggacagaatgtaggtttcaaggagttgtcagaggtttaggacaagtttatgtctccacatgtagtattgcatg
 8.17 G6879570@J910939_RC@j_at.-.chr10:81180981-81181131   GTGCGTtttgagggcctggggcccacaggcagttttcacgggggtggggtggggtcactgtccttgatcttggcagtgaactccctcccctcagctggtccctggcccttgaccctgcccttgctcatgcagacatatgacatccaagcc
 7.75 G6849168@J911119_RC@j_at.-.chr10:91329041-91329191   GTTTGTgttgcatgctggactaaaacgttctgttgaaacgtgagttgtaagatatagactgctactaacaagctgtgtggaaacctaattgcccaggaggtaagttgatgcacactaatacgagtccatattaaaatgcacggtgtgtct
 6.16 G6806061@J911506_RC@j_at.-.chr10:127747262-127747412 GTGGGCcctgaagggcggtgcttagagctgtctgtctgtcggaagggcttgccacaggagtggcagggctgggtcaaggtggactggagacctcaccttgggacctggagggcaggggaccctctaaagctcccagccttcccctcctca
 7.03 G6882959@J912548@j_at.+.chr11:60308797-60308947      GTAAACcacttctcactctgcccactgccctcacaggcggctctgcatgcactctcacacctccatagcacatctctatgtaattatcttcactcatctttctctgacaaacacacacccagtctacatgagatctcaataactgtcctg
 7.29 G6937358@J912959@j_at.+.chr11:71196018-71196168      GTAATGgagttgccccctgacttactctcacctctcacttctgccgcctgcttctctggtgatggcgccccctgcagtgcagcttgacacacacagctctgtgtgagcacagctctgatgtgaactctctcccttcacagtaaccctgac
 7.72 G6857633@J913660@j_at.+.chr11:88243527-88243677      GCAAGTccagtatcctattgtgcaggggcgtgatcagctctatccctttgcctcccggtccagaaccatgggaaacattcttcctgctgcatctaccccgtccctgcaactaggtccttctgcagtgtgtgggggttggtggggggaggg
 9.63 G6931276@J913814@j_at.+.chr11:95752272-95752422      GTATGTcagcatcctgggcgaaggtggcctataagggggaaaactgctcgcctcaggcattctctctatttccacctgaagccccaagaggctcaaaacctcccaggaggtggaagaagatatccaagtcttcccccatcttctgctctt
 8.72 G6902949@J913965_RC@j_at.-.chr11:96051129-96051279   GTATGGgccttgtgacagctctggccagccagtttgagatttgccttgtgaatctcctttgtcccataactgtcttcataggcaagtccatgcctttggtttccaggacaaatcaaaatcactggtcttccagacatcaacttgaaatca
 8.23 G6917162@J914007_RC@j_at.-.chr11:98020736-98020886   GTAACCagtcttttaatttatcattaatagacagattgagtaaagccacatagaaaaggatctttggaaggttttgtgctggcttttgcctgagtgtatccttcaggtaatctgcttgcagagttagtgtgtgggaaaggattccccctg
 8.72 G6922064@J915003_RC@j_at.-.chr11:116976713-116976863 GTGAGTgtgtcctctgctgcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntatgaaaccaaggggctgctcactgtctct
10.38 G6869122@J915373@j_at.+.chr12:17855559-17855709      GTAAGTcaccgtgaggccaataggcctacagagcattaggactgtggatggaaggggtggcatttgcagagactgtgggttcagtctcttcagtgatctcagaggacaggtcaggaaactgaggctgagaggtaagaagaaccctgtaag
 6.80 G6864761@J916227@j_at.+.chr12:100062110-100062260    GTATACtaacttagcctttagaatgtgcacgggtagacgtgcaggtgtgtggagatagatgcctgtccttgtggtgctgagtcaactggagtgtgtggggttctctctcactgtttttaagaagcctcttggtttttttaatgttaatta
 7.57 G6876805@J916318@j_at.+.chr12:102947984-102948134    GTACCGacaaccctcctgcccatgtgttgcccaggctctgcggtctcctctgtcccctggctcatgactaacacccccaaccctgtcttgtgtcttagtattaacaacttgctctgggaagggtagtctgctctttcagacctggagaga
 7.46 G6899622@J916373@j_at.+.chr12:105924788-105924938    GTAGGActtctatatgtacacttactccccagtcctcaccccgcccccaacagctcctgcaattaacatcaggtctggcttttggtcctgttttttgttgttgtttatttttgttgttctttgcgttaaaactaaactttctgctaagaa
 9.63 G6909211@J916431@j_at.+.chr12:107302376-107302526    GTATGTtgaggcggctttgtggttatctccttgttgtgacagcttgtctgatgacgtgtcctgtcatgtgtttcttttgtgctggcccctatgggattgtggattttgtggactggtggttttctttagttctgagagattctcagccct
 8.72 G6863122@J916651_RC@j_at.-.chr13:6427696-6427846     GTATGGtttccctcctggagcttctcttttagttgcttagagagggaagaaagctcttgcaacgatatcgccatcaccaacaatgtccgaatgacattaaggcactaacccctctattccctacctgccctcctcctacacccctggccc
 9.21 G6905690@J917710_RC@j_at.-.chr13:101246091-101246241 GTAGGTgctcacgccagagaaacgagcttgctgtgctttgcactgttgggatgtaaaatctcatgtgcttcgactaaaaatattttatgaggctttcttgcattcattatgtagaattttaaatgattcataaatacaagatggaatttg
 8.72 G6949158@J918471_RC@j_at.-.chr14:37418038-37418188   GTATGGtatatgtcaggagtggcactcagcaccctgaaatgctctccttagaggtctgctcagtgagaaatgggatcagctctctgcgagctgcttcagtgctaccacagcagactatgtgtgtgttcttgtcttcaatggtagagttca
 8.23 G6912708@J918654_RC@j_at.-.chr14:43771550-43771700   GTAACCatggggggctgtgctagggtgggaggagaagctcttctgtcccccaactgagagggccccaatctggccctctgcatccctcccatttatcctctcttccctccttttttctatttgaattccttaatctctggtctttcatga
 9.63 G6928203@J919623@j_at.+.chr15:34227301-34227451      GTATGTccttttaaattttttcagttacttctctcagaattttctttttagtaccctgaattcatgctttatgtcttaattttaatcctaatttaccccttttataggtcatagtaatataatttaacaccaactgtatactacttggaa
 7.43 G6937960@J920661_RC@j_at.-.chr15:84170422-84170572   GTTGGTgaacacacacttctctctggcttccacctcgctctctgtgtctcctctctctatccaggggtctcttggggtctcactcctcagcacttcagcaatgcatgggtcctgcaggacctgggcacattccagacctggtgggacagt
10.38 G6999901@J920844_RC@j_at.-.chr15:91797945-91798095   GTAAGTccccagcgctttttacctactcagtggcttaggggtccgctgcagcagatgccagccaaagggcagctgcagatgccgactgtgcgcgcaggctggtttcacagacaggcaagagaactcttggcttggctaagcggtcttctg
 7.29 G7038983@J920981@j_at.+.chr15:103469516-103469666    GTAATGattaaaaaaaaaaatctgtagtattctactgttatattaataaactggtgggagtcttgtttcactgcccataaaccataccagcaacatgcacatatggcagagaggagctgagagagcaaaggggtgggcctggtgcccttt
 5.93 G7131630@J921287@j_at.+.chr16:3359723-3359873        GTGATGgattagatattgtttcaaatctcccctttcctttccccattctagaattgatgaattcagcacctggagttgagaagacctgataagaaaggaaagcattagattaactgttttccaaaaggagatgctatttgacaaggactg
10.38 G7138543@J921334@j_at.+.chr16:4380100-4380250        GTAAGTgtgttcggtcatacagctccgttttgcctcaacccttaattttaaaccaacgagtgtgggaggtcatcttaacccaagctaatatgtttaacacactttgtcaaatctgctctccctagtcccggcatccctgcccaggaaggg
 7.39 G7027861@J921855@j_at.+.chr16:22872776-22872926      GTATTTatatttgattttcttttgtcatgattatttgatattttaagttgttccagcccaaggcattttgtatgttagcatttctgatagggagtgataggtggtttgtattgtctggtactttgtaggaaggtagagagctgttttgga
10.38 G6943303@J922369_RC@j_at.-.chr16:85666745-85666895   GTAAGTggatccttcctccagcctggccacctcttgtctttctcgccactggctctgctctttgtaacagatcgagtttccctcttgttcttgggaatgggcccactgttgctaccactaaccacatgcctgtcaatttctctaattacc
 8.72 G7003688@J922441@j_at.+.chr16:95331309-95331459      GTGAGTatattaatactttaatgctaatttgttgcaagactattaagggaggtctatccatccagtcataccaacataacaaatttatcttttaatatgtatttttagcttgatttggttatataggcctgtaatcccagcatttgggaa
 8.67 G6966427@J922632_RC@j_at.-.chr17:3189717-3189867     GTAAGAtttgcttactctgagcttgccacaacgcctgctgggaataaccaactgcacccctcctgctattgaaaacacagctctaaactgctgctaagtcccttctgacgttccctccacccgggctccttgttgtctaactataaggca
 8.72 G6980115@J924138@j_at.+.chr17:55758651-55758801      GTGAGTggctacagtccctgtggtcagctgtgttgtcctcaagtctttggggtttggagacagggtttctctgtggagccctggctgtcttagaacttactttgcagaccaggctggcttcaaactcacagagatttacctgcctctgcc
 9.63 G6979996@J924335_RC@j_at.-.chr17:63405821-63405971   GTATGTtaaacagagagactcatttacttaagtgtgcattatgcaagaacggcatcaccacatccaaatgtagggtatgcccttgattatatgtaggagcccatgttgaacacataggctctgcatggcgcattgctactttgtagggga
 6.44 G6999654@J925017@j_at.+.chr18:36829692-36829842      GTTTGActtatggacctttctactcaggtctgcttatattggaccctttattataaattcgtttgtgcttatctaattgtactttgccctctctgcaggaactgctgaagaagtgtcaccaatgtgttgagacaattgtgaaggctaaag
 8.67 G6995328@J926515@j_at.+.chr19:26966204-26966354      GTAAGAagaccagtgtgcagtggcatatcccagagacccttttcctaaagaaaggcaggcaagggatgctaacttaagcctgaagacccagtgccgctgacccactttgcagtggctttgctgtctgctcaatatttgtccttcctaacc
 6.82 G6995328@J926518@j_at.+.chr19:26976450-26976600      GTATTGggtccagcactgcaaactgttaatctcaactaactgccgcttaaataattagtgcagcttttaactactggttctgtcccaactggctacttgtgcctaaagcccaaagatttagaccctgcacatcctggatttctcttgact
 5.91 G7055471@J926782_RC@j_at.-.chr19:40026330-40026480   GTCTGTtttggtcaccgccaaccgctgcttgacccaaagcaatatttgcctttctttggcattgccctctgtaggccaatttagttctccaaacagcacctgtcatcctggctttcttagccttgctttggctcttttgtggctggtgaa
 8.29 G7055471@J926807_RC@j_at.-.chr19:40100807-40100957   GTATCTctctttggggctgtttcttttaattgtccgatcatgcatggtttctttccttctttgctcctaacaccatactgtgagccctaatcctcgcatgtgtagaaggcatttcctctccctaagttgtttcctctgtgtgtgcgtgtg
 7.33 G7004866@J926970@j_at.+.chr19:47554044-47554194      GTAACAgcagcagctgcaggccactcaaccagagagcagcctttctccttcctgccttagcaaaccatgggtgaaagaggagattttagctgtaatcaccatttagtgttgagctttcccccgtctgttgatacccagcatctttttttt
 9.01 G7042652@J927155_RC@j_at.-.chr19:57084416-57084566   GTATGCaaccaacagagttaagtcaagtagacaaatgcctaggaaagcgcaaagtgaattgcttaaaaacatgcaaagaaacgtcacagagacaggtaagaaaagtatatagaccaacgagtagatagtgagaagaatgtctaatagtgt
10.38 G7125552@J927679_RC@j_at.-.chr2:23218455-23218605    GTAAGTctgggaacacagccgtcagagattagaggctgtctcctctagcatgcatggctgctgagtcaccattttccttcttactgagaagctaatcttaccttgaagagtaggtacagttatgtgttactgaaacggaagagcacgggc
10.38 G7049748@J928034@j_at.+.chr2:35687567-35687717       GTAAGTagaacacagagccactgtccacccagtgtccaggggagtctagacgattctagagtgggagtggctgaagagcctttgtggatttaaaggtttctcctgtggccgctactgtcaatgtgttaactcatctgctcctcaacaagg
 7.78 G6970069@J928301_RC@j_at.-.chr2:53690963-53691113    GTGAGCtgctttgataattcattttctgttatatttaacatttagagtatgtcactaattttcactaaccatgaatggatagatctgcagtgaaagacatttaattcaaacaattacttctatataagagttatattataaatgagctta
10.38 G7014051@J929856_RC@j_at.-.chr2:151907285-151907435  GTAAGTaataagaattttgtcccttgtcttcaaatttttatgtcacttgtttccgtctctttcctgatgcatggtatatcctgacagaaagccaagtactatccatgattctggacatctttgactagtccatgactttactgacagcca
10.38 G7132446@J930316_RC@j_at.-.chr2:166754815-166754965  GTAAGTatgaccctgtctcaggggagctgctgggagagtcactcctggcatgcagaagccatgttttgtgtgtctgtgtgtgtccgtgtgggcgtgtcctgtgctttgagtgttggtctccctctgctttgccgtcgccgtcgtcttctt
 7.38 G7016231@J930644@j_at.+.chr2:179852754-179852904     GTAGCTttaatttgttttcagattggactttggggaaattgggtcgccgtttgttggacgctcagctgatcattcatcctttataggcagtgtgtctcaattgctagtggtttgtctgtttaaacatcaaaacgctacttaataacacaa
 4.86 G7093567@J931541_RC@j_at.-.chr3:90876465-90876615    GTGCCTaattgccccggatatttttacagatttttatgaattgaaatatctgtggatatgtggatttttctgtctttctgctttttttttctttctacctttttctttaatcttctgtgtccacttttacctccccaaaatgtattcatt
10.38 G7050388@J932165@j_at.+.chr3:127324618-127324768     GTAAGTagcatcttgccccacggttctgtgcgatgggggctagttctggaaaagctgcatggctggtgttcttccccttgtgggcattcgctcaacagtctactccgggaagcacatgcgaggtctttggaaatccattgtggctttgca
 7.03 G7052903@J932422_RC@j_at.-.chr3:139486471-139486621  GTAAACaaaactgaacacttgctttttctgtgggggaaagtctaaaatcattttcactataatatacaacagacacgtggcacataaaattaagaattcactttacggtgttgggaaattacacaatggtctgaggtaccgaactggagc
 9.18 G7102920@J935010_RC@j_at.-.chr4:143261625-143261775  GTAAGGaggtggtgtggattcagggagccacacctgagatccaggcaccttgcactgatttttgctactgctgtgcaaacacctaatactcctccactaatagcctgggtcaacgcaaagctcctgatgggcttcgagggctgtactggg
 9.56 G7049941@J935306@j_at.+.chr5:14746327-14746477       GTAACGgtgactgaaggtagacagcagtgctttcaaatttgctaaatcagagttgggcccaagcttctgttctcaaagcttagcaatcaaggtgtctttccccacactaagcttctggaggcatgaggcagaaatgagcttcccttacaa
 7.78 G7184815@J939110@j_at.+.chr6:89683928-89684078       GTGAGCacggccccaccctctgtctcctgggagaatcaggggtgcgtgctgacacactgtagcggtgtggcctgctgctgtggccaaagcttaggggtgtgattgcagctgcttctaggaactgtctggcaaccctgacccctgactcct
 8.72 G7151520@J941822_RC@j_at.-.chr7:68630907-68631057    GTGAGTtaactctgctggctccttgtctcccgtgtctcccgtgatgtcttctcttccatctgctgtcggtgtcccttggtgttatctgctctgagtgagggtctgaggttctctctgtctctaggtcctcatcagaggccacgttgtttt
 6.62 G7240091@J945309_RC@j_at.-.chr8:104324560-104324710  GCATGTttgagatttctggttgttccttattgtgttggtgttatgactggctgtctttgcgcagagcgatacatggtatacttttgtcttcttgcaaatgtcatttgtaggtgaagatggttctggtaagacaactctcatgaccaaact
 7.43 G7224708@J948118@j_at.+.chr9:119301821-119301971     GTTGGTtggtttggtttggtttggtttggtttggtttggtttggtttggtttggtttggtttggttttcttgagacaggaatttttaatgtagccctggctgtcctggaacaattgatactcgtttgccgcctccctcccttcccctcac
 8.32 G7244313@J949286@j_at.+.chrX:128843319-128843469     GTATGAggtaatatctcattatgattttgatttgcatttccctgattattagtgatgttgagtacctttgtatgtgccatttggccattgtctttggagaaaagtcttttcaaattcctttgcccactttaaaattgggttatttggggg
4.8390 @ 49.71 sd 28.59 TTGCCCC
	a  0.074 0.003 0.020 0.003 0.055 0.127 0.143 
	c  0.215 0.110 0.003 0.743 0.728 0.482 0.552 
	g  0.021 0.056 0.973 0.003 0.003 0.178 0.019 
	t  0.691 0.831 0.003 0.251 0.215 0.213 0.286 
 4.21 G6872891@J907741@j_at.+.chr1:60594317-60594467       gttagctctcccccatgTTGCATCtaaacctttacaaaccttaatttaccatgtttgtcagactctcctgcaggtcacctgtgctaggtacagtctttcagtcaagatatgggttcccttgtctaagtaacattttaaacccataaatca
 4.13 G6814999@J908899@j_at.+.chr1:160367369-160367519     gttagtaccatttcttgttatatttcagttccataaaagaaaacccaacATGCCCTtagaattttggacacatgtttggacagaatgtaggtttcaaggagttgtcagaggtttaggacaagtttatgtctccacatgtagtattgcatg
 4.17 G6879570@J910939_RC@j_at.-.chr10:81180981-81181131   gtgcgttttgagggcctggggcccacaggcagttttcacgggggtggggtggggtcaCTGTCCTtgatcttggcagtgaactccctcccctcagctggtccctggcccttgaccctgcccttgctcatgcagacatatgacatccaagcc
 5.57 G6849168@J911119_RC@j_at.-.chr10:91329041-91329191   gtttgtgttgcatgctggactaaaacgttctgttgaaacgtgagttgtaagatatagactgctactaacaagctgtgtggaaacctaaTTGCCCAggaggtaagttgatgcacactaatacgagtccatattaaaatgcacggtgtgtct
 6.31 G6806061@J911506_RC@j_at.-.chr10:127747262-127747412 gtgggccctgaagggcggtgcttagagctgtctgtctgtcggaagggcTTGCCACaggagtggcagggctgggtcaaggtggactggagacctcaccttgggacctggagggcaggggaccctctaaagctcccagccttcccctcctca
 4.93 G6882959@J912548@j_at.+.chr11:60308797-60308947      gtaaaccacttctcactctgcccaCTGCCCTcacaggcggctctgcatgcactctcacacctccatagcacatctctatgtaattatcttcactcatctttctctgacaaacacacacccagtctacatgagatctcaataactgtcctg
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 6.51 G6857633@J913660@j_at.+.chr11:88243527-88243677      gcaagtccagtatcctattgtgcaggggcgtgatcagctctatccctTTGCCTCccggtccagaaccatgggaaacattcttcctgctgcatctaccccgtccctgcaactaggtccttctgcagtgtgtgggggttggtggggggaggg
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