Improbizer Results

Improbizer will display the results in parts. First it will display the profiles (consensus sequences with the probability of each base at each position) individually as they are calculated. The position of a profile in a sequence is indicated by upper case. The strength of the profile match is indicated by the score on the left. There will be a delay during this phase as each profile is calculated. Second Improbizer will display all profiles at once over each sequence. Each profile has it's own color and the stronger the profile matches the darker it will appear in the sequence. Finally there will be a graphic summary of all the profiles at the end, using the same color conventions.

Looking for 4 motifs in 69 sequences. Longest sequence is 150 bases.

Settings are use location; don't include reverse complement; 1 occurrences per sequence; right align; restrain expansionist tendencies 6.000000; number of sequences in initial scan 1000; background model m2; background data fa/mm2.control.gold.up.fa;

5.2715 @ 130.05 sd 7.66 TTTTTCT
	a  0.032 0.003 0.003 0.003 0.413 0.003 0.018 
	c  0.106 0.062 0.003 0.268 0.003 0.814 0.313 
	g  0.091 0.239 0.222 0.003 0.018 0.003 0.003 
	t  0.770 0.696 0.772 0.725 0.566 0.179 0.666 
 4.50 G6872891@J907741@j_at.+.chr1:60594009-60594159       tcttataagtgagagtctagaaaaaattgagtatgattcttttcataaaacacccagaaacatttgtgagagatactgccagtacttgacctgttcttcccattgatttaaataaacgctgttttcctctgttctttgcCTGTACTgcag
 7.42 G6814999@J908899@j_at.+.chr1:160367178-160367328     gtggacaatattgaccatctctatcctaatttcttgggtgagtctttgaaattatttttactatactctttacacaaaaaatatccaaacaatagcttattcagaaatcccaactcagaagtaagcaagTTTTTCTttgttactcaccag
 3.06 G6879570@J910939_RC@j_at.-.chr10:81181335-81181485   ctgagagtccctacattaaagtggtaagtgacacttgggttgctgcagggcgggccattggcggagcagacccatccttagaagccttgtggggctggcggcagtagccgggcaccaagctcaagcatcagtataGGGCACTctctgcag
 6.88 G6849168@J911119_RC@j_at.-.chr10:91329316-91329466   gaactcatctttctacctagttgtggctggtggctaaagctgcatactagtgatagtactataccaaaaggaaatagtttttttttttccttcccctcgacttccttagtctctgaagaaataattgatctTTTTTCTtcaatcaaacag
 4.94 G6806061@J911506_RC@j_at.-.chr10:127747577-127747727 ggcgtgttttgaaccctgaatcacatgcatgggaggcagagtttctacccaaagcagcctatggcttagcgagagagagagaccacctcacagcccttcaccccagagtcacggctctgctttgTGTCTCCctgtgtcttcccctctaag
 5.66 G6882959@J912548@j_at.+.chr11:60308581-60308731      tgacgctgccaaccttggagaaatgaagtcaaggatcccagtgtgctctcagatggatgtgtctggggggtgggggagagggcctggccagcgtgctgcatttagaactgattgtgtgtgtgtcttattttTTGCTCTttcctctgacag
 6.92 G6896094@J912836_RC@j_at.-.chr11:62782379-62782529   ctcaaactcataatgatccatctatctctgcctgctgagggctgggatcaagtggtttttataagactaatctaatactaaggtcttagtttactgcacattataaataggccttaggctctgaataattctTGTTTCTatattctacag
 4.29 G6937358@J912959@j_at.+.chr11:71195757-71195907      agggtgcgctcatgtggcagcctagggagtaagagatatagggactttgccaggttatctgcataggggtggggcaagccccaaatcaggcacctcatcccctccctgtgccaccacgacccgcccCGGCACCctgtgctccctccacag
 3.51 G6857633@J913660@j_at.+.chr11:88243258-88243408      aaggtcttggaggaaggactaggtcagttttgtgggaggtgcctgctggtagcctctcgtgatggagataaggatggtagggggtccccgccccgtgcccgaataagctgTGTTACCtggatggcccttcctcacctacctggggtacag
 3.73 G6931276@J913814@j_at.+.chr11:95752018-95752168      acggctaggctttccctcaggaaagctgtgaagggttgacacccacaccccctccacgtgccaggcatgagtggtgagggctgggttactgtaggtagggtcatgttagaggcatgggggcccacgtaagagggcTTTTGCCtgctgcag
 3.25 G6902949@J913965_RC@j_at.-.chr11:96051369-96051519   taatagagataagatagcaatgaccaatagcaagaacacttttacattcaaagtatagtgcaactacaggggattatcaaaaattcttttgctttaagtaaatgtagtcttagaagcaggtggATTTATTgacattgttgatggttgcag
 7.56 G6917162@J914007_RC@j_at.-.chr11:98021017-98021167   aagaaaggtcatcttgtgatatgtgcattaatcctgagaaaccattagactctaaggcactgtattttaagcatggttaatttaatacaactgagatcttactcagcaaaaatggctgaaaactctttTTTTACTgttctacacttcaag
 7.03 G6937169@J914489_RC@j_at.-.chr11:105152560-105152710 agtgttgctgcttttcaggctttttttaagccatagaataagggaaaggcctctggttagcaaaactctgagccccaaccaatttgagattaattcttaaacttggtagtttataccactcacactgTTTTTCTactctttgtcctacag
 6.92 G6922064@J915003_RC@j_at.-.chr11:116976998-116977148 tcccaccctcccctcaccacatggtgacctaaacagaccccttggggtgggcagtggaatggtggtagggcacatctgtgggcacagtcctgggacccatcagtccctggggcaggtgacactcatgtctctctccccTTGTACTtatag
 4.03 G6869122@J915373@j_at.+.chr12:17855323-17855473      cctcttcaggcctccacgggcacctgcactaacgtgcatattcccacactaatgtgcacacacactcagtttttcttggggcaagtgaagggatgttgtgagctcacccagatgccagtgccccacgtgacctgtggtctTCTTTCCcag
 4.94 G6864761@J916227@j_at.+.chr12:100061897-100062047    aattatttaatctcaaaaagcccctttagaagagactctgaactattttacttcctctttatagttttgaaaactttataaattaaagcgttaattggcagataatctaaatttcattttggagaataaagcTTTTTTTtttaaaaacag
 5.85 G6876805@J916318@j_at.+.chr12:102947771-102947921    ctggcagaaaaccctgggaacggagcaactcggtggagaaacctgtgtcctcgttgctgtccaggtgagctgttctgggaagggccaagagactgctctgcgggcaggatctggtaccggttcacaTGTCTCTttcattccatgccgtag
 4.91 G6899622@J916373@j_at.+.chr12:105924611-105924761    caacaaatgctgcttttattaatattgaccagaagaggagccctgatgtttgtttttgtttgttttttctattctttctataattagattttctgtttaatttgtaaaagtcttttctgttaaTTTTTTTttggcttaatttctttttag
 6.08 G6909211@J916431@j_at.+.chr12:107302119-107302269    acttcttactcccctctgtccttgcacctcaagacctagggtcctcctccctgcgctggagagacatcctgaggctttcctctggggaggatctgataatcatgaggtgctctttatccaatggtgtctTGTCTCTttctcatcccctag
 3.72 G6863122@J916651_RC@j_at.-.chr13:6427901-6428051     ctacagttctgagggcgtcccaaattgtgaacactaggagattgaacatgggtcctgataactttgaatcaacccttgttgcagcatgcgcagtcaaaatgtctaaggtggctttattggTGTTTTCaaagttgctgatgccccctgtag
 6.57 G6905690@J917710_RC@j_at.-.chr13:101246358-101246508 tagcaggcagtgatgactacagcatctggtctgagtctttctcattctgcagtccagcagtacctctctcctcctctcatgtgtcatcattgttttgtttcacatcttaaagtatattatttgtttactTTTTTCCttcctcatttgaag
 6.70 G6949158@J918471_RC@j_at.-.chr14:37418272-37418422   gacagaagcctagaggtgcgctccttgtgggctaggcttaatcagcctatttggaatgtggttcttaacgattggccactgcaacactgaaggccatttgtaactatcagccttgcctttacaccgcgtattgtttgTTTTTCTtcacag
 4.93 G6912708@J918654_RC@j_at.-.chr14:43771742-43771892   ttcatcctctcctgtcttgttttttgtccctctttctgtatttggtgtctgttggtctctctttacctacctttttgtgtccgtctctccatttgctgtctgtctctgtccgtgtgtgtctgtgtgtgtctgtgtgtcgTGTCTCTccag
 5.88 G6928203@J919623@j_at.+.chr15:34227052-34227202      tttacttttcatttaactcttctgttatgtctaaattttcttttaggagaaataagaaatagagtccatgtgaaaagtatagaacttttgttgtgaaacatccttaggaagttccatttttaaTTTTATTgcattcgtttttcatttaag
 5.44 G6937960@J920661_RC@j_at.-.chr15:84170695-84170845   ccacatgtctgactaaaataatcttccatcaacacccttctcctctcatcggaagaggagccgctataaccctagagatactgtcttcctcagcagggcctttagtgggcccccagctgtggtccctgaaagctctcTTTCTCCccatag
 6.33 G6999901@J920844_RC@j_at.-.chr15:91798203-91798353   acccccctccaccgccccaagaaataaatttagagctttcagatcagattggctgttgaggtttttaaatgtagacacattaaaaatagttaaaataaaaataaaataaataaataaataaaaaataattaaaatTTTTTCCtgttgtag
 6.80 G7038983@J920981@j_at.+.chr15:103469327-103469477    agacaatccatttgtgccaaattgtgtagtgtatttttgtttgttttgttttgtttttgggacttttttttaattttatatataaggaataacttgtccgatagggttagaatgagaccaccaaactcatTTTCACTtgtatcttaacag
 7.11 G7131630@J921287@j_at.+.chr16:3359448-3359598        atagttcagccattctcttattaaattttctctgactataaagtaattgatctttaaaatttatgtcatgaaaatcatatatggtcactggaggaaaaaaaacaatgtataatcttgttctaacaacgtgTTTTTCTcatgttttatgag
 5.55 G7138543@J921334@j_at.+.chr16:4379884-4380034        tgatgcagaattttggttgtgttaagtctaccatagttttagagttcctgggtgtgcttggaggcagaaagccagagcctgtctcaccctgctggtccccacgccatgtggaggtagaagttgtaaaacatgtgatTTTTATTttgacag
 4.83 G7005774@J921707_RC@j_at.-.chr16:17898521-17898671   aggtcagtgtgctacatagtgattttcaggcctgcctgggttacagaccctgcctttggagacagagaaaaaaaactaaaaacatcagcactgttttctccttgcaaatgaagatgtaagatggccttctgatgtccatatTTTTATTag
 1.59 G7027861@J921855@j_at.+.chr16:22872515-22872665      ggtgattgattctatacagttgggattttcttggtgttgctggtagcattttgactgattccctggtttagttatagtggcttttatccctaaataaattgaaTTGTACTttgttatatgatgtaaaaaaagactttttaaaaaatacag
 5.69 G6943303@J922369_RC@j_at.-.chr16:85667063-85667213   aattcagtccctcaaggaagacttaaagtagctgcttcctccgttcagcccaggtcaccactgggaggatcagggcttaagttgagtaagtatgtatgtgaacagccagaagatgtcttttctcgctaaatgTGGTTCCcctctgattag
 4.36 G7003688@J922441@j_at.+.chr16:95331116-95331266      tacttagactggagatcaaccaggctcctgaggaaaaggaacaaactcagagcaatccaatgagaaagcccgagatgagttccgaaaccacaaaccatacatactttcaccTTTTACCagataaaaatcagaataattttcttcttttag
 5.07 G6966427@J922632_RC@j_at.-.chr17:3190002-3190152     agagggatgctcaaaatcacttcaaaatcagccccaccctcggcatcccatagcacttctgcctactacagtatgccctgcacgcaaagaccctttctgacccttgcgtttggacgagatcaTCTTTCTcacagctaccatgtccttcag
 0.00 G6980115@J924138@j_at.+.chr17:55758391-55758541      ggagggtgaagcctgggttcccccggtcctgagcaatgtaacctctactgttagcaaagtgagtctttacaagacctgagaagagcccagggtgtatgtctctatgggtggggctgggaacagaactctaagccttggctgcccacttag
 4.58 G6979996@J924335_RC@j_at.-.chr17:63406157-63406307   tttgttatctatttacttatgttttattttttaattgaatgagcacctgactcaacgtaggcatcagcagtcctacctagcccataatgactccatctgacaaaaataacttagtgtatgatggtagtttatgtCTGTTCTgatttgcag
 6.43 G6999654@J925017@j_at.+.chr18:36829462-36829612      cattgtagtttcatacctgtatttccagcacttggacttcagagtggggaggttcaacaactcaactaacaatttcagtaatttagtgggttgaaagctagtttggactgagctgctgtctcaaactttttttttTTTTTCTttttaaag
 7.84 G7006602@J925087@j_at.+.chr18:38484464-38484614      aggctgtcatctgtctatttttgattaatgaagtagtaataagacttgcttcaggtggttgtggagtctagcgtcagttagtgcaccgaaagggcttagtccagtgcctgacaccggtaagaacttactaatTGTTACTgttcttaccag
 6.36 G6992248@J926284@j_at.+.chr19:9867832-9867982        tgtaggcagcttctcctgggtaagcaaggataaccaaaaatctcaagggtgggctggagggagagcactgggaggtgatggcattttcagaaaccactgttgcactgttttgtgctctgatggggttggatttcTTTTTCCtgggatcag
 4.12 G6995328@J926515@j_at.+.chr19:26965931-26966081      gctggcgaaggatctgcctggcttccactacccagtgtgcctgtgtacctgaccactgagccccaggtgttgcacttccaggcagcacgggagcagcaactttgcactgaccagtttggaggctcttttgagactgtaTGTCATCaacag
 5.55 G6995328@J926518@j_at.+.chr19:26976216-26976366      tcagatatgtccactttaccagttaattccgcagtgggttgtctttattacctggaattaaaataacctttcagcattacttctctggactacacagtcagcaactcaggaaccttggccttaaccGGGTTCTtggtttttataatccag
 3.29 G7055471@J926782_RC@j_at.-.chr19:40026648-40026798   atagaagttgtgtccgtaagtccctttgacagtgatctttaatgtctcttccttgttcaccgatgccttcctccttagttgcttatgtggccattttccgttaagctggaccagatgATTCACTgcctgttttatgcaatttcatggcag
 7.33 G7055471@J926807_RC@j_at.-.chr19:40101047-40101197   atttttaaggactgcatccacggctctcttcattgttcttgtggcgtaggcagtttcctcctattgtccccacacagttcctcgacttgcctgagcggctcccaaatgttgtttctggatgcaccGTTTACCctcttgtgtttccaacag
 4.72 G7004866@J926970@j_at.+.chr19:47553801-47553951      tctttcccaccaactaatgcttctgctgatgcatggtgaaaggaatctttttaacagctttagtcttgatctgtagctttctgctcacacgcacacgctttctgtggaggaagtgtcattccccaccgcccgcgtgcttGTGTACTgtag
 5.68 G7042652@J927155_RC@j_at.-.chr19:57084707-57084857   tgtccagttctgtggtggcagcggtgttcggagttctagctctggactctggggcactcagtgaagaatggagactcctgtctgtggggtggtaccaccactgccgtactgacccatagctaagcatcccTGGTTCCcatctagatgcag
 7.02 G7125552@J927679_RC@j_at.-.chr2:23218692-23218842    ttgtttgtttgtttttgttttgtttgttttcatttgcagactgttcttggcatacttatttatgtttgtggtccttgtaactgacttctgctttttgtttgtttccttttctttatctgTTTTACTccccatactgtgtcttgctgccag
 3.85 G7105085@J927842_RC@j_at.-.chr2:27211838-27211988    gaagctgggcaggcttcagggcacaggcccccctgccattaaagctctgggaaggtgctttgcttggggtgcagcagctcagcagcattggaataaaggtgttttgttgtcttggacagatggtagcccctaattctgtccTCTTTCTag
 3.94 G7049748@J928034@j_at.+.chr2:35687333-35687483       ggcacactcttaccccgcccaaccctccagcagcaggtgtgggcagtgctagcaggaagtgagtgcctcatcactagaggtatgcaagtaggagggatttacccatgtgacctcagactctgacactgagattcctggaccCTTTTCCag
 4.99 G6970069@J928301_RC@j_at.-.chr2:53691167-53691317    ggccttattcttttttaaaaaataattaaagtttatgcaaattttaaatgatgtaacattttttgtgggctcttattttcttgttgctctagatctcagttctatagattttaaatagatTTTTATTtgatttgattccattgaaactag
 3.95 G7014051@J929856_RC@j_at.-.chr2:151907476-151907626  gataagtcatcttgctggcctctctcctatgcatttttatcctaattatttcttttgttgttgttgttgaaaataggattctttatcatagcatgtattcttattgttttagctcataactagtaacattatttctcaTGGTTTTtacag
 3.14 G7061065@J930140_RC@j_at.-.chr2:157957417-157957567  ttggccttgagtttcaggtcccctgcctcgcttcccaagatgcgagtgtagggatgcagccacagaggtgcctggtgtacttttcaatctttaaggaaagcccgaaagtgatccttcttatccactgagaagtTCTCATTtaaattgtag
 3.46 G7132446@J930316_RC@j_at.-.chr2:166755045-166755195  cacaagtttttaaaggccccagtcacctgtaagcacatccagtcgagtggcctacatgaaggaacagctagccatgggtgtcggcccctggggttgtgtgcaatttcagctgtgatggattctaaggctacctGTGCTCTcttcagttag
 8.09 G7080262@J930384_RC@j_at.-.chr2:169201847-169201997  gcaaaattgtgttgccttccactttcagcagtacactgtctgtagccaactgcctttgcaagtgttgacaccagtcttggttcggtgcgcacccacctttttagggtgtgtggatttctgtagaTTTTACTcctgttgttatttccatag
 0.00 G7080833@J930388_RC@j_at.-.chr2:169210202-169210352  tgagatttcattgtctctttgttcttagagaattattttgtgtgtatgaattgatatctattaatggctaatatttttaatattctgctcttgggtgtttctcttgtttttcaacatatatttaatgaggaaatctgattaatttggcag
 6.72 G7016231@J930644@j_at.+.chr2:179852551-179852701     aaaaaaacccctagtttatatacctagggacgacattttaagaggcgattttgtgtcgtgctctttggggagagaattagggactcattcgtttaggctccaacttgtgttatatggctggattaaagacttgTTTTTCCttgtgtctag
 6.24 G7093567@J931541_RC@j_at.-.chr3:90876690-90876840    tcaaattccttttttaatttaagaaataattcaaatctacccttaaaatatccacaggtacaatgggaattacgtattgggggcagatgttctcattcacaagcaaaatttcactggttgtTTTTTCTtttcttttcttttttgtttcag
 4.51 G7050388@J932165@j_at.+.chr3:127324379-127324529     aaattgctatttaatgtagaagggatgggtgcaaatgtattgggccgggggctagttttctctgcatatctcgtaagtgttaagggataaagcctatttaagaaaacttccttttatgccaggtggcttaaatggggCTTCTCTtaatag
 4.91 G7052903@J932422_RC@j_at.-.chr3:139486768-139486918  tgatttctcaacaagacattccgtcaccccgcttgagtttattttcaatttattaaatgaagaatagcaaaccgtgttatgttttgtatttgaaattgcaaggtacatttcctttttaTTTTATTtttaatttaactctttgttttacag
 4.71 G7102920@J935010_RC@j_at.-.chr4:143261858-143262008  catggccaggatctgtccctctcctccttgtttgtttgtccctgtgctggctcctttccgtctctgcttggcaggggttggattcttatcatggctccaagagtctgctgtgccctttaccctCTGTACTctttcgtttcaatttctcag
 7.09 G7049941@J935306@j_at.+.chr5:14746120-14746270       gtcatggactctatgggacaaatattttgagttgtgagtgtatcatttgttctgtttcttgtcaaggaaatagctgactagagctgactggaggatagaattcttatgttaatatgtaggataatgaactccgTTTTTCTgttgcttcag
 6.60 G7128601@J936579_RC@j_at.-.chr5:97500966-97501116    gcttttaagctttttgcccttttgtcctattattaacaagtcagtaaagttaacaggtaaagtactgctaatgggtacaaattaaggaattgcagcaaaaagaaatattgcctactaactctgacattataccttgtTTGTACCcgccag
 5.17 G7184815@J939110@j_at.+.chr6:89683694-89683844       gttgttataacgagactttcgcagggattcagacccagagttaacacccagttgtgatccagttgggtctgacttgcctgctgggaaaggtgggcagctcgtagtctccctcttcctgagctgcgcccacgcTGTCTCCacaccctgcag
 3.93 G7124282@J940238_RC@j_at.-.chr6:145829819-145829969  gtctgcttaaaaaaaacaaaaacaaaaacaaaaacaaaaaaaaattctgaactgtaaagctcataattcaaaggtcttacacatggctatcccagtaaattacgcttccaaatgaaacagactttaaagaggttgtgTTTTACAatgcag
 6.04 G7151520@J941822_RC@j_at.-.chr7:68631168-68631318    taagaagatgacgaaaagcctgctttgtgtggagttaccttcgctgttccgtactgtccaaggccactctgctcccaaagccactcctcctgggcgagccagggctagggatgtggaagaagaggtcatcctgctTTTCTCTcctaccag
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