Improbizer Results

Improbizer will display the results in parts. First it will display the profiles (consensus sequences with the probability of each base at each position) individually as they are calculated. The position of a profile in a sequence is indicated by upper case. The strength of the profile match is indicated by the score on the left. There will be a delay during this phase as each profile is calculated. Second Improbizer will display all profiles at once over each sequence. Each profile has it's own color and the stronger the profile matches the darker it will appear in the sequence. Finally there will be a graphic summary of all the profiles at the end, using the same color conventions.

Looking for 4 motifs in 36 sequences. Longest sequence is 150 bases.

Settings are use location; don't include reverse complement; 1 occurrences per sequence; right align; restrain expansionist tendencies 6.000000; number of sequences in initial scan 1000; background model m2; background data fa/mm2.control.gold.up.fa;

6.1537 @ 126.50 sd 11.31 TGCTTTCC
	a  0.003 0.003 0.003 0.003 0.003 0.057 0.085 0.140 
	c  0.003 0.140 0.524 0.058 0.029 0.085 0.717 0.498 
	g  0.003 0.854 0.031 0.003 0.250 0.250 0.168 0.168 
	t  0.990 0.003 0.442 0.935 0.717 0.608 0.030 0.194 
 5.97 G6820594@J909190_RC@j_at.-.chr1:169393579-169393729  tcatgctactaaccaggctctgtggatgctgtttttgtcttacatttgatttggggggttgctttgcatgtcgttctcctcttggctgttggttgcagggttgatccttttcctttctgtgattcaggtgcctcactcttTCCTTTCCag
 6.28 G6813886@J909757@j_at.+.chr10:17982545-17982695      tatgaagtgattatgggaattacaaactacagaattttgtcgatcctgcgaaatgcatcttgcagtgcagcctctgaatgacttgctaagtcttctccagtgcatctactgcatctcccgTGCTGACGtgtctctcctctgtctgtccag
 7.42 G6859859@J909895@j_at.+.chr10:28520720-28520870      aaagtacagaaatcaaagcaaactgtatcattgtatttttaaagaaaatacaaatcaactattaaaaaattactgtaaaggaatattaattgtaaagaaaagtagaatgtagagccaaacattccttcataagctcTGTTTTCCccacag
 4.63 G6868962@J910360@j_at.+.chr10:70033515-70033665      ctgtttttattggcttctcttgctttgctttgctctctaaatcagcttgccttgtgtgctcctactcagtccttctcatatcctgacactgttttcccTGCTGTCCattataatattccttgtctctgcaatgcatcttgggaccaaaag
 4.06 G6909490@J912863_RC@j_at.-.chr11:66344170-66344320   ccctatgctctccttgtcagtgtggtggggagagtgatttgaactgttcttgcattagttttattcatagtgtaatataacgatgcaatgtcatgttctgattTGTTTGACttacagcaaatgaactgcaacttatctcttttactttag
 4.21 G6857633@J913661@j_at.+.chr11:88247129-88247279      nnnnnngtggagcaccctgtcctctggtgttgctgctgtttgttttacccccacgactttctcgtgtttccttttcgcgttgggcttttgcctctatcttcccatcccgccctcttctgccattcccaccTCCTGTACcccaacccccag
 6.04 G6937984@J914178@j_at.+.chr11:101825836-101825986    gatttccctttattgtgtgctaaggaagagtgcctccgacacagtgtcccgttaaccactcctcccccaaatagtcagaaatgcatgttcatagcttgtgaccgtgtgtgtggcacggcttcccactaagtgtgaatttgTGTTTTCAag
 6.64 G6826613@J915568@j_at.+.chr12:46981894-46982044      atttatcagggctgatattactaggcatttgggttggatgtagtttttaaatacttcttttgctccaaagtacttatttacattgtctggtaataatctggagaagataaacattaatagttttaatttgaataTGTTTTCTtgtagcag
 5.44 G6921527@J917737_RC@j_at.-.chr13:104376328-104376478 taataaaacttaagtgtcaacctatttataaacacatattctaaaataatactcttacaacagtgtaggtactctttctaaacaaaagttgaagtgtgcattgtgtgtctaccgagagctctcttaattctcccTGTTTTGGtactgcag
 5.45 G6963012@J918087_RC@j_at.-.chr14:15859037-15859187   cctcctcctctccctactctccctcctcctcctctccctcctctccctcgatgcagagcccgagctggtgcactaacctgcggtgtgtctgggcttctcttctcacctcctctctccccttctctttccctctTGCTGTGGtgtgtccag
 4.89 G7020186@J921131_RC@j_at.-.chr15:99654804-99654954   agtctgggtgtgagtgggccttggtattcatagtcccttctggtgtttacccagtagtgagtgaactccagccttgactttggcaaattccacgaatatgaagtctttacaaacagttgatggtaaggagtttgTGTTTCCTttgtctag
 2.90 G7187550@J923324_RC@j_at.-.chr17:29744295-29744445   gtctagactacacatcaaaaactgtttcaaaaagaaaataactgtaatcagtactgatggcctttggtggagagtttgggtggctgatagaatgtgtggttttgtgcgcatgctcctctTGCTCACTaactcccactccttctctgacag
 5.70 G7003427@J924356@j_at.+.chr17:68413830-68413980      gagcattacgcttggtgtctaagatagcattgcatctgcgtaccagagacctgtcctgcacacaggtcttgtgtgtagaccacaggtcttcaaccgtagcgtgaatcccttggtaagtctctatctcccgctctttctcgaTGCTGGCAg
 6.50 G7003427@J924360@j_at.+.chr17:68423833-68423983      ctttttcttttctgtttccaagcgctgctcctggattccttccttcctgctccctttcctctgcctccagttttgtctaacaagctgcgaatgaatgctgtgtctgagctgtctctctcgTGCTTGACtctcctctctttgttcactcag
 8.80 G7003427@J924363@j_at.+.chr17:68427560-68427710      ttcagcatatgcctttgaatcctcccataatcgttgtgcctcggtgttaactgtgggggtagatttagctcgtaagtctacatcttgctactgctcatgcatgtcccacctccttttTGTTTTCGcccttctgtgatttcccggggatag
 7.38 G6968633@J924889@j_at.+.chr18:32600682-32600832      nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntggctttgtctctatctccctgtgccgtgctctgatccgcctcccgcgcttccccctTGCTGGCCcacag
 3.67 G7125552@J927684_RC@j_at.-.chr2:23231650-23231800    agataacttttaaaatgcatttgaaatagagctggataaaaacttaacataagttcagtaatataaatgtcaacctgtcctgtgagatacaacttacctagaattaatttctacttttcccccctctttttTGTTTTTGccaacataaag
 3.33 G7116657@J927635@j_at.+.chr2:30350047-30350197       tgtcgaagctataacctgtctaatggagctgcccctgtgctgttcccatgcgccgatcttcctggggaagtatgatggcagagtgaggctctagtagctgagacatgttcatatcagttactgaattctTCTTTCCAtctgtttttgtag
 6.45 G7027452@J928484@j_at.+.chr2:72024286-72024436       tagtatgtaggttttgtgttagtcttactaaccgtgtagttagttcttagttgtaaatagcgtgctagttagctgtttatggagtgcatttgcttgactaacttctgaccttttttactaatgcttcaTGGTTGCCctacaaccatttag
 7.68 G7029273@J930515_RC@j_at.-.chr2:171396087-171396237  ttaaaaaggtaagtattcccatgatgctttgtgggttgggagccatgagtgacacggcagtaactaattgtcacagtgtctggatatacagagaagacaagtgggtctgttttaaaagcgaatctctaagctgtgtctgaTGTTGTCCag
 4.41 G7016439@J930495@j_at.+.chr2:175578867-175579017     agaaaagcgacctaaggattaaccgggaggatggtacgcaggactgtcaggttttcttacctgactgtttaaagatgcagagactgtgtgggttttgtatgaaattgcagTGCCTTGCagataggtgagctttcaatctctctttaaaag
 5.84 G7027520@J931922_RC@j_at.-.chr3:104126342-104126492  cataacttcctacagtcccttccagctgtgatcctctggctgtgttatcttccaccgtctgctcatacagcacgcgttcccagggacatctatgctaactgtactggttTGTTTTCAcgtagtcctaggctttttctcttccttcttcag
 5.49 G7009086@J932579@j_at.+.chr3:158147529-158147679     ttgcaggtgtggaaatgtaaactttgctaggagaaccagctgtaacagatgtggtcgaggtgagcgctgacagataattctcttaatactgtatatgcagatcatttctttatttcccaggatttatatcgagttcttgtcTGTTTGCAg
 5.12 G7106861@J933592@j_at.+.chr4:107132175-107132325     agctggtgcagccagtgaaggcctttgagaaagtgccgtaggcttttgctctgtacaccacctgcagttctttaaatgcttcctgtgaacatgtgcttgtgtgcttgTGTTTGCTgtatctactggttaattgtaatgattttgatccag
 6.95 G7094107@J933920_RC@j_at.-.chr4:115985276-115985426  agctgacccactctttctgtctgtgccccttcctcttgcccttcacctacagtcccttcagtgtcgaaccgcagaaccaggtgaccagaaagagggttcctgagctctgctcctgtcccatTGTTTTCTtttggtttgttttctctgcag
 9.70 G7117774@J935049_RC@j_at.-.chr4:144650354-144650504  gtagtttttgtatgctctaatttaattggtcctttgaatcactaaaaagaactaaacctcttcttgtccctagaaagtgttctgatttccatttattctcgaggcttatcccatgttccttttctctcctttaaaTGCTTTCGtttgcag
 5.71 G7138057@J934892@j_at.+.chr4:145030849-145030999     caccaagtgcaagcttgtatgcaggtgaactgtgtcccagcagtcaagggggactttggtctctggggcccatgttcggctgctccttgaaagcacagtgtgaaggccctaacctcttggTCCTTTCTgccgtctgtcttgcctttccag
 7.15 G7049941@J935311@j_at.+.chr5:14765406-14765556       ttttccaaactacagctatacataaatggacctttgatctatgcacaatatttttattcacagtcattgaataaaatattgtttgtgaccccctttactttaccctctttttttttgtttcccTGCTTTCTctttctgatggatttacag
 6.60 G7110767@J938459_RC@j_at.-.chr6:32949943-32950093    ctgcctcctcttcctccttaaccatgctggtcttttcttgactcttaactgctgctgctgctgcaccatctgccctacccacagccccaatgtctgtctgtattatgactaccctgagatagtgtgcaaTGCCTTCCttccttgtttcag
 8.75 G7111083@J938885@j_at.+.chr6:72730217-72730367       tatgttaagagtgaatcccttattttctttggaatccatgagtttagaatcctcaccactttttgttgatgtcactgctttctttgtatccctgttagctgttaaaaatctgttgaaattTGCTTTCCtcttgttcacttttgctgcaag
 6.13 G7153846@J939317_RC@j_at.-.chr6:94460013-94460163    ctgaccggacgaataaactctctttgccctatgttaacaaatgaagattttttctttcttgttatagggaatctaaatgttgaactttttctctttctctctttctccttctctctgactgttcttggTGCTGGGCcctccctcctccag
 7.44 G7148033@J939983_RC@j_at.-.chr6:131997225-131997375  gttgcgtctgcacagtgttgtgtcttcacaatgaaaggtcactgctctgggagttggggtttttcctggtgatagctcatcctaagtggtattctttggttcttgcctcgctgtaacttcttctgaaactatgtttcttTGCTTCGCtag
 5.19 G7193738@J944098@j_at.+.chr8:24284936-24285086       gttccggtccccagctctcttgccttagctaaggcctggacagtgcagtgacctacgactcggctcgccctatggctcacctaactccctttctcctcctcctttctccacttggctcttccTCCTGGCCcttgtgggtggctgctgcag
 8.07 G7232287@J944896_RC@j_at.-.chr8:83262672-83262822    agccttgggagggctctgtgtccgtaaaggaggtggaggacggatgtaccccgtgaagtcagctagcttgttcctgacctgcctgtacctggaccccctcccccatcctaggcctggctccctccggacttacacctTGTTTTCCtttag
 8.34 G7178708@J946283_RC@j_at.-.chr9:31283065-31283215    cacggtcagtttgtttatgggtatctcaggcatgtttttagtgaaaatgccttttggtcacattatagagaggaacttagaaggaaatcattttctttcttaatctccttttgtgctattttgtttttttatTGTTTTCCtttctgctag
 7.17 G7183237@J947161_RC@j_at.-.chr9:72508462-72508612    cctttccagaactcagtacaagtagatcttgcagacctccacattaactttactaacaggttaccaacaagcacatcagctatttcctcgactctgttggagttaatcttaacctgTGCTTTGCctcctgttctgtcttgactttgccag
5.3429 @ 61.49 sd 30.25 CTAACCGG
	a  0.168 0.003 0.909 0.717 0.003 0.031 0.333 0.003 
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	t  0.305 0.690 0.003 0.058 0.223 0.192 0.305 0.223 
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 5.85 G6813886@J909757@j_at.+.chr10:17982545-17982695      tatgaagtgattatgggaattacaaactacagaattttgtCGATCCTGcgaaatgcatcttgcagtgcagcctctgaatgacttgctaagtcttctccagtgcatctactgcatctcccgtgctgacgtgtctctcctctgtctgtccag
 4.45 G6859859@J909895@j_at.+.chr10:28520720-28520870      aaagtacagaaatcaaagcaaactgtatcattgtatttttaaagaaaatacaaaTCAACTATtaaaaaattactgtaaaggaatattaattgtaaagaaaagtagaatgtagagccaaacattccttcataagctctgttttccccacag
 5.17 G6868962@J910360@j_at.+.chr10:70033515-70033665      ctgtttttattggcttctcttgctttgctttgctctctaaatcagcttgccttgtgtgctcCTACTCAGtccttctcatatcctgacactgttttccctgctgtccattataatattccttgtctctgcaatgcatcttgggaccaaaag
 5.37 G6909490@J912863_RC@j_at.-.chr11:66344170-66344320   ccctatgctctccttgtcagtgtggtggggagagtgatttgaactgttcttgcattagttttattcatagtgtaatATAACGATgcaatgtcatgttctgatttgtttgacttacagcaaatgaactgcaacttatctcttttactttag
 3.56 G6857633@J913661@j_at.+.chr11:88247129-88247279      nnnnnngtggagcaccctgtcctctggtgttgctgctgtttgttttacccccaCGACTTTCtcgtgtttccttttcgcgttgggcttttgcctctatcttcccatcccgccctcttctgccattcccacctcctgtaccccaacccccag
 6.95 G6937984@J914178@j_at.+.chr11:101825836-101825986    gatttccctttattgtgtgctaaggaagagtgcctccgacacagtgtcccgTTAACCACtcctcccccaaatagtcagaaatgcatgttcatagcttgtgaccgtgtgtgtggcacggcttcccactaagtgtgaatttgtgttttcaag
 4.28 G6826613@J915568@j_at.+.chr12:46981894-46982044      atttatcagggctgatattactaggcatttgggttggatgtagtttttaaatacttcttttgctccaaagtacttatttacattgtctggtaATAATCTGgagaagataaacattaatagttttaatttgaatatgttttcttgtagcag
 5.13 G6921527@J917737_RC@j_at.-.chr13:104376328-104376478 taataaaacttaagtgtcaacctatttataaacacatattctaaaataatactcttacaacagtgtaggtactctttctaaacaaaagttgaagtgtgcattgtgtgtCTACCGAGagctctcttaattctccctgttttggtactgcag
 7.71 G6963012@J918087_RC@j_at.-.chr14:15859037-15859187   cctcctcctctccctactctccctcctcctcctctccctcctctccctcgatgcagagcccgagctggtgcaCTAACCTGcggtgtgtctgggcttctcttctcacctcctctctccccttctctttccctcttgctgtggtgtgtccag
 5.47 G7020186@J921131_RC@j_at.-.chr15:99654804-99654954   agtctgggtgtgagtgggccttggtattcatagtcccttctggtgtTTACCCAGtagtgagtgaactccagccttgactttggcaaattccacgaatatgaagtctttacaaacagttgatggtaaggagtttgtgtttcctttgtctag
 3.62 G7187550@J923324_RC@j_at.-.chr17:29744295-29744445   gtctagactacacatcaaaaactgtttcaaaaagaaaATAACTGTaatcagtactgatggcctttggtggagagtttgggtggctgatagaatgtgtggttttgtgcgcatgctcctcttgctcactaactcccactccttctctgacag
 6.25 G7003427@J924356@j_at.+.chr17:68413830-68413980      gagcattacgcttggtgtctaagatagcattgcatctgcgtaccagagacctgtcctgcacacaggtcttgtgtgtagaccacaggtctTCAACCGTagcgtgaatcccttggtaagtctctatctcccgctctttctcgatgctggcag
 4.87 G7003427@J924360@j_at.+.chr17:68423833-68423983      ctttttcttttctgtttccaagcgctgctcctggattccttccttcctgctccctttcctctgcctccagttttgtCTAACAAGctgcgaatgaatgctgtgtctgagctgtctctctcgtgcttgactctcctctctttgttcactcag
 5.93 G7003427@J924363@j_at.+.chr17:68427560-68427710      ttcagcatatgcctttgaatcctcccATAATCGTtgtgcctcggtgttaactgtgggggtagatttagctcgtaagtctacatcttgctactgctcatgcatgtcccacctcctttttgttttcgcccttctgtgatttcccggggatag
 3.14 G6968633@J924889@j_at.+.chr18:32600682-32600832      nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntggctttgtctctatctccctgtgccgtgctcTGATCCGCctcccgcgcttcccccttgctggcccacag
 5.33 G7125552@J927684_RC@j_at.-.chr2:23231650-23231800    agataacttttaaaatgcatttgaaatagagctggataaaaacttaacataagttcagtaatataaatgTCAACCTGtcctgtgagatacaacttacctagaattaatttctacttttcccccctcttttttgtttttgccaacataaag
 5.27 G7116657@J927635@j_at.+.chr2:30350047-30350197       tgtcgaagctATAACCTGtctaatggagctgcccctgtgctgttcccatgcgccgatcttcctggggaagtatgatggcagagtgaggctctagtagctgagacatgttcatatcagttactgaattcttctttccatctgtttttgtag
 8.63 G7027452@J928484@j_at.+.chr2:72024286-72024436       tagtatgtaggttttgtgttagtcttaCTAACCGTgtagttagttcttagttgtaaatagcgtgctagttagctgtttatggagtgcatttgcttgactaacttctgaccttttttactaatgcttcatggttgccctacaaccatttag
 4.77 G7029273@J930515_RC@j_at.-.chr2:171396087-171396237  ttaaaaaggtaagtattcccatgatgctttgtgggttgggagccatgagtgacacggcagtaaCTAATTGTcacagtgtctggatatacagagaagacaagtgggtctgttttaaaagcgaatctctaagctgtgtctgatgttgtccag
 8.24 G7016439@J930495@j_at.+.chr2:175578867-175579017     agaaaagcgacctaaggaTTAACCGGgaggatggtacgcaggactgtcaggttttcttacctgactgtttaaagatgcagagactgtgtgggttttgtatgaaattgcagtgccttgcagataggtgagctttcaatctctctttaaaag
 5.06 G7027520@J931922_RC@j_at.-.chr3:104126342-104126492  cataacttcctacagtcccttccagctgtgatcctctggctgtgttatcttccaccgtctgctcatacagcacgcgttcccagggacatctatgCTAACTGTactggtttgttttcacgtagtcctaggctttttctcttccttcttcag
 4.38 G7009086@J932579@j_at.+.chr3:158147529-158147679     ttgcaggtgtggaaatgtaaactttgctaggAGAACCAGctgtaacagatgtggtcgaggtgagcgctgacagataattctcttaatactgtatatgcagatcatttctttatttcccaggatttatatcgagttcttgtctgtttgcag
 2.96 G7106861@J933592@j_at.+.chr4:107132175-107132325     agctggtgcagccagtgaaggcctttgagaaagtgccgtaggcttttgctctgtacaCCACCTGCagttctttaaatgcttcctgtgaacatgtgcttgtgtgcttgtgtttgctgtatctactggttaattgtaatgattttgatccag
10.43 G7094107@J933920_RC@j_at.-.chr4:115985276-115985426  agctgacccactctttctgtctgtgccccttcctcttgcccttcacctacagtcccttcagtgtCGAACCGCagaaccaggtgaccagaaagagggttcctgagctctgctcctgtcccattgttttcttttggtttgttttctctgcag
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 5.91 G7138057@J934892@j_at.+.chr4:145030849-145030999     caccaagtgcaagcttgtatgcaggtgaactgtgtcccagcagtcaagggggactttggtctctggggcccatgttcggctgctccttgaaagcacagtgtgaaggccCTAACCTCttggtcctttctgccgtctgtcttgcctttccag
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Graphical Summary of Profile Hits
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