Improbizer Results

Improbizer will display the results in parts. First it will display the profiles (consensus sequences with the probability of each base at each position) individually as they are calculated. The position of a profile in a sequence is indicated by upper case. The strength of the profile match is indicated by the score on the left. There will be a delay during this phase as each profile is calculated. Second Improbizer will display all profiles at once over each sequence. Each profile has it's own color and the stronger the profile matches the darker it will appear in the sequence. Finally there will be a graphic summary of all the profiles at the end, using the same color conventions.

Looking for 4 motifs in 69 sequences. Longest sequence is 150 bases.

Settings are use location; don't include reverse complement; 1 occurrences per sequence; right align; restrain expansionist tendencies 6.000000; number of sequences in initial scan 1000; background model m2; background data fa/mm2.control.gold.up.fa;

5.7780 @ 123.62 sd 12.92 TTTGTTTTC
	a  0.089 0.102 0.089 0.018 0.018 0.003 0.018 0.003 0.089 
	c  0.246 0.289 0.103 0.390 0.188 0.075 0.174 0.218 0.877 
	g  0.060 0.204 0.003 0.589 0.017 0.003 0.030 0.189 0.031 
	t  0.605 0.405 0.805 0.003 0.777 0.919 0.778 0.590 0.003 
 5.74 G6834971@J907359_RC@j_at.-.chr1:24259490-24259640    ttatttttgatacagtgttttgctttgttaacattcttttagctacttttatcagaaatgcatgagtgtttgtttcttttctgatgtctctgggttttgatgactgccttctcttcttttTCCCTTTTCcctttgcatctgcacatctag
 6.49 G6817930@J907925_RC@j_at.-.chr1:72293170-72293320    cagataatttgggatacattgcatataccatcattgcttgagcattccgtcaatttcactaccggtcacctgatgtacactgctttattttttcctttgttttttgcctctacttttcttttgcctCCTCTTTGCttcgtaactcaatag
 5.99 G6820594@J909190_RC@j_at.-.chr1:169393579-169393729  tcatgctactaaccaggctctgtggatgctgtttttgtcttacatttgatttggggggttgctttgcatgtcgttctcctcttggctgttggttgcagggttgatccttttcctttctgtgattcaggtgcctcactcTTTCCTTTCcag
 4.15 G6813886@J909757@j_at.+.chr10:17982545-17982695      tatgaagtgattatgggaattacaaactacagaattttgtcgatcctgcgaaatgcatcttgcagtgcagcctctgaatgacttgctaagtcttctccagtgcatctactgcatctcccgtgctgacgTGTCTCTCCtctgtctgtccag
 7.57 G6859859@J909895@j_at.+.chr10:28520720-28520870      aaagtacagaaatcaaagcaaactgtatcattgtatttttaaagaaaatacaaatcaactattaaaaaattactgtaaaggaatattaattgtaaagaaaagtagaatgtagagccaaacattccttcataagcTCTGTTTTCcccacag
 4.65 G6868962@J910360@j_at.+.chr10:70033515-70033665      ctgtttttattggcttctcttgctttgctttgctctctaaatcagcttgccttgtgtgctcctactcagtccttctcatatcctgacactgttttccctgctgtccattataatattcctTGTCTCTGCaatgcatcttgggaccaaaag
 4.95 G6899511@J912281@j_at.+.chr11:50554203-50554353      gggaggactctcactgtaatagaaagtgtaaacaggagaggctcatccttgccttgggaggagggggtcacttgaatagagagagagcactggggacccagccctctgcttgagtctgagcTCTGATTTCatccactctcactgaactag
 6.39 G6903939@J912578_RC@j_at.-.chr11:55221405-55221555   acttaaacaaaattgttaagtcactgagtttatgaaattttgacttgcagtaattgcctttagataacatcactcttacttcagatttcaaaggctgagcgactccaagaacactgcaggtgcctcatTCTCTTCTCctcctcttcctag
 7.74 G6903939@J912580_RC@j_at.-.chr11:55237415-55237565   acatgcattaaaaagtaggttgtttgtttaaccatggtgctaagtgtgctctagcatttgggttcagttttcatttgtatcagttaattacatagaggggagaattgctccctgcagctttggctcctaactgcatgctTTTGTTTTCag
 5.47 G6909490@J912863_RC@j_at.-.chr11:66344170-66344320   ccctatgctctccttgtcagtgtggtggggagagtgatttgaactgttcttgcattagttttattcatagtgtaatataacgatgcaatgtcatgttctgatttgtttgacttacagcaaatgaactgcaacttaTCTCTTTTActttag
 4.83 G6937358@J912962@j_at.+.chr11:71196576-71196726      agtgatctggggcaggctgtggagccttcactaatgagcgtgggctaggggagctgcagaccttacatagcatagctcatgttcctaacctttctcaccatctctCCTGCTTCCtcctggccgcctttcttcctctgtggcccctcccag
 2.96 G6857633@J913661@j_at.+.chr11:88247129-88247279      nnnnnngtggagcaccctgtcctctggtgttgctgctgtttgttttacccccacgactttctcgtgtttccttttcgcgttgggcttttgcctcTATCTTCCCatcccgccctcttctgccattcccacctcctgtaccccaacccccag
 7.28 G6937984@J914178@j_at.+.chr11:101825836-101825986    gatttccctttattgtgtgctaaggaagagtgcctccgacacagtgtcccgttaaccactcctcccccaaatagtcagaaatgcatgttcatagcttgtgaccgtgtgtgtggcacggcttcccactaagtgtgaattTGTGTTTTCaag
 2.33 G6960082@J914575_RC@j_at.-.chr11:107880252-107880402 ctcttccagaacctgccttgctttaacatgaccatcagagagaggcagggcttggtgactgatgactttagtagttgattgaatgtggccacttgtccaaaagcaatcttaaagcgtatctttaaagtTTTGTTGTGcattttgctgtag
 7.59 G6826613@J915568@j_at.+.chr12:46981894-46982044      atttatcagggctgatattactaggcatttgggttggatgtagtttttaaatacttcttttgctccaaagtacttatttacattgtctggtaataatctggagaagataaacattaatagttttaatttgaaTATGTTTTCttgtagcag
 5.05 G6875109@J916256_RC@j_at.-.chr12:94625494-94625644   agagggttaggaaaggaatgcagaacgtggatagaagggctggctctctcaggctttgacatctggtttcctttcgtgtagttcttgtgagaagtgtgctgatTCTGTTCCCtctcttcagttgtccttgtttttgactttgtgctgcag
 6.63 G6899622@J916374@j_at.+.chr12:105926043-105926193    gaggttgttaaattagttcagcagaaactgaaaaatgcctagacttattcactgtgtaatgtttttgttgatgtacagtggttgtataccagtttgtaagaTTTCTTTTCtctttccactttcctttgcttctacgttctgtccattgag
 5.76 G6902588@J916395@j_at.+.chr12:106069646-106069796    agcgtcttgctgtggggcacagacataagggcagtagggcctgctgtgtgtgtttagagtcctcttcatgacagacggcgggatgggtgttttcttgtcctcctggcactcacgagccattggtaacaagttttatttTTCGTTTTAaag
 3.84 G6921527@J917737_RC@j_at.-.chr13:104376328-104376478 taataaaacttaagtgtcaacctatttataaacacatattctaaaataatactcttacaacagtgtaggtactctttctaaacaaaagttgaagtgtgcattgtgtgtctaccgagagctctcttaattctcCCTGTTTTGgtactgcag
 6.96 G6963012@J918087_RC@j_at.-.chr14:15859037-15859187   cctcctcctctccctactctccctcctcctcctctccctcctctccctcgatgcagagcccgagctggtgcactaacctgcggtgtgtctgggcttctcttctcacctcctctctcccctTCTCTTTCCctcttgctgtggtgtgtccag
 5.66 G6877982@J919322@j_at.+.chr14:111660227-111660377    tatctgctatactgacgatgtgaacggccctaagaactgtgtaaactaacctccttgtgcttcgatctcactctgaatgttaactctaaaccgctaacctgTTTCTTTCCcttttattcacctttccctccccccattgcatgacttcag
 6.64 G6972175@J919743@j_at.+.chr15:42030844-42030994      tgaactaggaaaagatagcttggttaccattctcttctcccatttaaatctctccctttgcctcctctttctctcctgtcttttctttttatatacatattctcttctcaactgtcagtggaattattgtcttCCTGTTTCCatattcag
 7.05 G7020186@J921131_RC@j_at.-.chr15:99654804-99654954   agtctgggtgtgagtgggccttggtattcatagtcccttctggtgtttacccagtagtgagtgaactccagccttgactttggcaaattccacgaatatgaagtctttacaaacagttgatggtaaggagttTGTGTTTCCtttgtctag
 6.32 G7027861@J921852@j_at.+.chr16:22871667-22871817      gctcagaataattgtttcttaactatacctgtctgccatctgcctgtagcagcccagggacgcttggtctcaaacatgattgaaattaaatgtatgcctgaatagtatgcctgaatagagattcttgatttgaGTTGTTTGCatttgcag
 4.02 G7187550@J923324_RC@j_at.-.chr17:29744295-29744445   gtctagactacacatcaaaaactgtttcaaaaagaaaataactgtaatcagtactgatggcctttggtggagagtttgggtggctgatagaatgtgtggttttgtgcgcatgctcctcttgctcactaactcccaCTCCTTCTCtgacag
 2.43 G7003427@J924356@j_at.+.chr17:68413830-68413980      gagcattacgcttggtgtctaagatagcattgcatctgcgtaccagagacctgtcctgcacacaggtcttgtgtgtagaccacaggtcttcaaccgtagcgtgaatcccttggtaagtctctatctcccgctctttctcGATGCTGGCag
 5.40 G7003427@J924360@j_at.+.chr17:68423833-68423983      ctttttcttttctgtttccaagcgctgctcctggattccttccttcctgctccctttcctctgcctccagttttgtctaacaagctgcgaatgaatgctgtgtctgagctgtctctctCGTGCTTGActctcctctctttgttcactcag
 7.98 G7003427@J924363@j_at.+.chr17:68427560-68427710      ttcagcatatgcctttgaatcctcccataatcgttgtgcctcggtgttaactgtgggggtagatttagctcgtaagtctacatcttgctactgctcatgcatgtcccacctccttTTTGTTTTCgcccttctgtgatttcccggggatag
 4.16 G6995877@J924815@j_at.+.chr18:24735867-24736017      aaaggagagagtcccaggaatagagttggttagttctaggcccttgtttcctttcattctgtaagaaattttggaatagttgtaaaagtctaggtccagtattctcagtgctgtatccaaggcacaccttactgACTGTTATCttcctag
 7.08 G6968633@J924889@j_at.+.chr18:32600682-32600832      nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntggctttgtctctatctccctgtgccgtgctctgatccgcctccCGCGCTTCCcccttgctggcccacag
 4.03 G7137886@J926032_RC@j_at.-.chr19:3655443-3655593     agtgaaaacagtcactagaataaagtttgagtcttctttggccagtaagcccagttaaaatgataatgtttgaccctccagaaaaagaaggttacaatgaagattcctgtgtgggcttgtcaaattctcattctgTATATTTTCtttcag
 5.56 G6994693@J926511@j_at.+.chr19:26499195-26499345      ttcactccactcccagagcccccgtgtgtgtgtatgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgacctcctttgctgtgttgacgagtctctgaaatgaccccctcgctgaggagtgcttcatcttctttgtttctgTTTGTCTCCcccatcctgcag
 6.09 G7011234@J926633_RC@j_at.-.chr19:32492157-32492307   tatggttttccttcaaatggggcccttcttaaacaatgggcaatgttttattttgaccaaaagttagtttcttttacttaggtcagcttgctttctctcccaactttaatatatggttatttcctagTGACTTTTCtgtgtctttttaag
 5.66 G7125552@J927684_RC@j_at.-.chr2:23231650-23231800    agataacttttaaaatgcatttgaaatagagctggataaaaacttaacataagttcagtaatataaatgtcaacctgtcctgtgagatacaacttacctagaattaatttCTACTTTTCccccctcttttttgtttttgccaacataaag
 6.51 G7116657@J927635@j_at.+.chr2:30350047-30350197       tgtcgaagctataacctgtctaatggagctgcccctgtgctgttcccatgcgccgatcttcctggggaagtatgatggcagagtgaggctctagtagctgagacatgttcatatcagttactgaattCTTCTTTCCatctgtttttgtag
 5.19 G6988020@J928252_RC@j_at.-.chr2:49398775-49398925    agcaatgaaacatttaaatgacatatatgaagaggagccctttaattttcaaatggtgtataatggtaagatgaagtgcatcattttcttgttggtttcttgcctttttcttatttgaaagtactAATGTTCTCattgcttactctgcag
 4.09 G7053597@J928548_RC@j_at.-.chr2:71554818-71554968    gagaaactcaaaggtggcttctttttagctgtgtgttattgagagaacctagaaccctgtaggcaggcagttgtgtgcagctgtgcaggcacctacactccacaggagtgtggcatagggttctcactcatcaggcTTTCCCTTCcacag
 3.72 G7027452@J928484@j_at.+.chr2:72024286-72024436       tagtatgtaggttttgtgttagtcttactaaccgtgtagttagttcttagttgtaaatagcgtgctagttagctgtttatggagtgcatttgcttgactaacttctgaccttttttactaatgcttCATGGTTGCcctacaaccatttag
 3.96 G7035205@J928611_RC@j_at.-.chr2:74709244-74709394    gtgtgctaacagtagattgattgtcttatagtataagctggtgtttcactgctaatggtggttttacatgttgtggaaattgatatcctttaTCAGTTTTCtttgatcaaattgaaaatcttaactatattttaaaactttttgccacag
 5.42 G7029273@J930515_RC@j_at.-.chr2:171396087-171396237  ttaaaaaggtaagtattcccatgatgctttgtgggttgggagccatgagtgacacggcagtaactaattgtcacagtgtctggatatacagagaagacaagtgggTCTGTTTTAaaagcgaatctctaagctgtgtctgatgttgtccag
 5.19 G7016439@J930495@j_at.+.chr2:175578867-175579017     agaaaagcgacctaaggattaaccgggaggatggtacgcaggactgtcaggttttcttacctgactgtttaaagatgcagagactgtgtgggttttgtatgaaattgcagtgccttgcagataggTGAGCTTTCaatctctctttaaaag
 8.17 G7027520@J931922_RC@j_at.-.chr3:104126342-104126492  cataacttcctacagtcccttccagctgtgatcctctggctgtgttatcttccaccgtctgctcatacagcacgcgttcccagggacatctatgctaactgtactggTTTGTTTTCacgtagtcctaggctttttctcttccttcttcag
 8.39 G7045192@J932067_RC@j_at.-.chr3:108920869-108921019  atcatgagaaaatcagctcagtctagatccaaaagaaaaaacttctgctgaatcaggaccgggttcttgtagacagaaacctgagcctagctctattctacacagtaattcaagcttttctctctttggcTTTGTTTTCcttaactccag
 7.11 G7009086@J932579@j_at.+.chr3:158147529-158147679     ttgcaggtgtggaaatgtaaactttgctaggagaaccagctgtaacagatgtggtcgaggtgagcgctgacagataattctcttaatactgtatatgcagatcatttctttatttcccaggatttatatcgagttcttgTCTGTTTGCag
 6.75 G7106861@J933592@j_at.+.chr4:107132175-107132325     agctggtgcagccagtgaaggcctttgagaaagtgccgtaggcttttgctctgtacaccacctgcagttctttaaatgcttcctgtgaacatgtgcttgtgtgctTGTGTTTGCtgtatctactggttaattgtaatgattttgatccag
 8.68 G7094107@J933920_RC@j_at.-.chr4:115985276-115985426  agctgacccactctttctgtctgtgccccttcctcttgcccttcacctacagtcccttcagtgtcgaaccgcagaaccaggtgaccagaaagagggttcctgagctctgctcctgtcccattgttttcttttggTTTGTTTTCtctgcag
 7.05 G7072884@J934125_RC@j_at.-.chr4:123572136-123572286  ccagggccaaatcgagcctcttccccatcctagcctgcccgctccttcctctcccatcctgccctcagagcatcctgcatggaaggcctcagtgccccccctggctcccgtctggcccggccctaatgccgtgTGTCTTTTCccctccag
 7.35 G7081729@J934280_RC@j_at.-.chr4:126815156-126815306  cgagagtggcgttggtgcccgcgacctgggagattaagatgaatctccatttcgttgtcaaaatccgggcgctacgccggtggcttggagaggtttgtgccctttccgttTACGTTCGCtaacttgatttgtcttttaaaaacattttag
 4.53 G7092563@J934518@j_at.+.chr4:135781431-135781581     ttcctttcatttgtctgactctgtcaaaccaatatccgtaagacacctgccctgaaaagccagcgtgcgagcacgtaaacatcaccagccaaggtccagttggactgatacttAGTGTTTTAtcttcttgctctttgatctcattcatag
 7.62 G7117774@J935049_RC@j_at.-.chr4:144650354-144650504  gtagtttttgtatgctctaatttaattggtcctttgaatcactaaaaagaactaaacctcttcttgtccctagaaagtgttctgatttccatttattctcgaggcttatcccatgttccttttctctcctttaaatgctTTCGTTTGCag
 5.13 G7138057@J934892@j_at.+.chr4:145030849-145030999     caccaagtgcaagcttgtatgcaggtgaactgtgtcccagcagtcaagggggactttggtctctggggcccatgttcggctgctccttgaaagcacagtgtgaaggccctaacctcttGGTCCTTTCtgccgtctgtcttgcctttccag
 7.22 G7049941@J935311@j_at.+.chr5:14765406-14765556       ttttccaaactacagctatacataaatggacctttgatctatgcacaatatttttattcacagtcattgaataaaatattgtttgtgaccccctttactttaccctcttttttTTTGTTTCCctgctttctctttctgatggatttacag
 6.38 G7099206@J936094@j_at.+.chr5:64656836-64656986       aataatatcataaaagtgtgtcatgtaatttatcttgggataccattttcttcaaggtatattttacctttatatgttgggttttttgtttgtttgTTTGTTTTCtgtcctccttattacttaaaaactcaagtgtgctttatattctag
 5.34 G7110767@J938459_RC@j_at.-.chr6:32949943-32950093    ctgcctcctcttcctccttaaccatgctggtcttttcttgactcttaactgctgctgctgctgcaccatctgccctacccacagccccaatgtctgtctgtattatgactaccctgagatagtgtgcaatgcCTTCCTTCCttgtttcag
 7.85 G7111083@J938885@j_at.+.chr6:72730217-72730367       tatgttaagagtgaatcccttattttctttggaatccatgagtttagaatcctcaccactttttgttgatgtcactgctttctttgtatccctgttagctgttaaaaatctgttgaaaTTTGCTTTCctcttgttcacttttgctgcaag
 2.97 G7153846@J939317_RC@j_at.-.chr6:94460013-94460163    ctgaccggacgaataaactctctttgccctatgttaacaaatgaagattttttctttcttgttatagggaatctaaatgttgaactttttctctttctctctttCTCCTTCTCtctgactgttcttggtgctgggccctccctcctccag
 5.38 G7155252@J939653_RC@j_at.-.chr6:120417586-120417736  tgtagtttagacagctagaacctaatgtacaaacagccaagaacttcttttctgctacattatgtttatgtctttgttttaatactaaccaactctttttcattcccatgctgccctggggcATTGTTCCCttgtcatctctccccgtag
 5.68 G7141501@J939845_RC@j_at.-.chr6:125629511-125629661  tcatctcagagggtctagctcctctctcccaccttggttctgctttggatccttgtgtctgtctcttcacaagctagatccctccaccccagtgcatagttgtccccaaccctgcctcctggtgacaccttCCTCTTCTCtgccctccag
 7.20 G7148033@J939983_RC@j_at.-.chr6:131997225-131997375  gttgcgtctgcacagtgttgtgtcttcacaatgaaaggtcactgctctgggagttggggtttttcctggtgatagctcatcctaagtggtattctttggttcttgcctcgctgtaacttcttctgaaactatgTTTCTTTGCttcgctag
 5.80 G7132074@J940540_RC@j_at.-.chr7:12162531-12162681    ggtctgagccataaggcctgggctgtggtcagacatccgggacaggtctccatgctgaatcccagtctgccatctgtaagaaggaacccagcctagggtggatttctgcctgcagcagtagagcttcatgCCTCTTCTCctcctccacag
 2.86 G7220325@J940985_RC@j_at.-.chr7:19777332-19777482    ctgttgaggagcctgcgggagaactgcccttgaatgaaatcgaggcatggaaggcagcagagaaggtaggagtacgctgctccacttgaactatctcaaactgttgggaccaccttgtataggctgACAGCTTCCtgccccactccacag
 7.29 G7263934@J943255_RC@j_at.-.chr7:123010200-123010350  cacccatgttttgggaggagagcaagcaccacacgccagaagagcaggtctgtcccctcttacttagagagcgacaggaagtcgtgaatgacctgtcagcctgtgtcctggaggtctccagagttaaggCTTCTTTTCtccttgtttcag
 3.82 G7193738@J944098@j_at.+.chr8:24284936-24285086       gttccggtccccagctctcttgccttagctaaggcctggacagtgcagtgacctacgactcggctcgccctatggctcacctaactccctttctcctCCTCCTTTCtccacttggctcttcctcctggcccttgtgggtggctgctgcag
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