Improbizer Results

Improbizer will display the results in parts. First it will display the profiles (consensus sequences with the probability of each base at each position) individually as they are calculated. The position of a profile in a sequence is indicated by upper case. The strength of the profile match is indicated by the score on the left. There will be a delay during this phase as each profile is calculated. Second Improbizer will display all profiles at once over each sequence. Each profile has it's own color and the stronger the profile matches the darker it will appear in the sequence. Finally there will be a graphic summary of all the profiles at the end, using the same color conventions.

Looking for 2 motifs in 87 sequences. Longest sequence is 150 bases.

Settings are use location; include reverse complement; 1 occurrences per sequence; right align; restrain expansionist tendencies 6.000000; number of sequences in initial scan 1000; background model m2; background data fa/mm2.control.gold.up.fa;

6.8298 @ 127.95 sd 9.74 GAAAACA
	a  0.003 0.493 0.922 0.706 0.592 0.296 0.811 
	c  0.003 0.207 0.071 0.015 0.003 0.447 0.003 
	g  0.990 0.242 0.003 0.276 0.356 0.231 0.082 
	t  0.003 0.058 0.003 0.003 0.049 0.026 0.104 
 7.73 G6834971@J907359_RC@j_at.-.chr1:24259490-24259640    ttatttttgatacagtgttttgctttgttaacattcttttagctacttttatcagaaatgcatgagtgtttgtttcttttctgatgtctctgggttttgatgactgccttctcttcTTTTTCCcttttccctttgcatctgcacatctag
 3.42 G6850160@J907675_RC@j_at.-.chr1:52778643-52778793    ccagaaagtggataatagtgatacaaataccacatacatgaccaagtattgggtagaaacttttatattcaggaataaaacttatagttggaataagcatatacaatatctgcgctataTATTTACaaactcttatttttttaaaaacag
 8.91 G6865744@J908090@j_at.+.chr1:83613942-83614092       tgataatttttgtaccatggtattagatatttatgaaaaatgtcaaaaagaaactattgctgtcagtaggttgtaatgcaaatctggcaggattaaaaaacatcattgtgaagtcccacacacacacccTTTTTTCttttcttttcctag
 7.49 G6865744@J908096@j_at.+.chr1:83629948-83630098       aaggattttcaaagcatttgagggatattatattgtactaaagcatacaatataatcctatctgacatttatttgtcttgtttttgctttattttcgtatttctctgtttcctgattctgtcttgTGTCTTCtgcaaaaacctgccctag
 7.54 G6845409@J908514_RC@j_at.-.chr1:120494641-120494791  aatcctagcactcagcaggcagagacctgtggatctttgtgagtttaagaccagttagggctacttagtgagatcctgtctcaaaaaggaaggaaaaaacatcataagacatagcctattgaagaTGCTTTCatattatttctcttccag
 7.93 G6820594@J909190_RC@j_at.-.chr1:169393579-169393729  tcatgctactaaccaggctctgtggatgctgtttttgtcttacatttgatttggggggttgctttgcatgtcgttctcctcttggctgttggttgcagggttgatccttttcctttctgtgattcaggtgcctcacTCTTTCCtttccag
 5.80 G6813886@J909757@j_at.+.chr10:17982545-17982695      tatgaagtgattatgggaattacaaactacagaattttgtcgatcctgcgaaatgcatcttgcagtgcagcctctgaatgacttgctaagtcttctccagtgcatctactgcatctcccgtgctgacgtgTCTCTCCtctgtctgtccag
 5.13 G6829755@J909798@j_at.+.chr10:20217337-20217487      cagacagacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacaccacatacactttgcttttgttactgcagtaaaatctagaatttgcatgtaactaaataccttTGATTGCattactaaaaactgtgttaatgttaatcag
 8.50 G6831825@J909878_RC@j_at.-.chr10:25108669-25108819   aaaagcaacccagtcttgttggaattatagatcccatttgccagagtgaagggcacttgctcttttaactagctgaactagctggaccctggtggcctagttgctatggcaatacgagctcagtgaccTCTCTTCtcttgtggaatgtag
 9.88 G6859859@J909895@j_at.+.chr10:28520720-28520870      aaagtacagaaatcaaagcaaactgtatcattgtatttttaaagaaaatacaaatcaactattaaaaaattactgtaaaggaatattaattgtaaagaaaagtagaatgtagagccaaacattccttcataagctcTGTTTTCcccacag
 5.48 G6868962@J910360@j_at.+.chr10:70033515-70033665      ctgtttttattggcttctcttgctttgctttgctctctaaatcagcttgccttgtgtgctcctactcagtccttctcatatcctgacactgttttccctgctgtccattataatattccttgTCTCTGCaatgcatcttgggaccaaaag
 2.97 G6891129@J912263@j_at.+.chr11:49590414-49590564      ctgatcaatagcttaacttttaatacaataataaatgatataataaatagtaataacatttgccctgaccaagggacaagtattgttcttactggttttagatggctatcatccaataatcatagtaacactattactttaATTTTACag
 7.15 G6899511@J912296@j_at.+.chr11:50580367-50580517      ctggggtgctctctgggagggccccacagcactccctgggccagactggcccctgtagacattctcaactgttgtttctcttgcatctctgtctccctggacgtgggcttctccctctgccctctacacatcctcTGCTGTCccttccag
 2.56 G6909490@J912863_RC@j_at.-.chr11:66344170-66344320   ccctatgctctccttgtcagtgtggtggggagagtgatttgaactgttcttgcattagttttattcatagtgtaatataacgatgcaatgtcatgttctgatttgtttgacttacagcaaatgaactgcaacttatctCTTTTACtttag
 8.56 G6937358@J912962@j_at.+.chr11:71196576-71196726      agtgatctggggcaggctgtggagccttcactaatgagcgtgggctaggggagctgcagaccttacatagcatagctcatgttcctaacctttctcaccatctctcctgcttcctcctggccgccTTTCTTCctctgtggcccctcccag
 8.76 G6926528@J913333@j_at.+.chr11:78135993-78136143      aggaactggctggggaggcagatttccttgcatgctgtgtgttgagtgtgtggagatgtgtctgagcttgacgtgtgaaggcaagagcggcctgctgctgggtaattgctgctctgtcctattcttccctttgcTGCCTTCctggattag
 4.82 G6857633@J913661@j_at.+.chr11:88247129-88247279      nnnnnngtggagcaccctgtcctctggtgttgctgctgtttgttttacccccacgactttctcgtgtttccttttcgcgttgggcttttgcctctatcttcccatcccgccctcTTCTGCCattcccacctcctgtaccccaacccccag
 7.34 G6937984@J914178@j_at.+.chr11:101825836-101825986    gatttccctttattgtgtgctaaggaagagtgcctccgacacagtgtcccgttaaccactcctcccccaaatagtcagaaatgcatgttcatagcttgtgaccgtgtgtgtggcacggcttcccactaagtgtgaatttgTGTTTTCaag
 6.15 G6960082@J914575_RC@j_at.-.chr11:107880252-107880402 ctcttccagaacctgccttgctttaacatgaccatcagagagaggcagggcttggtgactgatgactttagtagttgattgaatgtggccacttgtccaaaagcaatcttaaagcgtatctttaaagttttgttgtgcATTTTGCtgtag
 7.81 G6826613@J915568@j_at.+.chr12:46981894-46982044      atttatcagggctgatattactaggcatttgggttggatgtagtttttaaatacttcttttgctccaaagtacttatttacattgtctggtaataatctggagaagataaacattaatagttttaatttgaataTGTTTTCttgtagcag
 6.56 G6910999@J915678@j_at.+.chr12:65574335-65574485      taaacttaataaatgttatttttatattttttctttgaccctttaagtgcatcagagatatttccagatgtttttgtggccattgtttctttggcagatatttagaaaaaaggttataagttgagtatgtaattttccattTCTTTGCag
 7.16 G6875109@J916256_RC@j_at.-.chr12:94625494-94625644   agagggttaggaaaggaatgcagaacgtggatagaagggctggctctctcaggctttgacatctggtttcctttcgtgtagttcttgtgagaagtgtgctgattctgttcccTCTCTTCagttgtccttgtttttgactttgtgctgcag
 7.02 G6899622@J916374@j_at.+.chr12:105926043-105926193    gaggttgttaaattagttcagcagaaactgaaaaatgcctagacttattcactgtgtaatgtttttgttgatgtacagtggttgtataccagtttgtaagatttcttttcTCTTTCCactttcctttgcttctacgttctgtccattgag
 8.63 G6909211@J916434@j_at.+.chr12:107324455-107324605    tagaaccttttggtggaatcaggttttaatcctgctcctgcttccctacccagtgaggcctttgtcatgctagttcagagtgctggtgtgaggatgctctctgctggtttgctttaatatgctctagactagaaggcTGTTTCCttccag
 5.91 G6885622@J917196_RC@j_at.-.chr13:55052060-55052210   attctgattaggaaaccagggccatgttgtacaatgtgggggttcaaggatgccttgcaggtcactgtttagttctctgtcctgtgcttcaagtaatacatttggtttgggcaagtcttacttagtaagtttccctatcaTTTTTTCcag
 4.22 G6921527@J917737_RC@j_at.-.chr13:104376328-104376478 taataaaacttaagtgtcaacctatttataaacacatattctaaaataatactcttacaacagtgtaggtactctttctaaacaaaagttgaagtgtgcattgtgtgtctaccgagagctctcttaATTCTCCctgttttggtactgcag
 8.53 G6963012@J918087_RC@j_at.-.chr14:15859037-15859187   cctcctcctctccctactctccctcctcctcctctccctcctctccctcgatgcagagcccgagctggtgcactaacctgcggtgtgtctgggcttctcttctcacctcctctctccccttcTCTTTCCctcttgctgtggtgtgtccag
 5.14 G6928842@J918735_RC@j_at.-.chr14:45995060-45995210   cccctcatccctgctgtatctccaggcctggagctgtgcgacccaacccagaggcttcgggtggccctggcaggggagttggtaggggtgggagggcacttcctgttcctgggcctggcccttgtctctaaggactggCGATTTCtacag
 7.09 G6924354@J919294_RC@j_at.-.chr14:94383434-94383584   tactcaggtggcttcagtttcactttagcaaaattgtatttcctattggcgctggaactcaggaaatgtcactgtgaacgcatcttctgcagatgatcctctgttccctttccttgttgatatctTTCTTTCttaaactttgttgctcag
 6.91 G6877982@J919322@j_at.+.chr14:111660227-111660377    tatctgctatactgacgatgtgaacggccctaagaactgtgtaaactaacctccttgtgcttcgatctcactctgaatgttaactctaaaccgctaacctgtttctttcccttttattcACCTTTCcctccccccattgcatgacttcag
 8.81 G6972175@J919743@j_at.+.chr15:42030844-42030994      tgaactaggaaaagatagcttggttaccattctcttctcccatttaaatctctccctttgcctcctctttctctcctgtcttttctttttatatacatattctcttctcaactgtcagtggaattattgtcttccTGTTTCCatattcag
 5.11 G6971138@J920444_RC@j_at.-.chr15:80268219-80268369   nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncagactgacttcatatgtaaccttagtttactaGTAAAGAtagtaatgtgttcactttcttacagag
 7.35 G7020186@J921131_RC@j_at.-.chr15:99654804-99654954   agtctgggtgtgagtgggccttggtattcatagtcccttctggtgtttacccagtagtgagtgaactccagccttgactttggcaaattccacgaatatgaagtctttacaaacagttgatggtaaggagtttgTGTTTCCtttgtctag
 8.97 G7131630@J921271@j_at.+.chr16:3342663-3342813        agtcagctcctctccatctgcagtgagggcaaccacaagaagatctctgtgctgggaagccactagccgtctctcgtcactcagctcctgggttggtgtagaggaacaggtaagcaggccttcaggtgatgcTGTTTCCtctccccacag
 6.61 G6994500@J921631_RC@j_at.-.chr16:15808536-15808686   ctttaaaaatgtgaatgtgtatttagcagatcctaaaattaagacatttgttaacttgtagtaataaaaagttttctgcgttatctttttaagttcctgattataaaacctaatttccagtctttaagaaatgagtctTTCTTTCtctag
 7.46 G7027861@J921852@j_at.+.chr16:22871667-22871817      gctcagaataattgtttcttaactatacctgtctgccatctgcctgtagcagcccagggacgcttggtctcaaacatgattgaaattaaatgtatgcctgaatagtatgcctgaatagagattcttgatttgagtTGTTTGCatttgcag
 7.35 G6990278@J921938@j_at.+.chr16:31634004-31634154      gaaaaatctacaggcgtgctttgtacactgtgtgtacctgtaatggtcttggaactgtctcttattgtagcaccaattctatgcatcactgacaactattttctttgattatctttttatTGCTTGCtctctggggactactctctacag
 5.72 G7187550@J923324_RC@j_at.-.chr17:29744295-29744445   gtctagactacacatcaaaaactgtttcaaaaagaaaataactgtaatcagtactgatggcctttggtggagagtttgggtggctgatagaatgtgtggttttgtgcgcatgctcCTCTTGCtcactaactcccactccttctctgacag
 5.77 G7003427@J924356@j_at.+.chr17:68413830-68413980      gagcattacgcttggtgtctaagatagcattgcatctgcgtaccagagacctgtcctgcacacaggtcttgtgtgtagaccacaggtcttcaaccgtagcgtgaatcccttggtaagtctcTATCTCCcgctctttctcgatgctggcag
 6.10 G7003427@J924360@j_at.+.chr17:68423833-68423983      ctttttcttttctgtttccaagcgctgctcctggattccttccttcctgctccctttcctctgcctccagttttgtctaacaagctgcgaatgaatgctgtgtctgagctgtctctctcgtgcttgactctcctctcTTTGTTCactcag
 7.72 G7003427@J924363@j_at.+.chr17:68427560-68427710      ttcagcatatgcctttgaatcctcccataatcgttgtgcctcggtgttaactgtgggggtagatttagctcgtaagtctacatcttgctactgctcatgcatgtcccacctccttttTGTTTTCgcccttctgtgatttcccggggatag
 6.96 G6968633@J924889@j_at.+.chr18:32600682-32600832      nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntggctttgtctctatctccctgtgccgtgctctgatcCGCCTCCcgcgcttcccccttgctggcccacag
 6.67 G7006602@J925098@j_at.+.chr18:38488654-38488804      cagagactaggaacttaacgtaagggatggacggtgcttcgggagggttttgtccccttgactacagcctcagggctgagccctgctcggtagtttgggacactccagtgttgatgaactgaTCCTTTCtgatttttgtttttggttcag
 6.63 G7137886@J926032_RC@j_at.-.chr19:3655443-3655593     agtgaaaacagtcactagaataaagtttgagtcttctttggccagtaagcccagttaaaatgataatgtttgaccctccagaaaaagaaggttacaatgaagattcctgtgtgggcttgtcaaattctcattctgtatattTTCTTTCag
 4.73 G7077638@J925810@j_at.+.chr19:6534291-6534441        gctcaggaggtaaaagaaagtcctttctttcgttccctggactggcagatggtcttcttacagaaggtaaaaatctatccaggggtagatgggaatctcctccgctgcccctccctcacccatgcTGATGCCcagccccgctctgtgcag
 6.94 G6994693@J926511@j_at.+.chr19:26499195-26499345      ttcactccactcccagagcccccgtgtgtgtgtatgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgacctcctttgctgtgttgacgagtctctgaaatgaccccctcgctgaggagtgcttcatcttctttgtttctgttTGTCTCCcccatcctgcag
 5.48 G7011234@J926633_RC@j_at.-.chr19:32492157-32492307   tatggttttccttcaaatggggcccttcttaaacaatgggcaatgttttattttgaccaaaagttagtttcttttacttaggtcagcttgctttctctcccaactttaatatatggttatttcctagtgACTTTTCtgtgtctttttaag
 6.89 G7125552@J927684_RC@j_at.-.chr2:23231650-23231800    agataacttttaaaatgcatttgaaatagagctggataaaaacttaacataagttcagtaatataaatgtcaacctgtcctgtgagatacaacttacctagaattaatttctacttttcccccctcttttttgTTTTTGCcaacataaag
 9.39 G7116657@J927635@j_at.+.chr2:30350047-30350197       tgtcgaagctataacctgtctaatggagctgcccctgtgctgttcccatgcgccgatcttcctggggaagtatgatggcagagtgaggctctagtagctgagacatgttcatatcagttactgaattcTTCTTTCcatctgtttttgtag
 6.12 G7053597@J928548_RC@j_at.-.chr2:71554818-71554968    gagaaactcaaaggtggcttctttttagctgtgtgttattgagagaacctagaaccctgtaggcaggcagttgtgtgcagctgtgcaggcacctacactccacaggagtgtggcatagggttctcactcatcaggcttTCCCTTCcacag
 3.56 G7027452@J928484@j_at.+.chr2:72024286-72024436       tagtatgtaggttttgtgttagtcttactaaccgtgtagttagttcttagttgtaaatagcgtgctagttagctgtttatggagtgcatttgcttgactaacttctgacctTTTTTACtaatgcttcatggttgccctacaaccatttag
 7.84 G7035205@J928611_RC@j_at.-.chr2:74709244-74709394    gtgtgctaacagtagattgattgtcttatagtataagctggtgtttcactgctaatggtggttttacatgttgtggaaattgatatcctttatcagttttctttgatcaaattgaaaatcttaactatattttaaaacTTTTTGCcacag
 6.76 G7023578@J928807_RC@j_at.-.chr2:92120099-92120249    catcttaaaagctgaaccccgggaacctgtgggataagcaggggctagatctagatgaagctgggcttgggcgtgactcaccaggctgtctctttctgtctcctttctttcctcttgctaccatgttccTCCCTGCtcacaaattggcag
 9.21 G7023578@J928812_RC@j_at.-.chr2:92125497-92125647    tcctcaaccctacccaaattaagatatcttggtatctcttagccaataatgctgtgtctgaaacggaatgagcatgggcggggtgattcctgtcctttgacaagtctgactttctgtctttctctccTGCTTGCattgcatctggggtag
 9.09 G7039426@J929833@j_at.+.chr2:153507617-153507767     caggctgctttgcacgcagcaaagtggaaggacaggccatggaaccaagacagtggtgctctgtgctcctagggaaggctgactctagctttccctgatctcctcctctgcatctccttgttcCGTCTTCtctgtctgtctctcacacag
 8.47 G7051170@J929944@j_at.+.chr2:156854574-156854724     ctcagaagaggccttttagctggggctagaccctcgtgctgaagcaggagtgtcagtcctccctcctcccatggatcttgctccatagatctcactgtgaagctctgaatctttgttctcttcctcctctcTCCTTCCcccatgctgcag
 5.32 G7029273@J930515_RC@j_at.-.chr2:171396087-171396237  ttaaaaaggtaagtattcccatgatgctttgtgggttgggagccatgagtgacacggcagtaactaattgtcacagtgtctggatatacagagaagacaagtgggtctgttttaaaagcgaatctctaagctgtgtctgaTGTTGTCcag
 5.63 G7016439@J930495@j_at.+.chr2:175578867-175579017     agaaaagcgacctaaggattaaccgggaggatggtacgcaggactgtcaggttttcttacctgactgtttaaagatgcagagactgtgtgggttttgtatgaaattgcagtgccttgcagataggtgAGCTTTCaatctctctttaaaag
 8.23 G7027520@J931922_RC@j_at.-.chr3:104126342-104126492  cataacttcctacagtcccttccagctgtgatcctctggctgtgttatcttccaccgtctgctcatacagcacgcgttcccagggacatctatgctaactgtactggtttgttttcacgtagtcctaggctttttctcTTCCTTCttcag
 8.87 G7009086@J932579@j_at.+.chr3:158147529-158147679     ttgcaggtgtggaaatgtaaactttgctaggagaaccagctgtaacagatgtggtcgaggtgagcgctgacagataattctcttaatactgtatatgcagatcatttctttatttcccaggatttatatcgagttcttgtcTGTTTGCag
 5.66 G7106861@J933592@j_at.+.chr4:107132175-107132325     agctggtgcagccagtgaaggcctttgagaaagtgccgtaggcttttgctctgtacaccacctgcagttctttaaatgcttcctgtgaacatgtgcttgtgtgcttgTGTTTGCtgtatctactggttaattgtaatgattttgatccag
 8.01 G7094107@J933920_RC@j_at.-.chr4:115985276-115985426  agctgacccactctttctgtctgtgccccttcctcttgcccttcacctacagtcccttcagtgtcgaaccgcagaaccaggtgaccagaaagagggttcctgagctctgctcctgtcccattgttttcttttggttTGTTTTCtctgcag
 7.12 G7072884@J934125_RC@j_at.-.chr4:123572136-123572286  ccagggccaaatcgagcctcttccccatcctagcctgcccgctccttcctctcccatcctgccctcagagcatcctgcatggaaggcctcagtgccccccctggctcccgtctggcccggccctaatgccgtgtgTCTTTTCccctccag
 7.52 G7117774@J935049_RC@j_at.-.chr4:144650354-144650504  gtagtttttgtatgctctaatttaattggtcctttgaatcactaaaaagaactaaacctcttcttgtccctagaaagtgttctgatttccatttattctcgaggcttatcccatgttccttttctctcctttaaaTGCTTTCgtttgcag
 8.57 G7138057@J934892@j_at.+.chr4:145030849-145030999     caccaagtgcaagcttgtatgcaggtgaactgtgtcccagcagtcaagggggactttggtctctggggcccatgttcggctgctccttgaaagcacagtgtgaaggccctaacctcttggtcctttcTGCCGTCtgtcttgcctttccag
 9.55 G7049941@J935311@j_at.+.chr5:14765406-14765556       ttttccaaactacagctatacataaatggacctttgatctatgcacaatatttttattcacagtcattgaataaaatattgtttgtgaccccctttactttaccctctttttttttgtttcccTGCTTTCtctttctgatggatttacag
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