Improbizer Results

Improbizer will display the results in parts. First it will display the profiles (consensus sequences with the probability of each base at each position) individually as they are calculated. The position of a profile in a sequence is indicated by upper case. The strength of the profile match is indicated by the score on the left. There will be a delay during this phase as each profile is calculated. Second Improbizer will display all profiles at once over each sequence. Each profile has it's own color and the stronger the profile matches the darker it will appear in the sequence. Finally there will be a graphic summary of all the profiles at the end, using the same color conventions.

Looking for 4 motifs in 45 sequences. Longest sequence is 150 bases.

Settings are use location; don't include reverse complement; 1 occurrences per sequence; right align; restrain expansionist tendencies 6.000000; number of sequences in initial scan 1000; background model m2; background data fa/mm2.control.gold.down.fa;

5.0039 @ 68.74 sd 31.70 CTTTGCC
	a  0.137 0.003 0.048 0.003 0.070 0.024 0.365 
	c  0.815 0.003 0.339 0.003 0.317 0.970 0.427 
	g  0.026 0.025 0.271 0.159 0.501 0.003 0.205 
	t  0.023 0.969 0.342 0.835 0.113 0.003 0.003 
 3.95 G6872891@J907741@j_at.+.chr1:60594317-60594467       gttagCTCTCCCccatgttgcatctaaacctttacaaaccttaatttaccatgtttgtcagactctcctgcaggtcacctgtgctaggtacagtctttcagtcaagatatgggttcccttgtctaagtaacattttaaacccataaatca
 3.05 G6849168@J911119_RC@j_at.-.chr10:91329041-91329191   gtttgtgttgcatgctggactaaaacgttctgttgaaacgtgagttgtaagatatagactgctactaacaagctgtgtggaaacctaATTGCCCaggaggtaagttgatgcacactaatacgagtccatattaaaatgcacggtgtgtct
 5.86 G6882959@J912548@j_at.+.chr11:60308797-60308947      gtaaaccacttctcactctgcccactgccctcacaggcggCTCTGCAtgcactctcacacctccatagcacatctctatgtaattatcttcactcatctttctctgacaaacacacacccagtctacatgagatctcaataactgtcctg
 4.25 G6883077@J913624@j_at.+.chr11:86002121-86002271      gtatgcacttgtacacttggctttcttaaaagaaactttatgttagacgtttCTTTTCAagccaggcatggttgtgtgtgcctctctgacagctggggtagaaggaccctggattcaaggctaccttgagctaatagcaagactcttcct
 6.22 G6857633@J913660@j_at.+.chr11:88243527-88243677      gcaagtccagtatcctattgtgcaggggcgtgatcagctctatccCTTTGCCtcccggtccagaaccatgggaaacattcttcctgctgcatctaccccgtccctgcaactaggtccttctgcagtgtgtgggggttggtggggggaggg
 4.55 G6931276@J913814@j_at.+.chr11:95752272-95752422      gtatgtcagcatcctgggcgaaggtggcctataagggggaaaactgctcgcctcaggcattctctctATTTCCAcctgaagccccaagaggctcaaaacctcccaggaggtggaagaagatatccaagtcttcccccatcttctgctctt
 4.85 G6902949@J913965_RC@j_at.-.chr11:96051129-96051279   gtatgggccttgtgacagctctggccagccagtttgagATTTGCCttgtgaatctcctttgtcccataactgtcttcataggcaagtccatgcctttggtttccaggacaaatcaaaatcactggtcttccagacatcaacttgaaatca
 2.63 G6934608@J914484_RC@j_at.-.chr11:104713200-104713350 gtaaggaagggtgctttcttctagtgccgggggacacgggggataggggtgagcgtggctgcacacaggcacagaaaatgagagataggcagcttcccgagtgaaggggttgcCGCTACCctggaggaagaaacacgggagtcaggatgg
 2.25 G6811641@J915383_RC@j_at.-.chr12:16664160-16664310   gtagacctgtttttacagaagctgtgatctaattctaactccaatcacttgcaatgaaaattaaCTCGCAGgatataaaacaaattttgatctaacacttaaaatcagttgtgctcactaaccaacttacttatgaaaaaatacttcctt
 3.36 G6864761@J916227@j_at.+.chr12:100062110-100062260    gtatactaacttagcctttagaATGTGCAcgggtagacgtgcaggtgtgtggagatagatgcctgtccttgtggtgctgagtcaactggagtgtgtggggttctctctcactgtttttaagaagcctcttggtttttttaatgttaatta
 6.25 G6899622@J916373@j_at.+.chr12:105924788-105924938    gtaggacttctatatgtacacttactccccagtcctcaccccgcccccaacagctcctgcaattaacatcaggtctggcttttggtcctgttttttgttgttgtttatttttgttgttCTTTGCGttaaaactaaactttctgctaagaa
 4.34 G6909211@J916431@j_at.+.chr12:107302376-107302526    gtatgttgaggcggctttgtggttatctccttgttgtgacagcttgtctgatgacgtgtcctgtcatgtgtttcttttgtgCTGGCCCctatgggattgtggattttgtggactggtggttttctttagttctgagagattctcagccct
 6.99 G6949158@J918471_RC@j_at.-.chr14:37418038-37418188   gtatggtatatgtcaggagtggcactcagcaccctgaaatgctctccttagaggtctgctcagtgagaaatgggatcagctCTCTGCGagctgcttcagtgctaccacagcagactatgtgtgtgttcttgtcttcaatggtagagttca
 5.96 G6912708@J918654_RC@j_at.-.chr14:43771550-43771700   gtaaccatggggggctgtgctagggtgggaggagaagctcttctgtcccccaactgagagggccccaatctggccCTCTGCAtccctcccatttatcctctcttccctccttttttctatttgaattccttaatctctggtctttcatga
 4.64 G6937960@J920661_RC@j_at.-.chr15:84170422-84170572   gttggtgaacacacacttctctctggcttccacctcgctctctgtgtctcctctctCTATCCAggggtctcttggggtctcactcctcagcacttcagcaatgcatgggtcctgcaggacctgggcacattccagacctggtgggacagt
 4.98 G7138543@J921334@j_at.+.chr16:4380100-4380250        gtaagtgtgttcggtcatacagctccgttttgcctcaacccttaattttaaaccaacgagtgtgggaggtcatcttaacccaagctaatatgtttaacacactttgtcaaatctgCTCTCCCtagtcccggcatccctgcccaggaaggg
 1.73 G7027861@J921855@j_at.+.chr16:22872776-22872926      gtatttatatttgattttcttttgtcatgattatttgatattttaagTTGTTCCagcccaaggcattttgtatgttagcatttctgatagggagtgataggtggtttgtattgtctggtactttgtaggaaggtagagagctgttttgga
 5.91 G6943303@J922369_RC@j_at.-.chr16:85666745-85666895   gtaagtggatccttcctccagcctggccacctcttgtctttCTCGCCActggctctgctctttgtaacagatcgagtttccctcttgttcttgggaatgggcccactgttgctaccactaaccacatgcctgtcaatttctctaattacc
 4.87 G7003688@J922441@j_at.+.chr16:95331309-95331459      gtgagtatattaatactttaatgctaatttgttgcaagactattaagggaggtCTATCCAtccagtcataccaacataacaaatttatcttttaatatgtatttttagcttgatttggttatataggcctgtaatcccagcatttgggaa
 6.38 G6980115@J924138@j_at.+.chr17:55758651-55758801      gtgagtggctacagtccctgtggtcagctgtgttgtcctcaagtctttggggtttggagacagggtttctctgtggagccctggctgtcttagaacttaCTTTGCAgaccaggctggcttcaaactcacagagatttacctgcctctgcc
 5.06 G6979996@J924335_RC@j_at.-.chr17:63405821-63405971   gtatgttaaacagagagactcatttacttaagtgtgcattatgcaagaacggcatcaccacatccaaatgtagggtatgcccttgattatatgtaggagcccatgttgaacacataggCTCTGCAtggcgcattgctactttgtagggga
 4.36 G6946572@J924535_RC@j_at.-.chr17:84385096-84385246   gtatggaCTGTTCGagttaatctgtttgtaggccattaatactaattgtagttcataaataatgggtaaggtatccattactcattttctcagtaattctaatttggttttaagattttttttttttaggctcaaatacctgtagtcaat
 5.51 G7006000@J925414_RC@j_at.-.chr18:64835030-64835180   gtgagtctctcgatggctttatcatagtacagataccatcttgaccttgggacccaaaaaCTCGACAtacgagcaacccatcagtggactagcttcttaaagcagactcatgagtctgaatgcctaaggggaaaaaatgccacttcatta
 6.01 G6995328@J926515@j_at.+.chr19:26966204-26966354      gtaagaagaccagtgtgcagtggcatatcccagagacccttttcctaaagaaaggcaggcaagggatgctaacttaagcctgaagacccagtgccgctgacccaCTTTGCAgtggctttgctgtctgctcaatatttgtccttcctaacc
 5.77 G6995328@J926518@j_at.+.chr19:26976450-26976600      gtattgggtccagcactgcaaactgttaatctcaactaactgccgcttaaataattagtgcagcttttaactactggttCTGTCCCaactggctacttgtgcctaaagcccaaagatttagaccctgcacatcctggatttctcttgact
 4.83 G7055471@J926782_RC@j_at.-.chr19:40026330-40026480   gtctgttttggtcaccgccaaccgctgcttgacccaaagcaatATTTGCCtttctttggcattgccctctgtaggccaatttagttctccaaacagcacctgtcatcctggctttcttagccttgctttggctcttttgtggctggtgaa
 5.00 G7004866@J926970@j_at.+.chr19:47554044-47554194      gtaacagcagcagctgcaggccactcaaccagagagcagcctttctccttcctgccttagcaaaccatgggtgaaagaggagattttagctgtaatcaccatttagtgttgagCTTTCCCccgtctgttgatacccagcatctttttttt
 5.92 G7037819@J927031@j_at.+.chr19:53205886-53206036      gtaaacaaacccttaagaagaaggcaggttcccaacaaaaggcattagaaagagcccagctCTGTGCCcagtgagaacgaggggtttctcacaccctgccatctaggcagaacacagggacaaggtaattttggcaaaggatggtaattg
 0.00 G7042652@J927155_RC@j_at.-.chr19:57084416-57084566   gtatgcaaccaacagagttaagtcaagtagacaaatgcctaggaaagcgcaaagtgaattgcttaaaaacatgcaaagaaacgtcacagagacaggtaagaaaagtatatagaccaacgagtagatagtgagaagaatgtctaatagtgt
 4.63 G7049748@J928034@j_at.+.chr2:35687567-35687717       gtaagtagaacacagagccaCTGTCCAcccagtgtccaggggagtctagacgattctagagtgggagtggctgaagagcctttgtggatttaaaggtttctcctgtggccgctactgtcaatgtgttaactcatctgctcctcaacaagg
 5.04 G6970069@J928301_RC@j_at.-.chr2:53690963-53691113    gtgagctgctttgataattcattttctgttatatttaacatttagagtatgtcactaattttcactaaccatgaatggatagATCTGCAgtgaaagacatttaattcaaacaattacttctatataagagttatattataaatgagctta
 5.27 G7027488@J928846_RC@j_at.-.chr2:92400398-92400548    gtgaggaccaagcagagcaattaaggagagcttcacccttgctctatggCTGGGCGgaattcccacacagtagagcttctcgcttttgtctctgtggctttttatttaactcctacccttcacccagattaaagaaagaaccagcacttt
 4.96 G7068165@J929554_RC@j_at.-.chr2:127893680-127893830  gtaaggattgtatttcagataagttcattggactttaaatcataccctctatgaggaggCTCTTCCttgggtgggaaaaaatgtaggctgaccaaaacaaaacaacacaacaaaacttgtcaaggtccgagtcctgttcttggtaaaaag
 5.25 G7132446@J930316_RC@j_at.-.chr2:166754815-166754965  gtaagtatgaccctgtctcaggggagctgctgggagagtcactcctggcatgcagaagccatgttttgtgtgtctgtgtgtgtccgtgtgggcgtgtcctgtgctttgagtgttggtctccctctgCTTTGCCgtcgccgtcgtcttctt
 5.87 G7050388@J932165@j_at.+.chr3:127324618-127324768     gtaagtagcatcttgccccacggttCTGTGCGatgggggctagttctggaaaagctgcatggctggtgttcttccccttgtgggcattcgctcaacagtctactccgggaagcacatgcgaggtctttggaaatccattgtggctttgca
 7.02 G7054825@J932224@j_at.+.chr3:132065868-132066018     gtaaatgcagccacctttcgccttccttttcctttccttgttgttatatgtaaCTCGGCAtttgactgtaaaaatgtggcatgtggccaagtaaatacacctactagccatggcacagaagttggttaataagttttggggcttattggt
 5.34 G7052903@J932422_RC@j_at.-.chr3:139486471-139486621  gtaaacaaaactgaacacttgctttttctgtgggggaaagtctaaaatcattttcactataatatacaacagacacgtggcacataaaattaagaattcaCTTTACGgtgttgggaaattacacaatggtctgaggtaccgaactggagc
 6.02 G7102920@J935010_RC@j_at.-.chr4:143261625-143261775  gtaaggaggtggtgtggattcagggagccacacctgagatccaggcaccttgcactgatttttgctactgCTGTGCAaacacctaatactcctccactaatagcctgggtcaacgcaaagctcctgatgggcttcgagggctgtactggg
 5.67 G7049941@J935306@j_at.+.chr5:14746327-14746477       gtaacggtgactgaaggtagacagcagtgctttcaaatttgctaaatcagagttgggcccaagcttctgttctcaaagcttagcaatcaaggtgtCTTTCCCcacactaagcttctggaggcatgaggcagaaatgagcttcccttacaa
 5.87 G7155252@J939659_RC@j_at.-.chr6:120577076-120577226  gtctttgcagtaagatttacctctttgtgtgcagtggtcccacagtgggaccctgctggctctggcttctgggtggcttacactttcactctatatggatggcagCTCTGCCcattcttagcactaaccagcctgctctgctcttttaac
 4.71 G7151520@J941822_RC@j_at.-.chr7:68630907-68631057    gtgagttaactctgctggctccttgtctcccgtgtctcccgtgatgtcttCTCTTCCatctgctgtcggtgtcccttggtgttatctgctctgagtgagggtctgaggttctctctgtctctaggtcctcatcagaggccacgttgtttt
 7.52 G7240091@J945309_RC@j_at.-.chr8:104324560-104324710  gcatgtttgagatttctggttgttccttattgtgttggtgttatgactggctgtCTTTGCGcagagcgatacatggtatacttttgtcttcttgcaaatgtcatttgtaggtgaagatggttctggtaagacaactctcatgaccaaact
 6.09 G7211809@J945460@j_at.+.chr8:111526469-111526619     gtggggacattagcctttcccctttagctctccagtttttctgtccctctcaCTGTGCCtttacttccgtttgaaaggtaataagccagcatcgtatagcagtgctgtgggccccatgccaagaggactgtgctgattctggattcagat
 6.56 G7213904@J947085_RC@j_at.-.chr9:67627939-67628089    gtaaatgttcatgcaccctgcctgcttgctccctccccctcatgcttgtgtgatgacctcaccgtggctcccttctCTGTCCGtggtcctcatttctgcaccttttgttggctttcttcaataacctaggatagattttcttttttcaca
 3.86 G7224708@J948118@j_at.+.chr9:119301821-119301971     gttggttggtttggtttggtttggtttggtttggtttggtttggtttggtttggtttggtttggttttcttgagacaggaatttttaatgtagccctggctgtcctggaacaattgatactcGTTTGCCgcctccctcccttcccctcac
8.1813 @ 0.00 sd 1.00 GTAAGTA
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 0.00 G6872891@J907741@j_at.+.chr1:60594317-60594467       gttagctctcccccatgttgcatctaaacctttacaaaccttaatttaccatgtttgtcagactctcctgcaggtcacctgtgctaggtacagtctttcagtcaagatatgggttcccttgtctaagtaacattttaaacccataaatca
 7.10 G6849168@J911119_RC@j_at.-.chr10:91329041-91329191   GTTTGTGttgcatgctggactaaaacgttctgttgaaacgtgagttgtaagatatagactgctactaacaagctgtgtggaaacctaattgcccaggaggtaagttgatgcacactaatacgagtccatattaaaatgcacggtgtgtct
 7.68 G6882959@J912548@j_at.+.chr11:60308797-60308947      GTAAACCacttctcactctgcccactgccctcacaggcggctctgcatgcactctcacacctccatagcacatctctatgtaattatcttcactcatctttctctgacaaacacacacccagtctacatgagatctcaataactgtcctg
 9.52 G6883077@J913624@j_at.+.chr11:86002121-86002271      GTATGCActtgtacacttggctttcttaaaagaaactttatgttagacgtttcttttcaagccaggcatggttgtgtgtgcctctctgacagctggggtagaaggaccctggattcaaggctaccttgagctaatagcaagactcttcct
 7.63 G6857633@J913660@j_at.+.chr11:88243527-88243677      GCAAGTCcagtatcctattgtgcaggggcgtgatcagctctatccctttgcctcccggtccagaaccatgggaaacattcttcctgctgcatctaccccgtccctgcaactaggtccttctgcagtgtgtgggggttggtggggggaggg
 9.40 G6931276@J913814@j_at.+.chr11:95752272-95752422      GTATGTCagcatcctgggcgaaggtggcctataagggggaaaactgctcgcctcaggcattctctctatttccacctgaagccccaagaggctcaaaacctcccaggaggtggaagaagatatccaagtcttcccccatcttctgctctt
 8.95 G6902949@J913965_RC@j_at.-.chr11:96051129-96051279   GTATGGGccttgtgacagctctggccagccagtttgagatttgccttgtgaatctcctttgtcccataactgtcttcataggcaagtccatgcctttggtttccaggacaaatcaaaatcactggtcttccagacatcaacttgaaatca
 9.85 G6934608@J914484_RC@j_at.-.chr11:104713200-104713350 GTAAGGAagggtgctttcttctagtgccgggggacacgggggataggggtgagcgtggctgcacacaggcacagaaaatgagagataggcagcttcccgagtgaaggggttgccgctaccctggaggaagaaacacgggagtcaggatgg
 6.44 G6811641@J915383_RC@j_at.-.chr12:16664160-16664310   GTAGACCtgtttttacagaagctgtgatctaattctaactccaatcacttgcaatgaaaattaactcgcaggatataaaacaaattttgatctaacacttaaaatcagttgtgctcactaaccaacttacttatgaaaaaatacttcctt
 7.67 G6864761@J916227@j_at.+.chr12:100062110-100062260    GTATACTaacttagcctttagaatgtgcacgggtagacgtgcaggtgtgtggagatagatgcctgtccttgtggtgctgagtcaactggagtgtgtggggttctctctcactgtttttaagaagcctcttggtttttttaatgttaatta
 6.80 G6899622@J916373@j_at.+.chr12:105924788-105924938    GTAGGACttctatatgtacacttactccccagtcctcaccccgcccccaacagctcctgcaattaacatcaggtctggcttttggtcctgttttttgttgttgtttatttttgttgttctttgcgttaaaactaaactttctgctaagaa
 9.52 G6909211@J916431@j_at.+.chr12:107302376-107302526    GTATGTTgaggcggctttgtggttatctccttgttgtgacagcttgtctgatgacgtgtcctgtcatgtgtttcttttgtgctggcccctatgggattgtggattttgtggactggtggttttctttagttctgagagattctcagccct
 9.02 G6949158@J918471_RC@j_at.-.chr14:37418038-37418188   GTATGGTatatgtcaggagtggcactcagcaccctgaaatgctctccttagaggtctgctcagtgagaaatgggatcagctctctgcgagctgcttcagtgctaccacagcagactatgtgtgtgttcttgtcttcaatggtagagttca
 7.96 G6912708@J918654_RC@j_at.-.chr14:43771550-43771700   GTAACCAtggggggctgtgctagggtgggaggagaagctcttctgtcccccaactgagagggccccaatctggccctctgcatccctcccatttatcctctcttccctccttttttctatttgaattccttaatctctggtctttcatga
 6.72 G6937960@J920661_RC@j_at.-.chr15:84170422-84170572   GTTGGTGaacacacacttctctctggcttccacctcgctctctgtgtctcctctctctatccaggggtctcttggggtctcactcctcagcacttcagcaatgcatgggtcctgcaggacctgggcacattccagacctggtgggacagt
10.11 G7138543@J921334@j_at.+.chr16:4380100-4380250        GTAAGTGtgttcggtcatacagctccgttttgcctcaacccttaattttaaaccaacgagtgtgggaggtcatcttaacccaagctaatatgtttaacacactttgtcaaatctgctctccctagtcccggcatccctgcccaggaaggg
 7.89 G7027861@J921855@j_at.+.chr16:22872776-22872926      GTATTTAtatttgattttcttttgtcatgattatttgatattttaagttgttccagcccaaggcattttgtatgttagcatttctgatagggagtgataggtggtttgtattgtctggtactttgtaggaaggtagagagctgttttgga
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Graphical Summary of Profile Hits
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