Improbizer Results

Improbizer will display the results in parts. First it will display the profiles (consensus sequences with the probability of each base at each position) individually as they are calculated. The position of a profile in a sequence is indicated by upper case. The strength of the profile match is indicated by the score on the left. There will be a delay during this phase as each profile is calculated. Second Improbizer will display all profiles at once over each sequence. Each profile has it's own color and the stronger the profile matches the darker it will appear in the sequence. Finally there will be a graphic summary of all the profiles at the end, using the same color conventions.

Looking for 4 motifs in 33 sequences. Longest sequence is 150 bases.

Settings are use location; don't include reverse complement; 1 occurrences per sequence; right align; restrain expansionist tendencies 6.000000; number of sequences in initial scan 20; background model m2; background data fa/mm2.control.gold.up.fa;



5.4399 @ 95.27 sd 14.82 CTTCCAG a 0.090 0.241 0.003 0.063 0.003 0.390 0.122 c 0.785 0.062 0.062 0.783 0.990 0.094 0.303 g 0.003 0.093 0.003 0.150 0.003 0.215 0.423 t 0.121 0.604 0.932 0.003 0.003 0.301 0.152


6.31 1 gggaattctttagcagtcagagagccccaaagacctcaaaggcattctctgttatctaggccaggcactctgtcccctgtCATCCTGcagagctgtaaagtggctcaaaaagagtggtccagacttcagcaggactgtgcgctcttcaca 4.10 2 ctggattttttatctcctataaaatagcctcgctgtcttttctcacacaaatttgtggaatgcctccccaggcactttagactgcagcacagttttctatgctttcccatacccttctctctgaaCGTCCTTttctgttctatgttgact 7.91 3 ggcaagtcacttatctactggacgcctttctgcaagaacctccagggactttaattgctttcgctacacatctcttcaaatgggctgtagcccttagaCTTCCCGagaactatttcttagttcccctctcctgtgggactgcatatagct 8.27 4 acctggggcacatttttgactggtgacccagttttgttacagcttttttgccccccaggcccccagcatttggagtttttgaaattgtggaacttttCTTCCGCtgatggcaatcctcatttaacagctgcccttctaatagttgagttc 2.20 5 tccaggagcagactgcatttcctaattctctaaaaaataggcctccacagatagactgactgggccctattctaagtctgtggaaagaAATGCTGgaagtatagatggataatacactcagagcagtttttatgaggagagctggaacag 6.38 6 tgagttaccaaaagatgcaatcattgggtggccctgagttaaatatttagggcataagagacttaagcctctgttttCATCCAGcaatatgtctctacatctttttacacctgttttacagcttcccttttctcacaagagcagattgaa 6.51 7 acagaaataacacactttcagctgtggtaaaagacagtgagcctggtgtgggcggcaaaatcaggccaccctattcgccttttctggtccacaacaggacctCTTCCTGtttctcatctcaggaatctttacttctataacaggttgtca 7.34 8 gcaagtgccaactgcattggatactgcatgggtaatacacttccgtttttggcatccctaagagacgtaacagtcatagtgggtatctaagtaagtggtccCTTCCGAcgatgatccccttctggcaatggaatgtgggtgctatttaga 4.41 9 tgtcataaagaactgttctgcaaaaagaccccccacccatttaaccaaggaagtgcagtttccagctccgagcccagacaagtcttaggggttcgtatacttttCATCCCTgcctccttcatataatcagagggtcatgcatctccctgg 6.43 10 aattaaggtgcaacaggagagaatatgttaggctttatgagcctgttcagtaaagtggctcttgttggcagtttctccctaagtcCTTCCTGaaggaggtgactggttcctttgtcccatgttaatatgctgtaggcaggatgatttaag 2.96 11 gcagtcagagtgctctgatgaagacgacattcctccctcttctagcagttccaatgcactgaatgggcttatgagatattaggccacaaagcccctctaaatgcaaggtttatgtcaacTTTCCATgtctgtaaccttctccaaatgtat 8.02 12 cactctttcaccatttctctcaacctcttgcaggggcttggacaaagtgctttgcaggttaatcctcatcatttgaaggCTTCCGGcgaattttaactaaacaaaatttgaatgttaagcttatacagcctgggaaaagagctgctgtga 6.35 13 cagtgccacacagccttttgggtgccttagttagtacccctgttcaccaatatccagggaggaaggcttggagtgtttagagagttCTTCCTCtactgacagtagggttttataaagcctgtttaagaaatcttgtgacatcctttatac 3.08 14 tcctgtgatattgatgggacaaaagagagctgaggatgttctttgttatggtccctttggatacagggaggtttcacaaacccagtttcgTTTGCAAtattcttaatttaaattttctcgtctttctgagggcagtcgtaaatggcacat 5.30 15 tgactggccctctctctatctggcagaattacttgttaaacagggcttgcctcctgcaaattttctccatttattcctgccccatggagctgaATTCCACagactcagagtttataattccctttctatggagcttgggagtgtgtactg 7.27 16 gactacagggggcctcatccctactccagaaataagtcagtccctggggcccttgcctttgagttcacaatttgataatagagtaaatgatgtggaaagCTTCCAGaaaattttcagtgagtctgtactcacctgttcagctgctctgct 6.17 17 cttgtttaactcacaaagtaaaaatagcctcacagagtttctatatgcttgcccgatggatctctttgtttaaggttgatgaaaTATCCGGaactccttgtcagtgttcacctggaatgttgaacaggatggaagacaggattgttcctc 5.73 18 acttaagaccatacactgtgagttctttgacagagatatcttcacttttttggcaaataaagtaattagCTTCCAGggtgtcaggaaaagtcactcctttctttgtgagtgtccgctcggctctctggagtttctgataatcccaagtgg 4.24 19 gcttaaaaatcacctacgataactctgttattttcagtcctatatataagatagtgtgtaaaaagtaacataaacatataagatggttgcccattacacaaaatggggatatgtCCTCCAGtcacacacaagcttttatagggattttca 4.82 20 tcacttgatctgtggtggttcagccacatgctctcccctagactctttttcatctatctctacaggtctctttctcaaatgtggcaaacagaccTTTCCAGgggctttagtaggacagggagattatctgttctggttggtgctggccat 4.82 21 ccgtatgaatagttgtgtccaaatactgggtcttcactagctaaccctctgcccctgataactgtcaaaaaggtctatttttcaatttgtttctcactctggtataaaaggggaacagaagagcaCTTCCTCccaagacatcctgtccat 7.75 22 tgactccccttacattctagggtttttcctcattttccagagatggctgttattgtttcaaggagggccctccacccaaagacagtgtacattagtaaCTTCCGTgcaggccccccacccaccatcaggtgtactgccatatgtataaat 4.80 23 gccctaattattggacatgctcctatttagcctggaaaagcatcagaagattgatagcagctcatttatgccaagacCTTGCTGtcttgtgtctgaattctgtttgggctgtattgaatcctatcccgggagaatgcaggtgtggcaaag 2.65 24 tcggcctgctggtcctctttgtgtgacactcccctggagccctgtggcgtcattgtttgcttgggtaaaagtttgttgctgggttgtcttaacactagaCCCCCACagttggtggcatagtctctaagacgggccaataataacccatgc 6.23 25 gtgtatgtgccacctgtgggatctccataaaaaagtaatcagttttgtggtcacctttcagtctgttcccaatgattactccccatggctatagtctcaggactCATCCAAtttctttgcccttccccttttaattctattttttattgt 5.08 26 aaggaccgtatccaggtctgatggctaaccagtagagccggacaaccagcccctcacgtgctaaaatcaaagtgcatgCGTGCACaagggacacacaggaaccctgctggttgagctctttactttcattcccttctgagaggaaatggt 4.44 27 gtgctgaaagacctcagccctttgggagaagccagagctctggattcacacataagctagaattcggcctgagacgaggtataaaccgctgtggtCATACTCatgttatggagacaggatgttaccgtaaaagaggggagacccagtgaa 3.25 28 gagtttctctgtgaacaatttaagtaacttgtggtgtataaggcccatggctattgagtgttgtttgtgtgctgaaccatctcataaaagaggcagagttgtatgtataccgagggaaatATTCCAAtaataggaggctaaaaccctgtg 5.30 29 tagttttacacaccctttttttaacttctcttttctcctgtcccagattgttgggcttgtcttctaaatacttggtactgtcttttCTTCCCCaggcacccagaaaacagcatctcccaagctagtctggatacacacaatgcttccatt 5.89 30 ttctaaatgtgcccatgaactataaacttcccctttccttatataacttgaccgttctcaggctgcccagaagcacagaggctttttaaaacCGCCCGGcaagcaggagccccaggttccatgctcaacagttgcaatacatgtgatgaa 5.33 31 ccacaggaatcttctgcaggtattagaggctcatgagaccaggtttaagaattatgagaattggtgctcaatCTTACGCtggcgaagctagcagtgaatgtgtgtccctggtgttcaggtaaccccctgattttgcacgttatggtcatt 5.85 32 aggtcccagctgagccttgtttgtggccccctcccatgagcaggatcattgttactagatctcagtgtttgctacaaaaagagtttcatttcccccctcCTTGCACtcggtgcgtatactgcacttaatttcttttctaccacagacatg 4.32 33 tgtgttgtgtttaatgaacctatctggaggctgcacagcctccagaaacagcctagtactcatctgatggagctatgtgttaaaatcagggtggatgctacacagtgacagctttgcCATCCTTctttttgatccacccagcttctttct



5.1189 @ 77.99 sd 42.19 AAGACAGT a 0.818 0.936 0.360 0.752 0.003 0.901 0.033 0.003 c 0.003 0.003 0.003 0.033 0.567 0.032 0.214 0.268 g 0.003 0.033 0.545 0.060 0.336 0.063 0.691 0.361 t 0.175 0.027 0.091 0.155 0.094 0.003 0.063 0.367


6.32 1 gggaattctttagcagtcagagagccccaaagacctcaaaggcattctctgttatctaggccaggcactctgtcccctgtcatcctgcagagctgtaaagtggctcaAAAAGAGTggtccagacttcagcaggactgtgcgctcttcaca 4.43 2 ctggattttttatctcctatAAAATAGCctcgctgtcttttctcacacaaatttgtggaatgcctccccaggcactttagactgcagcacagttttctatgctttcccatacccttctctctgaacgtccttttctgttctatgttgact 4.13 3 ggcAAGTCACTtatctactggacgcctttctgcaagaacctccagggactttaattgctttcgctacacatctcttcaaatgggctgtagcccttagacttcccgagaactatttcttagttcccctctcctgtgggactgcatatagct 1.22 4 acctggggcacatttttgactggtgacccagttttgttacagcttttttgccccccaggcccccagcatttggagtttttgaaattgtggaacttttcttccgctgatggcaatcctcatTTAACAGCtgcccttctaatagttgagttc 4.81 5 tccaggagcagactgcatttcctaattctctaaaaaataggcctccacagatagactgactgggccctattctaagtctgtggaaagaaatgctggaagtatagatggatAATACACTcagagcagtttttatgaggagagctggaacag 5.93 6 tgagttaccaaaagatgcaatcattgggtggccctgagttaaatatttagggcatAAGAGACTtaagcctctgttttcatccagcaatatgtctctacatctttttacacctgttttacagcttcccttttctcacaagagcagattgaa 6.54 7 acagaaataacacactttcagctgtggtaaAAGACAGTgagcctggtgtgggcggcaaaatcaggccaccctattcgccttttctggtccacaacaggacctcttcctgtttctcatctcaggaatctttacttctataacaggttgtca 8.16 8 gcaagtgccaactgcattggatactgcatgggtaatacacttccgtttttggcatccctAAGAGACGtaacagtcatagtgggtatctaagtaagtggtcccttccgacgatgatccccttctggcaatggaatgtgggtgctatttaga 4.60 9 tgtcataaagaactgttctgcaAAAAGACCccccacccatttaaccaaggaagtgcagtttccagctccgagcccagacaagtcttaggggttcgtatacttttcatccctgcctccttcatataatcagagggtcatgcatctccctgg 2.98 10 aattaaggtgcaacaggagagaatatgttaggctttatgagcctgttcagtaaagtggctcttgttggcagtttctccctaagtccttcctgaaggaggtgactggttcctttgtcccatgttaatatgctgTAGGCAGGatgatttaag 3.38 11 gcagtcagagtgctctgatgAAGACGACattcctccctcttctagcagttccaatgcactgaatgggcttatgagatattaggccacaaagcccctctaaatgcaaggtttatgtcaactttccatgtctgtaaccttctccaaatgtat 5.27 12 cactctttcaccatttctctcaacctcttgcaggggcttggacaaagtgctttgcaggttaatcctcatcatttgaaggcttccggcgaattttaactaaacaaaatttgaatgttaagcttatacagcctgggAAAAGAGCtgctgtga 5.60 13 cagtgccacacagccttttgggtgccttagttagtacccctgttcaccaatatccagggaggaaggcttggagtgttTAGAGAGTtcttcctctactgacagtagggttttataaagcctgtttaagaaatcttgtgacatcctttatac 5.57 14 tcctgtgatattgatgggacaaAAGAGAGCtgaggatgttctttgttatggtccctttggatacagggaggtttcacaaacccagtttcgtttgcaatattcttaatttaaattttctcgtctttctgagggcagtcgtaaatggcacat 5.12 15 tgactggccctctctctatctggcagaattacttgtTAAACAGGgcttgcctcctgcaaattttctccatttattcctgccccatggagctgaattccacagactcagagtttataattccctttctatggagcttgggagtgtgtactg 5.96 16 gactacagggggcctcatccctactccagaaatAAGTCAGTccctggggcccttgcctttgagttcacaatttgataatagagtaaatgatgtggaaagcttccagaaaattttcagtgagtctgtactcacctgttcagctgctctgct 6.66 17 cttgtttaactcacaaagtaaaaatagcctcacagagtttctatatgcttgcccgatggatctctttgtttaaggttgatgaaatatccggaactccttgtcagtgttcacctggaatgttgaacaggatggAAGACAGGattgttcctc 4.98 18 acttaagaccatacactgtgagttctttgacagagatatcttcacttttttggcaaataaagtaattagcttccagggtgtcaggaaAAGTCACTcctttctttgtgagtgtccgctcggctctctggagtttctgataatcccaagtgg 6.34 19 gcttaaaaatcacctacgataactctgttattttcagtcctatatatAAGATAGTgtgtaaaaagtaacataaacatataagatggttgcccattacacaaaatggggatatgtcctccagtcacacacaagcttttatagggattttca 4.36 20 tcacttgatctgtggtggttcagccacatgctctcccctagactctttttcatctatctctacaggtctctttctcaaatgtggcaaacagacctttccaggggctttagtAGGACAGGgagattatctgttctggttggtgctggccat 4.97 21 ccgtatgaatagttgtgtccaaatactgggtcttcactagctaaccctctgcccctgataactgtcaaaaaggtctatttttcaatttgtttctcactctggtataaaaggggaacagaagagcacttcctcccAAGACATCctgtccat 7.78 22 tgactccccttacattctagggtttttcctcattttccagagatggctgttattgtttcaaggagggccctccacccaAAGACAGTgtacattagtaacttccgtgcaggccccccacccaccatcaggtgtactgccatatgtataaat 2.44 23 gccctaattattggacatgctcctatttagcctggaaaagcatcagaagattgatagcagctcatttatgccaagaccttgctgtcttgtgtctgaattctgtttgggctgtattgaatcctatcccgggagAATGCAGGtgtggcaaag 6.77 24 tcggcctgctggtcctctttgtgtgacactcccctggagccctgtggcgtcattgtttgcttgggtaaaagtttgttgctgggttgtcttaacactagacccccacagttggtggcatagtctctAAGACGGGccaataataacccatgc 4.41 25 gtgtatgtgccacctgtgggatctccataaaaaagTAATCAGTtttgtggtcacctttcagtctgttcccaatgattactccccatggctatagtctcaggactcatccaatttctttgcccttccccttttaattctattttttattgt 2.77 26 aaggaccgtatccaggtctgatggctaaccagTAGAGCCGgacaaccagcccctcacgtgctaaaatcaaagtgcatgcgtgcacaagggacacacaggaaccctgctggttgagctctttactttcattcccttctgagaggaaatggt 5.85 27 gtgctgaaagacctcagccctttgggagaagccagagctctggattcacacataagctagaattcggcctgagacgaggtataaaccgctgtggtcatactcatgttatggagacaggatgttaccgtAAAAGAGGggagacccagtgaa 6.33 28 gagtttctctgtgaacaatttaagtaacttgtggtgtataaggcccatggctattgagtgttgtttgtgtgctgaaccatctcatAAAAGAGGcagagttgtatgtataccgagggaaatattccaataataggaggctaaaaccctgtg 6.33 29 tagttttacacaccctttttttaacttctcttttctcctgtcccagattgttgggcttgtcttctaaatacttggtactgtcttttcttccccaggcacccagAAAACAGCatctcccaagctagtctggatacacacaatgcttccatt 3.23 30 ttctaaatgtgcccatgaactataaacttcccctttccttatataacttgaccgttctcaggctgcccagaagcacagaggctttttaaaaccgcccggcaagcaggagccccaggttccatgctcaacagttgcAATACATGtgatgaa 3.67 31 ccacaggaatcttctgcaggtattagaggctcatgagaccaggtttaagaattatgagaattggtgctcaatcttacgctggcgAAGCTAGCagtgaatgtgtgtccctggtgttcaggtaaccccctgattttgcacgttatggtcatt 6.55 32 aggtcccagctgagccttgtttgtggccccctcccatgagcaggatcattgttactagatctcagtgtttgctacaAAAAGAGTttcatttcccccctccttgcactcggtgcgtatactgcacttaatttcttttctaccacagacatg 5.46 33 tgtgttgtgtttaatgaacctatctggaggctgcacagcctccagaaacagcctagtactcatctgatggagctatgtgttaAAATCAGGgtggatgctacacagtgacagctttgccatccttctttttgatccacccagcttctttct



4.9692 @ 59.92 sd 28.18 TTTCTCA a 0.212 0.063 0.093 0.003 0.154 0.123 0.574 c 0.003 0.003 0.181 0.990 0.003 0.841 0.242 g 0.301 0.003 0.092 0.003 0.122 0.003 0.003 t 0.483 0.931 0.634 0.003 0.721 0.033 0.180


4.55 1 gggaattctttagcagtcagagagccccaaagacctcaaaggcATTCTCTgttatctaggccaggcactctgtcccctgtcatcctgcagagctgtaaagtggctcaaaaagagtggtccagacttcagcaggactgtgcgctcttcaca 6.22 2 ctggattttttatctcctataaaatagcctcgctgtctTTTCTCAcacaaatttgtggaatgcctccccaggcactttagactgcagcacagttttctatgctttcccatacccttctctctgaacgtccttttctgttctatgttgact 5.85 3 ggcaagtcacttatctactggacgcctttctgcaagaacctccagggactttaattgcTTTCGCTacacatctcttcaaatgggctgtagcccttagacttcccgagaactatttcttagttcccctctcctgtgggactgcatatagct 4.44 4 acctggggcacatttttgactggtgacccagttttgttacagcttttttgccccccaggcccccagcatttggagtttttgaaattgtggaacttttcttccgctgatggcaATCCTCAtttaacagctgcccttctaatagttgagttc 5.41 5 tccaggagcagactgcatttcctaattctctaaaaaataggcctccacagatagactgactgggccctATTCTAAgtctgtggaaagaaatgctggaagtatagatggataatacactcagagcagtttttatgaggagagctggaacag 3.61 6 tgagttaccaaaagatgcaatcattgggtggccctgagttaaatatttagggcataagagacttaagcctctgttttcatccagcaatatgtctctacatctttttacacctgttttacagcttccctTTTCTCAcaagagcagattgaa 6.70 7 acagaaataacacactttcagctgtggtaaaagacagtgagcctggtgtgggcggcaaaatcaggccaccctATTCGCCttttctggtccacaacaggacctcttcctgtttctcatctcaggaatctttacttctataacaggttgtca 3.52 8 gcaagtgccaactgcattggatactgcatgggtaatacacttccgtttttggcatccctaagagacgtaacagtcatagtgggTATCTAAgtaagtggtcccttccgacgatgatccccttctggcaatggaatgtgggtgctatttaga 3.89 9 tgtcataaagaactgttctgcaaaaagaccccccacccatttaaccaaggaagtgcagtttccagctccgagcccagacaagtcttagggGTTCGTAtacttttcatccctgcctccttcatataatcagagggtcatgcatctccctgg 6.06 10 aattaaggtgcaacaggagagaatatgttaggctttatgagcctgttcagtaaagtggctcttgttggcagTTTCTCCctaagtccttcctgaaggaggtgactggttcctttgtcccatgttaatatgctgtaggcaggatgatttaag 4.66 11 gcagtcagagtgctctgatgaagacgacaTTCCTCCctcttctagcagttccaatgcactgaatgggcttatgagatattaggccacaaagcccctctaaatgcaaggtttatgtcaactttccatgtctgtaaccttctccaaatgtat 5.68 12 cactctttcaccatttctctcaacctcttgcaggggcttggacaaagtgctttgcaggttaATCCTCAtcatttgaaggcttccggcgaattttaactaaacaaaatttgaatgttaagcttatacagcctgggaaaagagctgctgtga 4.62 13 cagtgccacacagccttttgggtgccttagttagtacccctGTTCACCaatatccagggaggaaggcttggagtgtttagagagttcttcctctactgacagtagggttttataaagcctgtttaagaaatcttgtgacatcctttatac 5.74 14 tcctgtgatattgatgggacaaaagagagctgaggatgttctttgttatggtccctttggatacagggaggTTTCACAaacccagtttcgtttgcaatattcttaatttaaattttctcgtctttctgagggcagtcgtaaatggcacat 5.56 15 tgactggccctctctctatctggcagaattacttgttaaacagggcttgcctcctgcaaatTTTCTCCatttattcctgccccatggagctgaattccacagactcagagtttataattccctttctatggagcttgggagtgtgtactg 5.61 16 gactacagggggcctcatccctactccagaaataagtcagtccctggggcccttgcctttgaGTTCACAatttgataatagagtaaatgatgtggaaagcttccagaaaattttcagtgagtctgtactcacctgttcagctgctctgct 4.08 17 cttgtttaactcacaaagtaaaaatagcctcacagagTTTCTATatgcttgcccgatggatctctttgtttaaggttgatgaaatatccggaactccttgtcagtgttcacctggaatgttgaacaggatggaagacaggattgttcctc 2.70 18 acttaagaccatacactgtgagttctttgacagagatatcttcacttttttggcaaataaagtaattagcttccagggtgtcaggaaaagtcactcctttctttgtgagtGTCCGCTcggctctctggagtttctgataatcccaagtgg 3.73 19 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gtgtatgtgccacctgtgggatctccataaaaaagtaatcagttttgtggtcacctttcagtctgttcccaatgaTTACTCCccatggctatagtctcaggactcatccaatttctttgcccttccccttttaattctattttttattgt 4.96 26 aaggaccgtatccaggtctgatggctaaccagtagagccggacaaccagcccctcacGTGCTAAaatcaaagtgcatgcgtgcacaagggacacacaggaaccctgctggttgagctctttactttcattcccttctgagaggaaatggt 5.23 27 gtgctgaaagacctcagccctttgggagaagccagagctctggATTCACAcataagctagaattcggcctgagacgaggtataaaccgctgtggtcatactcatgttatggagacaggatgttaccgtaaaagaggggagacccagtgaa 3.36 28 gagTTTCTCTgtgaacaatttaagtaacttgtggtgtataaggcccatggctattgagtgttgtttgtgtgctgaaccatctcataaaagaggcagagttgtatgtataccgagggaaatattccaataataggaggctaaaaccctgtg 5.08 29 tagttttacacaccctttttttaacttctctTTTCTCCtgtcccagattgttgggcttgtcttctaaatacttggtactgtcttttcttccccaggcacccagaaaacagcatctcccaagctagtctggatacacacaatgcttccatt 8.30 30 ttctaaatgtgcccatgaactataaacttcccctttccttatataacttgaccGTTCTCAggctgcccagaagcacagaggctttttaaaaccgcccggcaagcaggagccccaggttccatgctcaacagttgcaatacatgtgatgaa 5.36 31 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4.7804 @ 47.30 sd 22.22 AGCCTCA a 0.512 0.063 0.003 0.064 0.094 0.003 0.510 c 0.003 0.062 0.754 0.872 0.272 0.842 0.305 g 0.362 0.872 0.063 0.061 0.003 0.063 0.003 t 0.123 0.003 0.179 0.003 0.631 0.092 0.182


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Color Coding for Profiles

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