Improbizer Results

Improbizer will display the results in parts. First it will display the profiles (consensus sequences with the probability of each base at each position) individually as they are calculated. The position of a profile in a sequence is indicated by upper case. The strength of the profile match is indicated by the score on the left. There will be a delay during this phase as each profile is calculated. Second Improbizer will display all profiles at once over each sequence. Each profile has it's own color and the stronger the profile matches the darker it will appear in the sequence. Finally there will be a graphic summary of all the profiles at the end, using the same color conventions.

Looking for 4 motifs in 33 sequences. Longest sequence is 150 bases.

Settings are use location; don't include reverse complement; 1 occurrences per sequence; right align; restrain expansionist tendencies 6.000000; number of sequences in initial scan 1000; background model m2; background data fa/mm2.control.gold.up.fa;

5.1622 @ 43.45 sd 20.02 TAGAGTT
	a  0.123 0.575 0.214 0.605 0.060 0.151 0.093 
	c  0.064 0.003 0.003 0.003 0.033 0.003 0.181 
	g  0.003 0.328 0.750 0.031 0.904 0.120 0.003 
	t  0.810 0.093 0.033 0.360 0.003 0.725 0.723 
 7.53 G6843271@J908286@j_at.+.chr1:90995786-90995936       tcttttaagtaaagacgttataagtcatgggaaatgtgtTAGTGTTaagattttcaaggttgcctggttcttgcctctacgtgtgacttctctctgattcacttgtgctgctcctgtttctgttttccccctccactcttgttccaacag
 5.10 G6806061@J911506_RC@j_at.-.chr10:127219229-127219379 ggcgtgttttgaaccctgaatcacatgcatgggaggCAGAGTTtctacccaaagcagcctatggcttagcgagagagagagaccacctcacagcccttcaccccagagtcacggctctgctttgtgtctccctgtgtcttcccctctaag
 4.85 G6882959@J912548@j_at.+.chr11:59384528-59384678      tgacgctgccaaccttggagaaaTGAAGTCaaggatcccagtgtgctctcagatggatgtgtctggggggtgggggagagggcctggccagcgtgctgcatttagaactgattgtgtgtgtgtcttattttttgctctttcctctgacag
 4.68 G6937358@J912959@j_at.+.chr11:70220994-70221144      agggtgcgctcatgtggcagcctagggagtAAGAGATatagggactttgccaggttatctgcataggggtggggcaagccccaaatcaggcacctcatcccctccctgtgccaccacgacccgccccggcaccctgtgctccctccacag
 4.74 G6902949@J913965_RC@j_at.-.chr11:94962732-94962882   taaTAGAGATaagatagcaatgaccaatagcaagaacacttttacattcaaagtatagtgcaactacaggggattatcaaaaattcttttgctttaagtaaatgtagtcttagaagcaggtggatttattgacattgttgatggttgcag
 5.22 G6922064@J915003_RC@j_at.-.chr11:115751809-115751959 tcccaccctcccctcaccacatggtgacctaggcagaccccttggggtgggcagtggaaTGGTGGTagggcacatctgtgggcacagtcctgggacccatcagtccctggggcaggtgacactcatgtctctctccccttgtacttatag
 7.20 G6811641@J915383_RC@j_at.-.chr12:16702302-16702452   ccttttgctggtgctgggtgacagccaaacgtttccatttctTAGAGTCgttgtgctgagagccacaagcagtggtagaacatttcgtttaactgactgtgacattttccccccctttctttttgctgtgtgtccgtccggtgcctccag
 4.80 G6864761@J916227@j_at.+.chr12:100552132-100552282    aattatttaatctcaaaaagcccctttagaagagactctgaactattttacttcctcttTATAGTTttgaaaactttataaattaaagcgttaattggcagataatctaaatttcattttggagaataaagcttttttttttaaaaacag
 5.26 G6899622@J916373@j_at.+.chr12:106400834-106400984    caacaaatgctgcttttattaatattgaccagaagaggagcccTGATGTTtgtttttgtttgttttttctattctttctataattagattttctgtttaatttgtaaaagtcttttctgttaatttttttttggcttaatttctttttag
 4.79 G6908761@J917727_RC@j_at.-.chr13:100912511-100912661 ctgtatgttgcttcctgtttactttcttgtttactaatgctgtctttagtaagtaaaaaaatgcagaaatgcattttatttTAAAGTTattctttttctttaacatttaactctgatttttctaatttttcttttttatttttccattag
 5.18 G6949158@J918471_RC@j_at.-.chr14:38257778-38257928   gacagaagccTAGAGGTgcgctccttgtgggctaggcttaatcagcctatttggaatgtggttcttaacgattggccactgcaacactgaaggccatttgtaactatcagccttgcctttacaccgcgtattgtttgtttttcttcacag
 5.55 G6912708@J918654_RC@j_at.-.chr14:44645318-44645468   ttcatcctctcctgtcttgttttttgtccctctttctgtattTGGTGTCtgttggtctctctttacctacctttttgtgtccgtctctccatttgctgtctgtctctgtccgtgtgtgtctgtgtgtgtctgtgtgtcgtgtctctccag
 6.86 G6928203@J919623@j_at.+.chr15:34176218-34176368      tttacttttcatttaactcttctgttatgtctaaattttcttttaggagaaataagaaaTAGAGTCcatgtgaaaagtatagaacttttgttgtgaaacatccttaggaagttccatttttaattttattgcattcgtttttcatttaag
 5.82 G6937960@J920661_RC@j_at.-.chr15:83735414-83735564   ccacatgtctgactaaaataatcttccatcaacacccttctcctctcatcggaagaggagccgctataacccTAGAGATactgtcttcctcagcagggcctttagtgggcccccagctgtggtccctgaaagctctctttctccccatag
 5.40 G7038983@J920981@j_at.+.chr15:102970488-102970638    agacaatccatttgtgccaaattgtgTAGTGTAtttttgtttgttttgttttgtttttgggacttttttttaattttatatataaggaataacttgtccgatagggttagaatgagaccaccaaactcattttcacttgtatcttaacag
 7.98 G7138543@J921334@j_at.+.chr16:4607803-4607953        tgatgcagaattttggttgtgttaagtctaccatagtttTAGAGTTcctgggtgtgcttggaggcagaaagccagagcctgtctcaccctgctggtccccacgccatgtggaggtagaagttgtaaaacatgtgatttttattttgacag
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 4.68 G6943303@J922369_RC@j_at.-.chr16:85426414-85426564   aattcagtccctcaaggaagactTAAAGTAgctgcttcctccgttcagcccaggtcaccactgggaggatcagggcttaagttgagtaagtatgtatgtgaacagccagaagatgtcttttctcgctaaatgtggttcccctctgattag
 3.99 G6946572@J924535_RC@j_at.-.chr17:83660348-83660498   caatgatatgcccagaattatgtaagataaaagccatcttgcttttgaaccccctctgagtacctgagattcccaTTAAGTTcatttactcatttgcaaattattttattttgtttgttttctgttttgttttgttttgttttgttttag
 3.85 G6995328@J926515@j_at.+.chr19:26512649-26512799      gctggcgaaggatctgcctggcttccactacccagtgtgcctgtgtacctgaccactgagccccAGGTGTTgcacttccaggcagcacgggagcagcaactttgcactgaccagtttggaggctcttttgagactgtatgtcatcaacag
 4.20 G6995328@J926518@j_at.+.chr19:26522934-26523084      tcagatatgtccactttaccagttaattccgcagtgggttgtctttattaccTGGAATTaaaataacctttcagcattacttctctggactacacagtcagcaactcaggaaccttggccttaaccgggttcttggtttttataatccag
 4.81 G7055471@J926782_RC@j_at.-.chr19:39657677-39657827   atagaagttgtgtccgtaagtccctttgacagtgatcttTAATGTCtcttccttgttcaccgatgccttcctccttagttgcttatgtggccattttccgttaagctggaccagatgattcactgcctgttttatgcaatttcatggcag
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 6.68 G7042652@J927155_RC@j_at.-.chr19:56435449-56435599   tgtccagttctgtggtggcagcggtgttCGGAGTTctagctctggactctggggcactcagtgaagaatggagactcctgtctgtggggtggtaccaccactgccgtactgacccatagctaagcatccctggttcccatctagatgcag
 5.53 G7049748@J928034@j_at.+.chr2:35226660-35226810       ggcacactcttaccccgcccaaccctccagcagcaggtgtgggcagtgctagcaggaagtgagtgcctcatcacTAGAGGTatgcaagtaggagggatttacccatgtgacctcagactctgacactgagattcctggacccttttccag
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 4.43 G7050388@J932165@j_at.+.chr3:127322859-127323009     aaattgctatttaatgtagaagggatgggtgcaaatgtattgggccgggggctagttttctctgcatatctcgtAAGTGTTaagggataaagcctatttaagaaaacttccttttatgccaggtggcttaaatggggcttctcttaatag
 5.90 G7052903@J932422_RC@j_at.-.chr3:139541909-139542059  tgatttctcaacaagacattccgtcaccccgcTTGAGTTtattttcaatttattaaatgaagaatagcaaaccgtgttatgttttgtatttgaaattgcaaggtacatttcctttttattttatttttaatttaactctttgttttacag
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5.1688 @ 107.06 sd 13.85 CATTTTC
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 5.28 G6937960@J920661_RC@j_at.-.chr15:83735414-83735564   ccacatgtctgactaaaataatcttccatcaacacccttctcctctcatcggaagaggagccgctataaccctagagatactgtcttcctcagcagggCCTTTAGtgggcccccagctgtggtccctgaaagctctctttctccccatag
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 3.64 G6943303@J922369_RC@j_at.-.chr16:85426414-85426564   aattcagtccctcaaggaagacttaaagtagctgcttcctccgttcagcccaggtcaccactgggaggatcagggcttaagttgagtaagtatgtatgtgaacagccagaagatgTCTTTTCtcgctaaatgtggttcccctctgattag
 6.90 G6946572@J924535_RC@j_at.-.chr17:83660348-83660498   caatgatatgcccagaattatgtaagataaaagccatcttgcttttgaaccccctctgagtacctgagattcccattaagttCATTTACtcatttgcaaattattttattttgtttgttttctgttttgttttgttttgttttgttttag
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 6.99 G7068165@J929554_RC@j_at.-.chr2:126662376-126662526  cccggttattgcctgcctgtctgtttcctcctgtaactcattggtcatgggtgcatgctaaggtgttaccaaacttctttctcacagatatagcCATTTTCttagttattctaaattattaaatacctattgacttgggtttcatcctag
 4.12 G7080833@J930388_RC@j_at.-.chr2:168276146-168276296  tgagatttcattgtctctttgttcttagagaattattttgtgtgtatgaattgatatctattaatggctaatatttttaatattctgctcttgggtgtttctcttgtttttcaacataTATTTAAtgaggaaatctgattaatttggcag
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