Improbizer Results

Improbizer will display the results in parts. First it will display the profiles (consensus sequences with the probability of each base at each position) individually as they are calculated. The position of a profile in a sequence is indicated by upper case. The strength of the profile match is indicated by the score on the left. There will be a delay during this phase as each profile is calculated. Second Improbizer will display all profiles at once over each sequence. Each profile has it's own color and the stronger the profile matches the darker it will appear in the sequence. Finally there will be a graphic summary of all the profiles at the end, using the same color conventions.

Looking for 4 motifs in 64 sequences. Longest sequence is 150 bases.

Settings are use location; don't include reverse complement; 1 occurrences per sequence; right align; restrain expansionist tendencies 6.000000; number of sequences in initial scan 1000; background model m2; background data fa/mm2.control.gold.up.fa;

5.9120 @ 125.76 sd 9.28 TGCCTTCC
	a  0.003 0.003 0.018 0.034 0.003 0.003 0.126 0.034 
	c  0.003 0.266 0.576 0.528 0.003 0.297 0.590 0.512 
	g  0.003 0.468 0.034 0.003 0.111 0.017 0.282 0.065 
	t  0.990 0.263 0.372 0.434 0.882 0.683 0.003 0.389 
 4.83 G6834971@J907359_RC@j_at.-.chr1:24110039-24110189    ttatttttgatacagtgttttgctttgttaacattcttttagctacttttatcagaaatgcatgagtgtttgtttcttttctgatgtctctgggttttgatgacTGCCTTCTcttctttttcccttttccctttgcatctgcacatctag
 8.13 G6817930@J907925_RC@j_at.-.chr1:72037732-72037882    cagataatttgggatacattgcatataccatcattgcttgagcattccgtcaatttcactaccggtcacctgatgtacactgctttattttttcctttgttttttgcctctacttttcttttgcctcctcttTGCTTCGTaactcaatag
 6.73 G6865744@J908096@j_at.+.chr1:83269709-83269859       aaggattttcaaagcatttgagggatattatattgtactaaagcatacaatataatcctatctgacatttatttgtcttgtttttgctttattttcgtatttctctgtttcctgattctgtcttgTGTCTTCTgcaaaaacctgccctag
 3.33 G6819323@J908687@j_at.+.chr1:136057896-136058046     ggcagtgccaggccctctatcccagggacactactcagccgggtttcttcttttctctccttgttcccaccatgtcccttctctcccctcccatctcttcctaccTCTCTTCTctgcctctacctcccacccccaccccccctcaaatag
 2.72 G6820698@J908972@j_at.+.chr1:163927161-163927311     atcaaaagttctctttcatgctaacgtcccctaatgaatgtattacgtgtttgtacttgtattgatgacttatagtttaaaggaagaaaaagacttggttgctctgctctaaccatagtgcgataacgaccatgctttTTACTTACgcag
 6.43 G6820594@J909190_RC@j_at.-.chr1:168213326-168213476  tcatgctactaaccaggctctgtggatgctgtttttgtcttacatttgatttggggggttgctttgcatgtcgttctcctcttggctgttggttgcagggttgatccttttcctttctgtgattcaggTGCCTCACtctttcctttccag
 5.69 G6813886@J909757@j_at.+.chr10:17801326-17801476      tatgaagtgattatgggaattacaaactacagaattttgtcgatcctgcgaaatgcatcttgcagtgcagcctctgaatgacttgctaagtcttctccagtgcatctactgcatcTCCCGTGCtgacgtgtctctcctctgtctgtccag
 4.95 G6829755@J909798@j_at.+.chr10:20036118-20036268      cagacagacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacaccacatacactttgcttttgttactgcagtaaaatctagaatttgcatgtaactaaatacctttgatTGCATTACtaaaaactgtgttaatgttaatcag
 5.90 G6836374@J910003@j_at.+.chr10:42433176-42433326      agtcaaggcttagcctgggcattgtgcttaataatgttacagtgtttgtatggtaaccatgtttgtcaccttatcagtgtgccagacatttccctccctttctgaatgtcttaatgttcttcaacttaggagtgacTGTTTTGCtttcag
 5.93 G6868962@J910360@j_at.+.chr10:69753660-69753810      ctgtttttattggcttctcttgctttgctttgctctctaaatcagcttgccttgtgtgctcctactcagtccttctcatatcctgacactgttttccctgctgtccattataataTTCCTTGTctctgcaatgcatcttgggaccaaaag
 4.20 G6903939@J912580_RC@j_at.-.chr11:54396298-54396448   acatgcattaaaaagtaggttgtttgtttaaccatggtgctaagtgtgctctagcatttgggttcagttttcatttgtatcagttaattacatagaggggagaattgctccctgcagcttTGGCTCCTaactgcatgcttttgttttcag
 4.23 G6909490@J912863_RC@j_at.-.chr11:65388313-65388463   ccctatgctctccttgtcagtgtggtggggagagtgatttgaactgttcttgcattagttttattcatagtgtaatataacgatgcaatgtcatgttctgatttgtttgacttacagcaaatgaactgcaacttatcTCTTTTACtttag
 6.54 G6937358@J912962@j_at.+.chr11:70221813-70221963      agtgatctggggcaggctgtggagccttcactaatgagcgtgggctaggggagctgcagaccttacatagcatagctcatgttcctaacctttctcaccatctctcctgcttcctcctggccgccTTTCTTCCtctgtggcccctcccag
 7.79 G6926528@J913333@j_at.+.chr11:77115234-77115384      aggaactggctggggaggcagatttccttgcatgctgtgtgttgagtgtgtggagatgtgtctgagcttgacgtgtgaaggcaagagcggcctgctgctgggtaattgctgctctgtcctattcttccctttgcTGCCTTCCtggattag
 4.52 G6857633@J913661@j_at.+.chr11:87184832-87184982      gctaagtggagaacatgtcctctggctttgctgctgtttcttttaaccacacgtacttttccttctttccttttcaccttctgccttttgcctctatcttcccaTCCCGCCCtcttctgccattcccacctcctgtaccccaacccccag
 4.45 G6928027@J915031_RC@j_at.-.chr11:115964442-115964592 ctgccgtccctgtctggctgctctgctctggggagggtctgcttggcttggggtggcccggccatttctaacctgttttttgcactttgcatctttcccctcctctattTCCCTCCTccctctctgtgtgcactgcctgtcactccgtag
 5.19 G6910999@J915678@j_at.+.chr12:66207648-66207798      taaacttaataaatgttatttttatattttttctttgaccctttaagtgcatcagagatatttccagatgtttttgtggccattgtttctttggcagatatttagaaaaaaggttataagttgagtatgtaattttccatTTCTTTGCag
 6.54 G6899622@J916374@j_at.+.chr12:106402266-106402416    gaggttgttaaattagttcagcagaaactgaaaaatgcctagacttattcactgtgtaatgtttttgttgatgtacagtggttgtataccagtttgtaagatttcttttctctttccacttTCCTTTGCttctacgttctgtccattgag
 5.72 G6902588@J916395@j_at.+.chr12:106545869-106546019    agcgtcttgctgtggggcacagacataagggcagtagggcctgctgtgtgtgtttagagtcctcttcatgacagacggcgggatgggtgttttcttgtcctcctggcactcacgagccattggtaacaagttttaTTTTTCGTtttaaag
 4.82 G6885622@J917196_RC@j_at.-.chr13:54661571-54661721   attctgattaggaaaccagggccatgttgtacaatgtgggggttcaaggatgccttgcaggtcactgtttagttctctgtcctgtgcttcaagtaatacatttggtttgggcaagtcttacttagtaagtttccctatcaTTTTTTCCag
 3.80 G6921527@J917737_RC@j_at.-.chr13:103720956-103721106 taataaaacttaagtgtcaacctatttataaacacatattctaaaataatactcttacaacagtgtaggtactctttctaaacaaaagttgaagtgtgcattgtgtgtctaccgagagctctcttaattctcccTGTTTTGGtactgcag
 5.24 G6963012@J918087_RC@j_at.-.chr14:17033147-17033297   cctcctcctctccctcctctccctcctcctcctctccctcctctccctcgatgcagagcccgagctggtgcactaacctgcggtgtgtctgggcttctcttctcacctcctctctccccttcTCTTTCCCtcttgctgtggtgtgtccag
 6.01 G6924354@J919294_RC@j_at.-.chr14:95422062-95422212   tactcaggtggcttcagtttcactttagcaaaattgtatttcctattggcgctggaactcaggaaatgtcactgtgaacgcatcttctgcagatgatcctctgttccctttccttgttgatatctTTCTTTCTtaaactttgttgctcag
 6.58 G6877982@J919322@j_at.+.chr14:112740474-112740624    tatctgctatactgacgatgtgaacggccctaagaactgtgtaaactaacctccttgtgcttcgatctcactctgaatgttaactctaaaccgctaacctgtttctttcccttttattcaccttTCCCTCCCcccattgcatgacttcag
 7.94 G6972175@J919743@j_at.+.chr15:41822812-41822962      tgaactaggaaaagatagcttggttaccattctcttctcccatttaaatctctccctttgcctcctctttctctcctgtcttttctttttatatacatattctcttctcaactgtcagtggaattatTGTCTTCCtgtttccatattcag
 5.44 G7131630@J921271@j_at.+.chr16:3577547-3577697        agtcagctcctctccatctgcagtgagggcaaccacaagaagatctctgtgctgggaagccactagccgtctctcgtcactcagctcctgggttggtgtagaggaacaggtaagcaggccttcaggtgatgcTGTTTCCTctccccacag
 4.14 G7027861@J921852@j_at.+.chr16:22955346-22955496      tgctcagaataattgtttcttaactatacctgtctgccatctgcctgtagcagccagggacgcttggtctcaaacatgattgaaattaaatgtatgcctgaatagtatgcctgaatagagattcttgatttgagTTGTTTGCatttgcag
 4.17 G7003427@J924356@j_at.+.chr17:67705484-67705634      gagcattacgcttggtgtctaagatagcattgcatctgcgtaccagagacctgtcctgcacacaggtcttgtgtgtagaccacaggtcttcaaccgtagcgtgaatcccttggtaagtctctatctcccgctcTTTCTCGAtgctggcag
 5.47 G7003427@J924360@j_at.+.chr17:67715487-67715637      ctttttcttttctgtttccaagcgctgctcctggattccttccttcctgctccctttcctctgcctccagttttgtctaacaagctgcgaatgaatgctgtgtctgagctgtcTCTCTCGTgcttgactctcctctctttgttcactcag
 6.53 G7003427@J924363@j_at.+.chr17:67719214-67719364      ttcagcatatgcctttgaatcctcccataatcgttgtgcctcggtgttaactgtgggggtagatttagctcgtaagtctacatcttgctactgctcatgcatgtcccacctccttttTGTTTTCGcccttctgtgatttcccggggatag
 7.55 G6968633@J924889@j_at.+.chr18:32883161-32883311      ctgttaaggggagcggtaactcatttattcttcccagtggcctgggtggggccgtggcccaggagtgactaacttaaccttggctttgtctctatctccctgtgccgtgctctgatccgccTCCCGCGCttcccccttgctggcccacag
 7.02 G7006602@J925098@j_at.+.chr18:38744664-38744814      cagagactaggaacttaacgtaagggatggacggtgcttcgggagggttttgtccccttgactacagcctcagggctgagccctgctcggtagtttgggacactccagtgttgatgaactgaTCCTTTCTgatttttgtttttggttcag
 3.49 G7137886@J926032_RC@j_at.-.chr19:7181294-7181444     agtgaaaacagtcactagaataaagtttgagtcttctttggccagtaagcccagttaaaatgataatgtttgaccctccagaaaaagaaggttacaatgaagattcctgtgtgggcttgtcaaattctcaTTCTGTATattttctttcag
 6.47 G7145382@J926054_RC@j_at.+.chr19:6156580-6156730     ttgggggtttttgcctcagtgtgtcactgatcagtcgtccctttcaaagtctccgagttcttcatgcttgttattgagatttgagatgttttttggtaacattgtcttttttccatccttttttTTCTTTCCtaacctggtttcttccag
 4.40 G7125552@J927684_RC@j_at.-.chr2:22923234-22923384    agataacttttaaaatgcatttgaaatagagctggataaaaacttaacataagttcagtaatataaatgtcaacctgtcctgtgagatacaacttacctagaattaatttctacttttcccccctcTTTTTTGTttttgccaacataaag
 6.62 G7116657@J927635@j_at.+.chr2:29974029-29974179       tgtcgaagctataacctgtctaatggagctgcccctgtgctgttcccatgcgccgatcttcctggggaagtatgatggcagagtgaggctctagtagctgagacatgttcatatcagttactgaattcTTCTTTCCatctgtttttgtag
 6.62 G7053597@J928548_RC@j_at.-.chr2:70707566-70707716    gagaaactcaaaggtggcttctttttagctgtgtgttattgagagaacctagaaccctgtaggcaggcagttgtgtgcagctgtgcaggcacctacactccacaggagtgtggcatagggttctcactcatcaggcttTCCCTTCCacag
 5.87 G7027452@J928484@j_at.+.chr2:71127664-71127814       tagtatgtaggttttgtgttagtcttactaaccgtgtagttagttcttagttgtaaatagcgtgctagttagctgtttatggagtgcatttgcttgactaacttctgaccttttttactaaTGCTTCATggttgccctacaaccatttag
 1.94 G7035205@J928611_RC@j_at.-.chr2:73748057-73748207    gtgtgctaacagtagattgattgtcttatagtataagctggtgtttcactgctaatggtggttttacatgttgtggaaattgatatcctttatcagttttctttgatcaaattgaaaatcttaactatattttaaaacTTTTTGCCacag
 6.75 G7023578@J928807_RC@j_at.-.chr2:91049134-91049284    catcttaaaagctgaaccccgggaacctgtgggataagcaggggctagatctagatgaagctgggcttgggcgtgactcaccaggctgtctctttctgtctcctttctttcctcttgctaccatgTTCCTCCCtgctcacaaattggcag
 5.84 G7023578@J928812_RC@j_at.-.chr2:91054429-91054579    tcctcaaccctacccaaattaagatatcttggtatctcttagccaataatgctgtgtctgaaacggaatgagcatgggcggggtgattcctgtcctttgacaagtctgactttctgtctttctctcctgctTGCATTGCatctggggtag
 6.66 G7039426@J929833@j_at.+.chr2:152767193-152767343     caggctgctttgcacgcagcaaagtggaaggacaggccatggaaccaagacagtggtgctctgtgctcctagggaaggctgactctagctttccctgatctcctcctctgcatctccttgTTCCGTCTtctctgtctgtctctcacacag
 6.36 G7051170@J929944@j_at.+.chr2:156078575-156078725     ctcagaagaggccttttagctggggctagaccctcgtgctgaagcaggagtgtcagtcctccctcctcccatggatcttgctccatagatctcactgtgaagctctgaatctttgtTCTCTTCCtcctctctccttcccccatgctgcag
 6.78 G7016439@J930495@j_at.+.chr2:174404061-174404211     agaaaagcgacctaaggattaaccgggaggatggtacgcaggactgtcaggttttcttacctgactgtttaaagatgcagagactgtgtgggttttgtatgaaattgcagTGCCTTGCagataggtgagctttcaatctctctttaaaag
 8.23 G7011056@J930594@j_at.+.chr2:180666468-180666618     aaggactgcatcatgagaccctttttattaataaaaagaaaagaaaaaggctatggtgaggggtgtgttctctgccacttgtgggcgttgctaatgcgactcccacacctgctctttctctgtaacTGCCTTCGtgcctactgggtcaag
 6.21 G7027520@J931922_RC@j_at.-.chr3:103947258-103947408  cataacttcctacagtcccttccagctgtgatcctctggctgtgttatcttccaccgtctgctcatacagcacgcgttcccagggacatctatgctaactgtactggtttgttttcacgtagtcctaggcttttTCTCTTCCttcttcag
 6.82 G7045192@J932067_RC@j_at.-.chr3:108807967-108808117  atcatgagaaaatcagctcagtctagatccaaaagaaaaaacttctgctgaatcaggaccgggttcttgtagacagaaacctgagcctagctctattctacacagtaattcaagcttttctctctttggcttTGTTTTCCttaactccag
 6.41 G7094107@J933920_RC@j_at.-.chr4:116563685-116563835  agctgacccactctttctgtctgtgccccttcctcttgcccttcacctacagtcccttcagtgtcgaaccgcagaaccaggtgaccagaaagagggttcctgagctctgctcctgtcccatTGTTTTCTtttggtttgttttctctgcag
 6.97 G7072884@J934125_RC@j_at.-.chr4:124608948-124609098  ccagggccaaatcgagcctcttccccatcctagcctgcccgctccttcctctcccatcctgccctcagagcatcctgcatggaaggcctcagtgccccccctggctcccgtctggcccggccctaaTGCCGTGTgtcttttcccctccag
 7.57 G7117774@J935049_RC@j_at.-.chr4:147151304-147151454  gtagtttttgtatgctctaatttaattggtcctttgaatcactaaaaagaactaaacctcttcttgtccctagaaagtgttctgatttccatttattctcgaggcttatcccatgttccttttctctcctttaaaTGCTTTCGtttgcag
 7.24 G7138057@J934892@j_at.+.chr4:147527449-147527599     caccaagtgcaagcttgtatgcaggtgaactgtgtcccagcagtcaagggggactttggtctctggggcccatgttcggctgctccttgaaagcacagtgtgaaggccctaacctcttggtcctttcTGCCGTCTgtcttgcctttccag
 6.88 G7049941@J935311@j_at.+.chr5:14701497-14701647       ttttccaaactacagctatacataaatggacctttgatctatgcacaatatttttattcacagtcattgaataaaatattgtttgtgaccccctttactttaccctctttttttttgtttcccTGCTTTCTctttctgatggatttacag
 7.79 G7111083@J938885@j_at.+.chr6:72080566-72080716       tatgttaagagtgaatcccttattttctttggaatccatgagtttagaatcctcaccactttttgttgatgtcactgctttctttgtatccctgttagctgttaaaaatctgttgaaattTGCTTTCCtcttgttcacttttgctgcaag
 5.14 G7153846@J939317_RC@j_at.-.chr6:94036752-94036902    ctgaccggacgaataaactctctttgccctatgttaacaaatgaagattttttctttcttgttatagggaatctaaatgttgaactttttctctttctctctttctccttctctctgactgttcttggtgctgggcccTCCCTCCTccag
 6.70 G7155252@J939653_RC@j_at.-.chr6:120010341-120010491  tgtagtttagacagctagaacctaatgtacaaacagccaagaacttcttttctgctacattatgtttatgtctttgttttaatactaaccaactctttttcattcccatgctgccctggggcattgtTCCCTTGTcatctctccccgtag
 7.95 G7148033@J939983_RC@j_at.-.chr6:131684293-131684443  gttgcgtctgcacagtgttgtgtcttcacaatgaaaggtcactgctctgggagttggggtttttcctggtgatagctcatcctaagtggtattctttggttcttgcctcgctgtaacttcttctgaaactatgtttcttTGCTTCGCtag
 5.58 G7193738@J944098@j_at.+.chr8:24332628-24332778       gttccggtccccagctctcttgccttagctaaggcctggacagtgcagtgacctacgactcggctcgccctatggctcacctaactccctttctcctcctcctttctccacttggctcTTCCTCCTggcccttgtgggtggctgctgcag
 4.78 G7242800@J944940_RC@j_at.-.chr8:83990126-83990276    gtgcctagaggaaaggaccctccctcccactcctgcatcttccattgggagcgcctgctctcaggagcaagcggccggccgcgcaggggagcgagcgtgtgtctgtgtgtgatgTGCCTTCAtgcgtcactctatttatgttgttcgcag
 7.03 G7178708@J946283_RC@j_at.-.chr9:31135792-31135942    cacggtcagtttgtttatgggtatctcaggcatgtttttagtgaaaatgccttttggtcacattatagagaggaacttagaaggaaatcattttctttcttaatctccttttgtgctattttgtttttttatTGTTTTCCtttctgctag
 5.95 G7206860@J946828@j_at.+.chr9:59849905-59850055       ctttctagagtaggtacctagagttatttggatgcacgagaaggtaggcaaatggaaagacagaagactgcatcataagtggtatggatgcctaatatacagccatgggggtcctaggctcatatattcatcctggTGTTTCCCtgcaag
 6.96 G7183237@J947161_RC@j_at.-.chr9:72189717-72189867    cctttccagaactcagtacaagtagatcttgcagacctccacattaactttactaacaggttaccaacaagcacatcagctatttcctcgactctgttggagttaatcttaacctgtgcttTGCCTCCTgttctgtcttgactttgccag
 5.21 G7223440@J947227@j_at.+.chr9:80502540-80502690       aatagttaacatatagtatatgcaaaatattgttaaaacaaattgctcatattaatagttttgccttgttaactgcaataattacaactgcaatgacatatcaacaatgaagtctccTCTCTTACatttttttctttttcatgttttaag
 5.06 G7265051@J948457_RC@j_at.-.chrX:11884162-11884312    tctgtgaaatcatataagtaggtcagcatgacaccttttatagcattaacctcagaggaaatagttgtcagactgtggttgggactgttgatgtgaatatctgtttctgtgctagtgctctgtgttaatgaaccttgTGTCTTATttcag
 7.57 G7265051@J948464_RC@j_at.-.chrX:11928424-11928574    tgagatcagagtaatgtctgaaattgggtgggggggtcagcatgggggctgtgcttgtggattatctaaaggacccaactatggcttaatgacctgcttgctctaaaatcataacgtttgtcctttgtccatatgcTGCCTTCCtcctag
4.9772 @ 56.78 sd 30.91 CTAACCT
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