Improbizer Results

Improbizer will display the results in parts. First it will display the profiles (consensus sequences with the probability of each base at each position) individually as they are calculated. The position of a profile in a sequence is indicated by upper case. The strength of the profile match is indicated by the score on the left. There will be a delay during this phase as each profile is calculated. Second Improbizer will display all profiles at once over each sequence. Each profile has it's own color and the stronger the profile matches the darker it will appear in the sequence. Finally there will be a graphic summary of all the profiles at the end, using the same color conventions.

Looking for 4 motifs in 64 sequences. Longest sequence is 150 bases.

Settings are use location; don't include reverse complement; 1 occurrences per sequence; right align; restrain expansionist tendencies 6.000000; number of sequences in initial scan 1000; background model m2; background data fa/mm2.control.gold.down.fa;

8.0593 @ 0.00 sd 1.00 GTAAGT
	a  0.003 0.003 0.652 0.575 0.142 0.189 
	c  0.003 0.034 0.049 0.080 0.080 0.188 
	g  0.990 0.003 0.173 0.235 0.683 0.172 
	t  0.003 0.959 0.127 0.111 0.095 0.451 
 6.36 G6834971@J907359_RC@j_at.-.chr1:24109808-24109958    GTATAGtaatgttttccgcatgtgcattggtacagttcactgctagatgggcttcccctcacagtgctgtgagttaggaacaccagtagaattcatgttttgaatgatctccagggtaaaaaccaccacatgcattaagttattaaatct
 7.26 G6817930@J907925_RC@j_at.-.chr1:72037309-72037459    GTGAATcttgaagtcttctgtgtttgagacatggatggtgttgcatgctgctcagtcgctgtggttaaatctggatgtttccaagccagtgattggctacggagatgaagacggggcccgctcagagataagggatacattagtctggtt
 8.30 G6865744@J908096@j_at.+.chr1:83269919-83270069       GTAACTttggagactttgattaccaaagaacacgcagacttgatggagcttgtattgtgcaggacatcatgatgcatgtcatagccgtgattatatttatgtatacgacttaggcctctgtagctttcccttagaagaaatgatgtgctt
 7.77 G6819323@J908687@j_at.+.chr1:136058226-136058376     GTATGAgcctgttttactcttaaccttcttacttcacgccctgcctggccctacagatcaccctccccgaccctcttgctagcatgagcagtgggccagaaccctaaggtggcagagaacagggggaggcattcaggcctggacacaaca
 9.72 G6820698@J908972@j_at.+.chr1:163927377-163927527     GTAGGTgcctgacttccctttccccaggaatgtcccctgtggcccggaacctgggtgtgccgaggcttcgtgtggctgccatttccctgcactatgctgcatgtccagcgtcacccgtgcttctcagattttgtttcccccgaatcatcg
 8.40 G6820594@J909190_RC@j_at.-.chr1:168213063-168213213  GTAGGGacccagccaatatgccaccaggtggattcagtagagtgtaccagccttcagttttctcagcgtcctgctcctgtctggacagaaagaaggagaaagaaagggagggaaaggcagacaggcagtagtcaaatcaaatcagagtaa
10.20 G6813886@J909757@j_at.+.chr10:17801557-17801707      GTAAGTcaatcacttagcttgcttgtttgaaattaattttattaacccaatatccatcattatggtttttactgatatgcatgattcagtgtagtgcttagagggaaagttggcaggcctttggggttttttgggttttgtgggtttttg
 7.76 G6829755@J909798@j_at.+.chr10:20036415-20036565      GTGGGTgttagaaatctgtttcatttgatttgtgttgatttccaaacatcctaggggaatacatttcattcagaacagatggtcaccactatgagattttcattgtaacttgggcgaacattttttttttactatcattacttaaattgt
 9.21 G6836374@J910003@j_at.+.chr10:42433422-42433572      GTAAGActtatttacagtggagctatgcttttctgacttaccatgtaactttaaagcaaaatgtgccagttctaacttaagagctccagaatgtgggtgaaagccggtgcaggacttatgtgaagggtccatctcaggctgtacctgagt
 7.65 G6868962@J910360@j_at.+.chr10:69753837-69753987      GTAATAtgaaaacttctgctcttattctatccaaggtagactagatatcggatatgcgtggaaaagcttgcagcgggctcaggtgtgggaacagcctaaatgatcttgtgcctcttagccgatcctgaggtagagttagctttctttaac
10.20 G6903939@J912580_RC@j_at.-.chr11:54395994-54396144   GTAAGTctgtccactgatggctagatatggaaatgatgtccacaaaaccagtctactctgtgttctgagcactcaccagcagtcagttcattttgttggtgttctcccttccagtattactgtgtggctttagagtgtggctttgatctt
 9.47 G6909490@J912863_RC@j_at.-.chr11:65388130-65388280   GTAAGCtaaaattttgatattctgttacttttttctcatatccatcttggtattgggaatgtgtccactgttgtttcaactaacagaccatggggattttgcactgaaagagcttccatttttcattctgttccttcccacccttagtta
 9.16 G6937358@J912962@j_at.+.chr11:70221987-70222137      GTTAGTgaggggctgctgggaagccctctgttccctgcctgcacctccgctggcaggcacccttcctcggtgttgcttctgcccaagccctactgcctcccctcatctcctcttctctgcaggactttgtgttgctcaaagagcggactc
 5.74 G6926528@J913333@j_at.+.chr11:77115411-77115561      GTACCCacacctgttggctgcaggctgtgacgtttgggtgggggaggcttggtgtgtgacctcggggtctcatctccctgagccccctgcatgcttgggaggcaaccagcaggggccaggccatccctcatgtctggcctctctcctccc
 6.74 G6857633@J913661@j_at.+.chr11:87185279-87185429      GTAGAGactccagccctgcctttgccactcagtggggtgggtgctgaaagacctggggagggcaggaagagagcctggggtaggtgtgtgggcttgtgcattagatgtgtcagggggacctttctgttctgcatcagccccaggtcagtg
 9.47 G6928027@J915031_RC@j_at.-.chr11:115964253-115964403 GTAAGCggtgcgactccccagccccatcctcccctccaaaacccggtgggtgaggttcccaggggaccagccctcaggacccactggggcggggcagaggggcagagggactgagttccttaaggatgccctcacctcccctggctccct
 6.21 G6910999@J915678@j_at.+.chr12:66207871-66208021      GTATTTtttttaaaacaaacagaaaactatggactggcatggtggctcagtatggaaaggtgcttgttgaacaagcctggcagttgaggtttacgctcggaacccacataaaggtagaaagagagaaccacttccacagagttgtcatcc
 7.48 G6899622@J916374@j_at.+.chr12:106402461-106402611    GTGAGGgaagacttttacttcaaatattttaagtacttacctacctcattgtcatgtcagggatgaccgatgcttactcattcaagtatagtgggcctggtactgtgttgaggttctggttctggaatgatcttgaggctgctggctctg
 8.56 G6902588@J916395@j_at.+.chr12:106546070-106546220    GTGAGTctgagcgggcgggccaggcctagttgtctgtgcgcggtcgagattttggcagacccaggaggtattgctgcctgtggagacggatcttatttggatcatcagctacatgtttcaaatgtgctgttgacttttaaagtcgctggg
 6.49 G6885622@J917196_RC@j_at.-.chr13:54661360-54661510   GTACTTtacataatttatttccttctgtcctcacaactctgtgaagtatggtgttattcccatttcataaattgagaaacctgagactcagaatttgagtaatactcaaaatactgaaatggcagaagagggatttgaacttagaacaat
 3.09 G6921527@J917737_RC@j_at.-.chr13:103720692-103720842 GTCTTGcttcattctgtacttaagatttttctttgactagcttgtttggaattgtgctgcatataaacatttcatttttttacttttgttccaagccattttccattttcatttagcaggtggtggttgtactgcatggtctgcattttt
 7.84 G6963012@J918087_RC@j_at.-.chr14:17032964-17033114   GTGAGCcttgcctgcccacccaccctccacttcatgctgcttgtgcccgcctgccagccatgcagacccattctgccatgtgcgtgtgcgtcactcatcctcactgcatgtctgtgctgtgtgggcaggtgtggcctgtcctgccaggcg
 8.56 G6924354@J919294_RC@j_at.-.chr14:95421837-95421987   GTGAGTtaactgtaaggaacaataagcatgttccaggtgtctcagcatgtgcaacaggattgacattgtatttgaggctttgcttagagttaagaaactgaaaagttactgggggaaaactctgtgcaaagtgctgcagttgcgtttccc
 9.72 G6877982@J919322@j_at.+.chr14:112740660-112740810    GTAGGTtccaacctttttttatttgtcttttatatgatgtgcaatgccttcactgtttgacatgtatttcagagacagtagagaatgctttaggaagtagatctgaaggcttaatagctttagagttaacgtgtaagctatgcttgtgta
 3.81 G6972175@J919743@j_at.+.chr15:41823043-41823193      GTGCCCccttctgtagtttaaactcctttggagattaaatgctccttgtttttagtgtcctttctcaagacaaatctcacattagaaggatttgccttgaatgaaacactaaaataagccaccaggaaattcctgtcttgaagaatggtt
 8.56 G7131630@J921271@j_at.+.chr16:3577813-3577963        GTGAGTgttgggctctgtatttccagtggctgcatgcacagatctgtaattcctgagtctggaagaggcaagactgggtctggcaggaccataatggtcccaagttgctatgtaaagttgaccaactaggcagtgaccctcaggtctctg
 8.56 G7027861@J921852@j_at.+.chr16:22955586-22955736      GTGAGTctgctcctgtgtattttagtaccaaaagctagatttgtggggaaggtttattaaataaccttaaccaattcaggctatttggtagaataagtaagaccacactccacagtgggctataccacttagtatggttcattactatat
 7.04 G7003427@J924356@j_at.+.chr17:67705670-67705820      GTAGAAaactaaagatctggcgacccccgcccctcccaccagaccagtgtgtgataaaccattgtctgccaggtgtcttccgcatgctccctcttggttaccatgccaacagcgtgccgaatggcgtttgtccccgtgactaccgtgtcc
 4.88 G7003427@J924360@j_at.+.chr17:67715760-67715910      GTGGCCgttggctcccatccttggtgtttctgaatgtagccatttgctttgctttgtgagtttgcggcaggttgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgttgcatgcaagtaggcttgtcttcctgcatctcaaagg
 9.21 G7003427@J924363@j_at.+.chr17:67719481-67719631      GTAAGAggtggaacggatcctccaggctttgcctctgtggcatgtagcatggggcacttccctcccatcctttgcctgatccgccctctcctccgttccctcactggcacatgtggggctggctagcaagaagatggagaactggtttgt
 7.03 G6968633@J924889@j_at.+.chr18:32883440-32883590      GTCAGCtgtgtccaccgcggcccagccttctcccctgatattactctttctctcagagcatgcatggtctttcatcctccaccctgaaactctgggcttctctcaagagccaaggctggagagacaggctggagcctccatttttgatcc
 7.44 G7006602@J925098@j_at.+.chr18:38744966-38745116      GTAGACccaaaacttaatttctcctatccgtttttagaaacttttaacatcgtctttaattgaagactaccttggtgatctttaattcagtgcataaagaacaaatggatttgattttgtaaatttccccctagtgttcatgaatcctaa
 7.42 G7137886@J926032_RC@j_at.-.chr19:7181087-7181237     GCAAGTccataactttttttgcacattaataaaaagaaaaatgttaagaaagaggctgtagctgaggatgaggtgggaatcttttattgccccacatttcttaaaatggaaactaactactagtccgtcctttctctactgaagagttgc
 6.82 G7145382@J926054_RC@j_at.+.chr19:6156806-6156956     GTTGGGaaacagttttaaccagctgacagtaacgcttttaccttttttctcaatatgtttttactggtggcaacatattgtgtcagttcaataactcctagttaagacgactggtattctgaccagagtagactatatgctcagtcaaca
 9.21 G7125552@J927684_RC@j_at.-.chr2:22923069-22923219    GTAAGAgacattacttatcgtttgatccacagtacttcctctatgttgacagaggctgcagagtcactaaaatgtgaaaacttgtctgtctgcttttctctgtaggatttatatagattaaatatgcttaaacttagatcacatcagcag
10.20 G7116657@J927635@j_at.+.chr2:29974194-29974344       GTAAGTttttcacacttttaagagttctagatatttgagctctgggatttatgttctactctgtagagtactgttactgtggttacatctggtccactggtgtctgttcatccgtcatcagtctaatccccagtcactccatccaagtgt
 9.47 G7053597@J928548_RC@j_at.-.chr2:70707347-70707497    GTAAGCggtagctgccctgtagcatcagttcacagtttagtgttcagatgagcacatgtgtactgagacctgtaaaacagtttagttctaaaccaagtggagttaaacacaaaacaactatcaagaatatttttagtttatttcttctgg
 5.76 G7027452@J928484@j_at.+.chr2:71127874-71128024       GTATTGcatagatttattacattccctctttaataattaatttcttttttgtgaaactgtcctaatattactttgccgtagtttctaacattgtgtctagttaagaattataatttactgtaaaaaccttatttatcattttataattaa
 9.16 G7035205@J928611_RC@j_at.-.chr2:73747810-73747960    GTTAGTatatgcttttattaatggcttatataatatttcacccagaatgtgcacaattttgtgtattctctgtaaatactatagtctggtgatagtccaattgcttcatttacagtaaatgttagcaacatgtatttacccattacattt
 8.30 G7023578@J928807_RC@j_at.-.chr2:91048921-91049071    GTAACTgcctttctttgtgtgatgtgctcatccctcctcctggggaggggcaaggcctcacgtggaggtctctggggtcggaggcaaaatgtattagatctgggagaaaggtttggtttccattgctctgaaatttggaatgaccttgtt
 9.12 G7023578@J928812_RC@j_at.-.chr2:91054225-91054375    GTAAGGaatgaatgccccttcctgtcccccagtctcccatacctgccaacttcccaggcccaaattggggcaggctccctttgtcagccccactccaaatttgttcttgggtggtatttggaggaagagttgaaaagacaggtcagagac
 8.40 G7039426@J929833@j_at.+.chr2:152767543-152767693     GTAGGGcagatgttccagccttagtggaaagtgagggaatgtcactgggctggtggcaggaaggggctggtggcaggaagcagctcttcacaaccatccgtacttgctgcccagagtctcggtcccactattctcttctgctctccagca
10.20 G7051170@J929944@j_at.+.chr2:156078740-156078890     GTAAGTggccctgcccccagggaggccaagcccccacttctgaggcagcctgccctcctggaatggggaggtttggatgggtccgggatgtatctttgaggtggggttcctcacagcaggtagttgggactagaagatgggatgaaattg
 8.87 G7016439@J930495@j_at.+.chr2:174404256-174404406     GTAGGCacattcaaaaacagaaaactcttctaacaaacaaaacaaacatgaagaccatagcgggggaaactgaggacacagactggggaacaaagcagagatcatcccagggccatcagccatcttggtgtgcatttgcaaatgacgtgt
 7.39 G7011056@J930594@j_at.+.chr2:180666648-180666798     GTAAAAccctgtttgcgctggtgcatgctgccctatgtctgttgagcatgtgcattgctcctggctgtatctccctttctgcttgggtcacctgtgtgtgctgcactcgcaccttcttgtcctgttggtcttggaagctcatcttcccca
 8.59 G7027520@J931922_RC@j_at.-.chr3:103947017-103947167  GTAAATttgcatgtcttttaaatcacttctttcattttctttttaattaaaatgatgctattaaatacatctgtttctgtcttctgcactttttcaatctccctttgacattaaatttgacagcctaacaaccacattttggttaccaca
 6.68 G7045192@J932067_RC@j_at.-.chr3:108807745-108807895  GTCAGGttgtaagctcctctcttaaacccagtctccagagccgggcgtggtggcgcatcccttaatctcagcactcaagaagcttaggcaggctctgtatgttcgaggccagcctgatctatctagtgtgttccaggacagccagaccta
 9.16 G7094107@J933920_RC@j_at.-.chr4:116563502-116563652  GTTAGTtttcaaagttcccacattggtttggggacactttggcttcagtgtgtctccactcttctacttcctcacgtctccccactttctccttgcccttttccccttgcctttatcccttccctccccttccggcgtctcccttctctc
 9.21 G7072884@J934125_RC@j_at.-.chr4:124608687-124608837  GTAAGAgaaggctcagccttccccctccagagccccttatagccagccccccgagagctcagcaagaatactcatccctggagctctccctatgactccaggtccagccctgctctattccacccagggctctgtgccctttaggggagc
 9.09 G7117774@J935049_RC@j_at.-.chr4:147151136-147151286  GTACGGtggggatggtcacgctgaactagcttagtgataagctctatggctttaatactttcagaggataaatagggcatgagttagaatagaaccttccaaaaggtttttctttttctttttcttttttttttttttggctttggaatt
 6.77 G7138057@J934892@j_at.+.chr4:147527656-147527806     GTTGATggatcaccccacccccacccgcattccccattcactatagcgtttcctttaaagatgagacgttgatccattccacatgtcgcatgagatgagcagattgcatttcgaccccagacaccatttcagctgcttgcctgcattgag
 7.42 G7049941@J935311@j_at.+.chr5:14701668-14701818       GCAAGTatttccttgttgctcaatttctttctgtttagtacacagcattttcactaatattttcattcctattggatactatcctctgtgcttcacagttgctagaatttcctccatgacttcctgaaagttggcagcagaacagggcag
 8.37 G7111083@J938885@j_at.+.chr6:72080812-72080962       GTATGTaaatcaagtcgtcctcagtgctctcttcatccattagctagcacaccttgtggttcagtagccggtggggtttctttggtttccctatgtcactgcttagttcccaccatcatttccccatccgtgctctttccacgtaaactg
 6.69 G7153846@J939317_RC@j_at.-.chr6:94036513-94036663    GTTTGTagctcaatcaatactaggtgtttctgtgctgtggcctcatttcctcattgcttctgcttagctctatcttggtatgtttggcaattcattctgagcaccctgccttctttgaattgtaagtacatagctgacctgttgaagtgt
 7.57 G7155252@J939653_RC@j_at.-.chr6:120010124-120010274  GTGAGAaacagctttccttaattatgggaatgattttcgcttgttttcatgtttcattctccgtgctcacttcacatcttctctgtacagccatgaactccctagtgtgctctctgctccttttattttcacatgactcttgtgtggatt
 7.39 G7148033@J939983_RC@j_at.-.chr6:131683936-131684086  GTAAAAtgcacctgagactcctcagcagtcctcacccttcatccttctctgcctcctcctcctcctccttcaactccagctatcagaagtaacacattgcttattgcttgcagcttcctgtgctaccaaagctgaggcaaggcccacgcc
 8.15 G7193738@J944098@j_at.+.chr8:24333045-24333195       GTTGGTagcaatgccctctgccctatcccactcctccaactttgctagtttgaaagggaggcgggcttcccctccatgatcccgcccctactctgcttcagaactgccgcccactaacattgctccctgcccgctgcgtggcttggcgct
10.20 G7242800@J944940_RC@j_at.-.chr8:83989828-83989978    GTAAGTggacgatgaaaccgataccacagcgcccagcatccctggcccatctacgcagtctccactgcaaagagaggagcgccccctcccaacaaagcccctacccagagagcctcagagcctcccagcgaatgagcagggttgagccct
 8.15 G7178708@J946283_RC@j_at.-.chr9:31135606-31135756    GTTGGTttgtcaaagacgttccttaagacctccattccttctcacttccccagtgtgttggaagtttcattttatgtttcataccaccatctgactctccccgcctcatttcttcagccatggctgtgagtggagctagagtagccctgc
 9.47 G7206860@J946828@j_at.+.chr9:59850125-59850275       GTAAGCgatactctctggctaccttgactctctttatagtgcatctatttgtgaacacacgatctgtgctgtctcttcccccatcatgagtacatggtctttatcagcaccttctcaaatcatggatacacaatctgtctctatttcctt
 6.28 G7183237@J947161_RC@j_at.-.chr9:72189495-72189645    GTACTAtttcatttagatggtgccttttttgtgtgtttcaattacttataacgtcccttactcatttaaatgatcaagctgtacagactccaacactgagcattgcagctcttgtagcagtgtgtagaagtagacttttgtcttgtttat
 9.47 G7223440@J947227@j_at.+.chr9:80502711-80502861       GTAAGCttaatgaaattagaacatggatgtagcagtaaaatatcagcttatttgctttgaatattaccctgaattggagttcatcactaaagcttactatttaatgacaggaaaccgattaataatacgttgcaatattttggtatgtgg
 9.21 G7265051@J948457_RC@j_at.-.chrX:11883943-11884093    GTAAGAactctagctccacccagccaagtgtgacgattttgttggtgctcacctgccatgagtgtttagttccatgtgttcagtggaaagattgtcttctgcagacgcacatggcgactgcagcagccttgcagttgactcctggaaaac
 9.72 G7265051@J948464_RC@j_at.-.chrX:11928256-11928406    GTAGGTatccctttgttttcctctaaggtttatctttatgcaaaagtgtttggctctgcatggttcataattggcttgactttttccatggctgcttgtgtttagatgtttaaaagtgaattttaacactgtctgaccataaaataaaaa
4.8999 @ 94.44 sd 28.15 CATGTCT
	a  0.003 0.975 0.003 0.003 0.251 0.076 0.236 
	c  0.990 0.003 0.019 0.189 0.189 0.594 0.019 
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