#LOOP
blastz $(file1).consElement.fa $(file2).consElement.fa B=2 C=2 T=0 W=3 K=1000 > blastz/$(file1).$(file2).blastz 
lavToPsl blastz/$(file1).$(file2).blastz psl/$(file1).$(file2).psl
pslPretty psl/$(file1).$(file2).psl $(file1).consElement.fa $(file2).consElement.fa pretty/$(file1).$(file2).aligned
#ENDLOOP