Improbizer Results

Improbizer will display the results in parts. First it will display the profiles (consensus sequences with the probability of each base at each position) individually as they are calculated. The position of a profile in a sequence is indicated by upper case. The strength of the profile match is indicated by the score on the left. There will be a delay during this phase as each profile is calculated. Second Improbizer will display all profiles at once over each sequence. Each profile has it's own color and the stronger the profile matches the darker it will appear in the sequence. Finally there will be a graphic summary of all the profiles at the end, using the same color conventions.

Looking for 2 motifs in 45 sequences. Longest sequence is 150 bases.

Settings are use location; don't include reverse complement; 1 occurrences per sequence; right align; restrain expansionist tendencies 6.000000; number of sequences in initial scan 1000; background model m2; background data bs.ms.mm2.cassette.skip_1.75.up.fa;

6.1497 @ 118.24 sd 13.17 TTTCCTT
	a  0.069 0.047 0.003 0.091 0.134 0.110 0.025 
	c  0.246 0.422 0.003 0.859 0.816 0.003 0.003 
	g  0.069 0.067 0.003 0.046 0.025 0.003 0.265 
	t  0.616 0.465 0.990 0.003 0.025 0.883 0.706 
 6.82 G6865744@J908096@j_at.+.chr1:83629948-83630098      aaggattttcaaagcatttgagggatattatattgtactaaagcatacaatataatcctatctgacatttatttgtcttgtttttgctttattttcgtatttctctgTTTCCTGattctgtcttgtgtcttctgcaaaaacctgccctag
 7.70 G6820594@J909190_RC@j_at.-.chr1:169393579-169393729 tcatgctactaaccaggctctgtggatgctgtttttgtcttacatttgatttggggggttgctttgcatgtcgttctcctcttggctgttggttgcagggttgatcctTTTCCTTtctgtgattcaggtgcctcactctttcctttccag
 6.40 G6813886@J909757@j_at.+.chr10:17982545-17982695     tatgaagtgattatgggaattacaaactacagaattttgtcgatcctgcgaaatgcatcttgcagtgcagcctctgaatgacttgctaagtcttctccagtgcaTCTACTGcatctcccgtgctgacgtgtctctcctctgtctgtccag
 3.31 G6829755@J909798@j_at.+.chr10:20217337-20217487     cagacagacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacaccacatacactttgcttttgttactgcagtaaaatctagaatttgcatgtaactaaataccTTTGATTgcattactaaaaactgtgttaatgttaatcag
 6.66 G6868962@J910360@j_at.+.chr10:70033515-70033665     ctgtttttattggcttctcttgctttgctttgctctctaaatcagcttgccttgtgtgctcctactcagtccttctcatatcctgacactgttttccctgctgtccattataatATTCCTTgtctctgcaatgcatcttgggaccaaaag
 4.05 G6860927@J912087@j_at.+.chr11:29704716-29704866     gttactatttcctacttcctttctgccttactagccatttctcttaaaatgtggttagctcattgtgaacttccccttgcttagtctcttgctttcactcctccagCCTGCTTgtatttctgctgaggttgtattctgtttgtttttcag
 4.54 G6909490@J912863_RC@j_at.-.chr11:66344170-66344320  ccctatgctctccttgtcagtgtggtggggagagtgatttgaactgttcttgcattagttttattcatagtgtaatataacgatgcaatgtcatgttctgatttgtttgacttacagcaaatgaactgcaacttatctctTTTACTTtag
 6.89 G6937358@J912962@j_at.+.chr11:71196576-71196726     agtgatctggggcaggctgtggagccttcactaatgagcgtgggctaggggagctgcagaccttacatagcatagctcatgttcctaacctttctcaccatctctcctgcttCCTCCTGgccgcctttcttcctctgtggcccctcccag
 7.03 G6909211@J916434@j_at.+.chr12:107324455-107324605   tagaaccttttggtggaatcaggttttaatcctgctcctgcttccctacccagtgaggcctttgtcatgctagttcagagtgctggtgtgaggatgctctctgctggtttgctttaatatgctctagactagaaggctgTTTCCTTccag
 6.92 G6884091@J917174_RC@j_at.-.chr13:54994530-54994680  accagccctcggctgctcctggccatcccctgccagagctctcttctgtcccttcctcctttccttccctccatcctccctgcctcccttccatctctcCTTCCTTccacttcctcctcctcctcctctctctctttctctgcccctcag
 6.74 G6872544@J917571@j_at.+.chr13:93965336-93965486     ataggtgcgtggagtcagcacttgctgctgtgcctgcttcatacagtgcttgttttctcttctttatcttgtgtttgcaagttggtactgaatgctctgttgtgcctttgttctgATTCCTTggtttttttctttgtctgtctctggtag
 8.09 G6924354@J919294_RC@j_at.-.chr14:94383434-94383584  tactcaggtggcttcagtttcactttagcaaaattgtatttcctattggcgctggaactcaggaaatgtcactgtgaacgcatcttctgcagatgatcctctgttcccTTTCCTTgttgatatctttctttcttaaactttgttgctcag
 6.28 G6972175@J919743@j_at.+.chr15:42030844-42030994     tgaactaggaaaagatagcttggttaccattctcttctcccatttaaatctctccctttgcctcctctttctctcctgtcttttctttttatatacatattctcttctcaactgtcagtggaattattgtCTTCCTGtttccatattcag
 7.36 G7020186@J921131_RC@j_at.-.chr15:99654804-99654954  agtctgggtgtgagtgggccttggtattcatagtcccttctggtgtttacccagtagtgagtgaactccagccttgactttggcaaattccacgaatatgaagtctttacaaacagttgatggtaaggagtttgtgTTTCCTTtgtctag
 5.39 G7187550@J923324_RC@j_at.-.chr17:29744295-29744445  gtctagactacacatcaaaaactgtttcaaaaagaaaataactgtaatcagtactgatggcctttggtggagagtttgggtggctgatagaatgtgtggttttgtgcgcatgctcctcttgctcactaactcccACTCCTTctctgacag
 4.72 G7003427@J924356@j_at.+.chr17:68413830-68413980     gagcattacgcttggtgtctaagatagcattgcatctgcgtaccagagacctgtcctgcacacaggtcttgtgtgtagaccacaggtcttcaaccgtagcgtgaatcccttggtaagtctctatctcccgctcttTCTCGATgctggcag
 7.26 G7003427@J924363@j_at.+.chr17:68427560-68427710     ttcagcatatgcctttgaatcctcccataatcgttgtgcctcggtgttaactgtgggggtagatttagctcgtaagtctacatcttgctactgctcatgcatgtcccaCCTCCTTtttgttttcgcccttctgtgatttcccggggatag
 6.15 G7011234@J926633_RC@j_at.-.chr19:32492157-32492307  tatggttttccttcaaatggggcccttcttaaacaatgggcaatgttttattttgaccaaaagttagtttcttttacttaggtcagcttgctttctctcccaactttaatatatggttaTTTCCTAgtgacttttctgtgtctttttaag
 7.09 G7125552@J927684_RC@j_at.-.chr2:23231650-23231800   agataacttttaaaatgcatttgaaatagagctggataaaaacttaacataagttcagtaatataaatgtcaacctgtcctgtgagatacaacttacctagaattaattTCTACTTttcccccctcttttttgtttttgccaacataaag
 5.89 G7116657@J927635@j_at.+.chr2:30350047-30350197      tgtcgaagctataacctgtctaatggagctgcccctgtgctgttcccatgcgccgatcttcctggggaagtatgatggcagagtgaggctctagtagctgagacatgttcatatcagttactgaattcttcTTTCCATctgtttttgtag
 5.91 G7027452@J928484@j_at.+.chr2:72024286-72024436      tagtatgtaggttttgtgttagtcttactaaccgtgtagttagttcttagttgtaaatagcgtgctagttagctgtttatggagtgcatttgcttgactaacttctgaccttttttactaatgCTTCATGgttgccctacaaccatttag
 3.41 G7035205@J928611_RC@j_at.-.chr2:74709244-74709394   gtgtgctaacagtagattgattgtcttatagtataagctggtgtttcactgctaatggtggttttacatgttgtggaaattgaTATCCTTtatcagttttctttgatcaaattgaaaatcttaactatattttaaaactttttgccacag
 6.81 G7023578@J928807_RC@j_at.-.chr2:92120099-92120249   catcttaaaagctgaaccccgggaacctgtgggataagcaggggctagatctagatgaagctgggcttgggcgtgactcaccaggctgtctctttctgTCTCCTTtctttcctcttgctaccatgttcctccctgctcacaaattggcag
 6.36 G7023578@J928812_RC@j_at.-.chr2:92125497-92125647   tcctcaaccctacccaaattaagatatcttggtatctcttagccaataatgctgtgtctgaaacggaatgagcatgggcggggtgattcctgtcctttgacaagtctgactttctgtctttcTCTCCTGcttgcattgcatctggggtag
 6.58 G7013508@J929323_RC@j_at.-.chr2:121490234-121490384 cccccccaaattgggaggatagtttaaatgtgtctaggatgaagggaaagatagtctgctacattccagatgtaaaaacaaacactagaagaaagaagcacaagtaagaaTTTCATTaaatccataatgacaaactgttttttctttcag
 8.67 G7039426@J929833@j_at.+.chr2:153507617-153507767    caggctgctttgcacgcagcaaagtggaaggacaggccatggaaccaagacagtggtgctctgtgctcctagggaaggctgactctagctttccctgatctcctcctctgcaTCTCCTTgttccgtcttctctgtctgtctctcacacag
 7.15 G7051170@J929944@j_at.+.chr2:156854574-156854724    ctcagaagaggccttttagctggggctagaccctcgtgctgaagcaggagtgtcagtcctccctcctcccatggatcttgctccatagatctcactgtgaagctctgaatctttgttctcttcctcctcTCTCCTTcccccatgctgcag
 6.93 G7014264@J929997@j_at.+.chr2:158190691-158190841    gagaaaggaacggccttgacaggagctctggtctggtttaccatgtgtgtcctctgcttgtctgtctctctctctctctctctctctctctctctctctctctctcactcactgtcctttcttgattctcaaacctcTTTCCTTtggcag
 1.96 G7029273@J930515_RC@j_at.-.chr2:171396087-171396237 ttaaaaaggtaagtattcccatgatgctttgtgggttgggagccatgagtgacacggcagtaactaattgtcacagtgtctggatatacagagaagacaagtgggtctgttttaaaagcgaatctctaagctgtgtctgatgtTGTCCAG
 4.60 G7016439@J930495@j_at.+.chr2:175578867-175579017    agaaaagcgacctaaggattaaccgggaggatggtacgcaggactgtcaggttttcttacctgactgtttaaagatgcagagactgtgtgggttttgtatgaaattgcagtgccttgcagataggtgagcTTTCAATctctctttaaaag
 8.17 G7074049@J931273@j_at.+.chr3:88948811-88948961      tatggctatcagatagacagactatctagatatccttttgggccacaaagagcactctgctcttaggcaaatagggggactggggtggccatatgggaagggcaggagccatagcctgaacCTTCCTTttggttttatttctgctcccag
 6.52 G7027520@J931922_RC@j_at.-.chr3:104126342-104126492 cataacttcctacagtcccttccagctgtgatcctctggctgtgttatcttccaccgtctgctcatacagcacgcgttcccagggacatctatgctaactgtactggtttgttttcacgtagtcctaggctttttctCTTCCTTcttcag
 6.44 G7015108@J932346@j_at.+.chr3:137426947-137427097    ttgtctatgccaaaagccagcacttagacaaacattagttccccccccccacaccctcagttcctttgatcgtcactgacttgttctttagagttaagaaatcctcaactcatttTCTCATTcattttgcaccccctttcttctcttcag
 3.61 G7009086@J932579@j_at.+.chr3:158147529-158147679    ttgcaggtgtggaaatgtaaactttgctaggagaaccagctgtaacagatgtggtcgaggtgagcgctgacagataattctcttaatactgtatatgcagatcaTTTCTTTatttcccaggatttatatcgagttcttgtctgtttgcag
 6.63 G7106861@J933592@j_at.+.chr4:107132175-107132325    agctggtgcagccagtgaaggcctttgagaaagtgccgtaggcttttgctctgtacaccacctgcagttctttaaatgcttcctgtgaacatgtgcttgtgtgcttgtgtttgctgtaTCTACTGgttaattgtaatgattttgatccag
 4.74 G7094107@J933920_RC@j_at.-.chr4:115985276-115985426 agctgacccactctttctgtctgtgccccttcctcttgcccttcacctacagtcccttcagtgtcgaaccgcagaaccaggtgaccagaaagagggttcctgagctctGCTCCTGtcccattgttttcttttggtttgttttctctgcag
 7.39 G7117774@J935049_RC@j_at.-.chr4:144650354-144650504 gtagtttttgtatgctctaatttaattggtcctttgaatcactaaaaagaactaaacctcttcttgtccctagaaagtgttctgatttccatttattctcgaggcttatcccatgttccttttcTCTCCTTtaaatgctttcgtttgcag
 5.37 G7138057@J934892@j_at.+.chr4:145030849-145030999    caccaagtgcaagcttgtatgcaggtgaactgtgtcccagcagtcaagggggactttggtctctggggcccatgttcggctgctccttgaaagcacagtgtgaaggccctaacctcttGGTCCTTtctgccgtctgtcttgcctttccag
 7.38 G7153846@J939317_RC@j_at.-.chr6:94460013-94460163   ctgaccggacgaataaactctctttgccctatgttaacaaatgaagattttttctttcttgttatagggaatctaaatgttgaactttttctctttctctcttTCTCCTTctctctgactgttcttggtgctgggccctccctcctccag
 7.00 G7193738@J944098@j_at.+.chr8:24284936-24285086      gttccggtccccagctctcttgccttagctaaggcctggacagtgcagtgacctacgactcggctcgccctatggctcacctaactccctttctcctcctcctttctccacttggctcttCCTCCTGgcccttgtgggtggctgctgcag
 7.81 G7178708@J946283_RC@j_at.-.chr9:31283065-31283215   cacggtcagtttgtttatgggtatctcaggcatgtttttagtgaaaatgccttttggtcacattatagagaggaacttagaaggaaatcattttctttcttaaTCTCCTTttgtgctattttgtttttttattgttttcctttctgctag
 3.50 G7201980@J946815@j_at.+.chr9:59178979-59179129      tgaaattggccctcttaccctattgtaacccaaaagggtcttcaacacacacagctttgataaagactgatagcattagaagcaggactctgagccagtaggtaagacctttggtatcttaggtggtaatgGTTCAATactttttcacag
 5.35 G7206860@J946828@j_at.+.chr9:60180790-60180940      ctttctagagtaggtacctagagttatttggatgcacgagaaggtaggcaaatggaaagacagaagactgcatcataagtggtatggatgcctaatatacagccatgggggtcctaggctcatatattCATCCTGgtgtttccctgcaag
 6.73 G7183237@J947161_RC@j_at.-.chr9:72508462-72508612   cctttccagaactcagtacaagtagatcttgcagacctccacattaactttactaacaggttaccaacaagcacatcagctatttcctcgactctgttggagttaatcttaacctgtgctttgCCTCCTGttctgtcttgactttgccag
 6.45 G7265051@J948464_RC@j_at.-.chrX:10671101-10671251   tgagatcagagtaatgtctgaaattgggtgggggggtcagcatgggggctgtgcttgtggattatctaaaggacccaactatggcttaatgacctgcttgctctaaaatcataacgttTGTCCTTtgtccatatgctgccttcctcctag
5.7535 @ 51.63 sd 33.95 CTTGCTA
	a  0.003 0.113 0.178 0.069 0.003 0.003 0.619 
	c  0.509 0.025 0.003 0.222 0.749 0.003 0.288 
	g  0.113 0.090 0.003 0.684 0.201 0.003 0.003 
	t  0.375 0.772 0.815 0.025 0.047 0.990 0.091 
 5.64 G6865744@J908096@j_at.+.chr1:83629948-83630098      aaggattttcaaagcatttgagggatattatattgtactaaagcatacaatataatcctatctgacatttatttgtcttgtttttgctttatTTTCGTAtttctctgtttcctgattctgtcttgtgtcttctgcaaaaacctgccctag
 6.52 G6820594@J909190_RC@j_at.-.chr1:169393579-169393729 tCATGCTActaaccaggctctgtggatgctgtttttgtcttacatttgatttggggggttgctttgcatgtcgttctcctcttggctgttggttgcagggttgatccttttcctttctgtgattcaggtgcctcactctttcctttccag
 9.07 G6813886@J909757@j_at.+.chr10:17982545-17982695     tatgaagtgattatgggaattacaaactacagaattttgtcgatcctgcgaaatgcatcttgcagtgcagcctctgaatgaCTTGCTAagtcttctccagtgcatctactgcatctcccgtgctgacgtgtctctcctctgtctgtccag
 5.05 G6829755@J909798@j_at.+.chr10:20217337-20217487     cagacagacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacaccacatacacTTTGCTTttgttactgcagtaaaatctagaatttgcatgtaactaaatacctttgattgcattactaaaaactgtgttaatgttaatcag
 5.87 G6868962@J910360@j_at.+.chr10:70033515-70033665     ctgtttttattggcttctcttgctttgcTTTGCTCtctaaatcagcttgccttgtgtgctcctactcagtccttctcatatcctgacactgttttccctgctgtccattataatattccttgtctctgcaatgcatcttgggaccaaaag
 6.54 G6860927@J912087@j_at.+.chr11:29704716-29704866     gttactatttcctacttcctttctgcCTTACTAgccatttctcttaaaatgtggttagctcattgtgaacttccccttgcttagtctcttgctttcactcctccagcctgcttgtatttctgctgaggttgtattctgtttgtttttcag
 4.79 G6909490@J912863_RC@j_at.-.chr11:66344170-66344320  cccTATGCTCtccttgtcagtgtggtggggagagtgatttgaactgttcttgcattagttttattcatagtgtaatataacgatgcaatgtcatgttctgatttgtttgacttacagcaaatgaactgcaacttatctcttttactttag
 5.94 G6937358@J912962@j_at.+.chr11:71196576-71196726     agtgatctggggcaggctgtggagccttcactaatgagcgtgggctaggggagctgcagaccttacatagcatagctcatGTTCCTAacctttctcaccatctctcctgcttcctcctggccgcctttcttcctctgtggcccctcccag
 7.49 G6909211@J916434@j_at.+.chr12:107324455-107324605   tagaaccttttggtggaatcaggttttaatcctgctcctgcttccctacccagtgaggcctttgtCATGCTAgttcagagtgctggtgtgaggatgctctctgctggtttgctttaatatgctctagactagaaggctgtttccttccag
 5.78 G6884091@J917174_RC@j_at.-.chr13:54994530-54994680  accagccctcggctgctcctggccatcccctgccagagctctcttctgtccCTTCCTCctttccttccctccatcctccctgcctcccttccatctctccttccttccacttcctcctcctcctcctctctctctttctctgcccctcag
 5.73 G6872544@J917571@j_at.+.chr13:93965336-93965486     ataggtgcgtggagtcagcacttgctgctgtgcctgcttcatacagtgcttgttttctcttctttatcttgtgtttgcaaGTTGGTActgaatgctctgttgtgcctttgttctgattccttggtttttttctttgtctgtctctggtag
 6.87 G6924354@J919294_RC@j_at.-.chr14:94383434-94383584  tactcaggtggcttcagtttcactttagcaaaattgtaTTTCCTAttggcgctggaactcaggaaatgtcactgtgaacgcatcttctgcagatgatcctctgttccctttccttgttgatatctttctttcttaaactttgttgctcag
 4.14 G6972175@J919743@j_at.+.chr15:42030844-42030994     tgaactaggaaaagatagCTTGGTTaccattctcttctcccatttaaatctctccctttgcctcctctttctctcctgtcttttctttttatatacatattctcttctcaactgtcagtggaattattgtcttcctgtttccatattcag
 6.61 G7020186@J921131_RC@j_at.-.chr15:99654804-99654954  agtctgggtgtgagtgggcCTTGGTAttcatagtcccttctggtgtttacccagtagtgagtgaactccagccttgactttggcaaattccacgaatatgaagtctttacaaacagttgatggtaaggagtttgtgtttcctttgtctag
 4.81 G7187550@J923324_RC@j_at.-.chr17:29744295-29744445  gtctagactacacatcaaaaactgtttcaaaaagaaaataactgtaatcagtactgatggcctttggtggagagtttgggtggctgatagaatgtgtggttttgtgcgcatgctcctCTTGCTCactaactcccactccttctctgacag
 5.37 G7003427@J924356@j_at.+.chr17:68413830-68413980     gagcattacgcttggtgtctaagatagcattgcatctgcgtaccagagacctgtcctgcacacaggtcttgtgtgtagaccacaggtcttcaaccgtagcgtgaatccCTTGGTAagtctctatctcccgctctttctcgatgctggcag
 8.40 G7003427@J924363@j_at.+.chr17:68427560-68427710     ttcagcatatgcctttgaatcctcccataatcgttgtgcctcggtgttaactgtgggggtagatttagctcgtaagtctacatCTTGCTActgctcatgcatgtcccacctcctttttgttttcgcccttctgtgatttcccggggatag
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