Improbizer Results

Improbizer will display the results in parts. First it will display the profiles (consensus sequences with the probability of each base at each position) individually as they are calculated. The position of a profile in a sequence is indicated by upper case. The strength of the profile match is indicated by the score on the left. There will be a delay during this phase as each profile is calculated. Second Improbizer will display all profiles at once over each sequence. Each profile has it's own color and the stronger the profile matches the darker it will appear in the sequence. Finally there will be a graphic summary of all the profiles at the end, using the same color conventions.

Looking for 2 motifs in 52 sequences. Longest sequence is 150 bases.

Settings are use location; don't include reverse complement; 1 occurrences per sequence; right align; restrain expansionist tendencies 6.000000; number of sequences in initial scan 1000; background model m2; background data bs.ms.mm2.cassette.skip_1.5.up.fa;

5.8739 @ 122.03 sd 10.80 TCTTTCT
	a  0.003 0.154 0.060 0.003 0.078 0.058 0.022 
	c  0.326 0.840 0.098 0.155 0.156 0.860 0.153 
	g  0.003 0.003 0.003 0.155 0.003 0.003 0.003 
	t  0.667 0.003 0.839 0.687 0.763 0.078 0.822 
 6.62 G6865744@J908096@j_at.+.chr1:83629948-83630098       aaggattttcaaagcatttgagggatattatattgtactaaagcatacaatataatcctatctgacatttatttgtcttgtttttgctttattttcgtatttctctgtttcctgatTCTGTCTtgtgtcttctgcaaaaacctgccctag
 7.64 G6820594@J909190_RC@j_at.-.chr1:169393579-169393729  tcatgctactaaccaggctctgtggatgctgtttttgtcttacatttgatttggggggttgctttgcatgtcgttctcctcttggctgttggttgcagggttgatccttttCCTTTCTgtgattcaggtgcctcactctttcctttccag
 5.54 G6813886@J909757@j_at.+.chr10:17982545-17982695      tatgaagtgattatgggaattacaaactacagaattttgtcgatcctgcgaaatgcatcttgcagtgcagcctctgaatgacttgctaagtcttctccagtgcatctactgcatctcccgtgctgacgtgtctctccTCTGTCTgtccag
 5.04 G6829755@J909798@j_at.+.chr10:20217337-20217487      cagacagacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacaccacatacactttgcttttgttactgcagtaaaatctagaatttgcatgtaactaaatacctttgattgCATTACTaaaaactgtgttaatgttaatcag
 5.83 G6868962@J910360@j_at.+.chr10:70033515-70033665      ctgtttttattggcttctcttgctttgctttgctctctaaatcagcttgccttgtgtgctcctactcagtccttctcatatcctgacactgttttccctgctgtccattataaTATTCCTtgtctctgcaatgcatcttgggaccaaaag
 6.55 G6860927@J912087@j_at.+.chr11:29704716-29704866      gttactatttcctacttcctttctgccttactagccatttctcttaaaatgtggttagctcattgtgaacttccccttgcttagtctcttgctttcactcctccagcctgcttgTATTTCTgctgaggttgtattctgtttgtttttcag
 5.07 G6909490@J912863_RC@j_at.-.chr11:66344170-66344320   ccctatgctctccttgtcagtgtggtggggagagtgatttgaactgttcttgcattagttttattcatagtgtaatataacgatgcaatgtcatgttctgatttgtttgacttacagcaaatgaactgcaactTATCTCTtttactttag
 7.44 G6937358@J912962@j_at.+.chr11:71196576-71196726      agtgatctggggcaggctgtggagccttcactaatgagcgtgggctaggggagctgcagaccttacatagcatagctcatgttcctaacctttctcaccatctctcctgcttcctcctggccgCCTTTCTtcctctgtggcccctcccag
 5.64 G6928027@J915031_RC@j_at.-.chr11:117189499-117189649 ctgccgtccctgtctggctgctctgctctggggagggtctgcttggcttggggtggcccggccatttctaacctgttttttgcactttgcatctttcccctcctctatttccctcctcCCTCTCTgtgtgcactgcctgtcactccgtag
 4.05 G6909211@J916434@j_at.+.chr12:107324455-107324605    tagaaccttttggtggaatcaggttttaatcctgctcctgcttccctacccagtgaggcctttgtcatgctagttcagagtgctggtgtgaggatgctctctgctggtttgctttaatatgctctagactagaaggctgttTCCTTCCag
 7.14 G6884091@J917174_RC@j_at.-.chr13:54994530-54994680   accagccctcggctgctcctggccatcccctgccagagctctcttctgtcccttcctcctttccttccctccatcctccctgcctcccttccatctctccttccttccacttcctcctcctcctcctctctcTCTTTCTctgcccctcag
 7.27 G6885622@J917196_RC@j_at.-.chr13:55052060-55052210   attctgattaggaaaccagggccatgttgtacaatgtgggggttcaaggatgccttgcaggtcactgtttagttctctgtcctgtgcttcaagtaatacatttggtttgggcaagTCTTACTtagtaagtttccctatcattttttccag
 5.90 G6872544@J917571@j_at.+.chr13:93965336-93965486      ataggtgcgtggagtcagcacttgctgctgtgcctgcttcatacagtgcttgttttctcttctttatcttgtgtttgcaagttggtactgaatgctctgttgtgcctttgttctgattccttggtttttttctttgTCTGTCTctggtag
 8.54 G6924354@J919294_RC@j_at.-.chr14:94383434-94383584   tactcaggtggcttcagtttcactttagcaaaattgtatttcctattggcgctggaactcaggaaatgtcactgtgaacgcatcttctgcagatgatcctctgttccctttccttgttgataTCTTTCTttcttaaactttgttgctcag
 7.17 G6972175@J919743@j_at.+.chr15:42030844-42030994      tgaactaggaaaagatagcttggttaccattctcttctcccatttaaatctctccctttgcctcctctttctctcctgtcttttctttttatatacatattctcttctcaactgtcagtggaattattgTCTTCCTgtttccatattcag
 3.50 G7020186@J921131_RC@j_at.-.chr15:99654804-99654954   agtctgggtgtgagtgggccttggtattcatagtcccttctggtgtttacccagtagtgagtgaactccagccttgactttggcaaattccacgaatatgaagTCTTTACaaacagttgatggtaaggagtttgtgtttcctttgtctag
 4.77 G6990278@J921938@j_at.+.chr16:31634004-31634154      gaaaaatctacaggcgtgctttgtacactgtgtgtacctgtaatggtcttggaactgtctcttattgtagcaccaattctatgcatcactgacaactattttctttgattaTCTTTTTattgcttgctctctggggactactctctacag
 5.81 G7187550@J923324_RC@j_at.-.chr17:29744295-29744445   gtctagactacacatcaaaaactgtttcaaaaagaaaataactgtaatcagtactgatggcctttggtggagagtttgggtggctgatagaatgtgtggttttgtgcgcatgctcctcttgctcactaactcccacTCCTTCTctgacag
 7.56 G7003427@J924356@j_at.+.chr17:68413830-68413980      gagcattacgcttggtgtctaagatagcattgcatctgcgtaccagagacctgtcctgcacacaggtcttgtgtgtagaccacaggtcttcaaccgtagcgtgaatcccttggtaagtctctatctcccgcTCTTTCTcgatgctggcag
 5.48 G7003427@J924363@j_at.+.chr17:68427560-68427710      ttcagcatatgcctttgaatcctcccataatcgttgtgcctcggtgttaactgtgggggtagatttagctcgtaagtctacatcttgctactgctcatgcatgtcccacctcctttttgttttcgCCCTTCTgtgatttcccggggatag
 5.80 G7137886@J926032_RC@j_at.-.chr19:3655443-3655593     agtgaaaacagtcactagaataaagtttgagtcttctttggccagtaagcccagttaaaatgataatgtttgaccctccagaaaaagaaggttacaatgaagattcctgtgtgggcttgtcaaattcTCATTCTgtatattttctttcag
 5.53 G7011234@J926633_RC@j_at.-.chr19:32492157-32492307   tatggttttccttcaaatggggcccttcttaaacaatgggcaatgttttattttgaccaaaagttagtttcttttacttaggtcagcttgctttctctcccaactttaatatatggtTATTTCCtagtgacttttctgtgtctttttaag
 4.65 G7125552@J927684_RC@j_at.-.chr2:23231650-23231800    agataacttttaaaatgcatttgaaatagagctggataaaaacttaacataagttcagtaatataaatgtcaacctgtcctgtgagatacaacttacctagaattaatttctacttttccccccTCTTTTTtgtttttgccaacataaag
 6.98 G7116657@J927635@j_at.+.chr2:30350047-30350197       tgtcgaagctataacctgtctaatggagctgcccctgtgctgttcccatgcgccgatcttcctggggaagtatgatggcagagtgaggctctagtagctgagacatgttcatatcagttactgaattctTCTTTCCatctgtttttgtag
 4.25 G7027452@J928484@j_at.+.chr2:72024286-72024436       tagtatgtaggttttgtgttagtcttactaaccgtgtagttagttcttagttgtaaatagcgtgctagttagctgtttatggagtgcatttgcttgactaacttctgaCCTTTTTtactaatgcttcatggttgccctacaaccatttag
 3.06 G7035205@J928611_RC@j_at.-.chr2:74709244-74709394    gtgtgctaacagtagattgattgtcttatagtataagctggtgtttcactgctaatggtggttttacatgttgtggaaattgatatcctttatcagttttctttgatcaaattgaaaaTCTTAACtatattttaaaactttttgccacag
 6.55 G7006030@J928689_RC@j_at.-.chr2:85513818-85513968    tgatgggctcccaagcttggttggtggtggcttgctttctgcactgcagtaaaaccacagaggacatctttggcgctggggattaacaattcttctgtcttctctgacctgtgatcttttctctTCTCTCTtctccgcccccctccctag
 5.84 G7023578@J928807_RC@j_at.-.chr2:92120099-92120249    catcttaaaagctgaaccccgggaacctgtgggataagcaggggctagatctagatgaagctgggcttgggcgtgactcaccaggctgtctctttctgtctCCTTTCTttcctcttgctaccatgttcctccctgctcacaaattggcag
 7.99 G7023578@J928812_RC@j_at.-.chr2:92125497-92125647    tcctcaaccctacccaaattaagatatcttggtatctcttagccaataatgctgtgtctgaaacggaatgagcatgggcggggtgattcctgtcctttgacaagtctgactttctgTCTTTCTctcctgcttgcattgcatctggggtag
 3.25 G7013508@J929323_RC@j_at.-.chr2:121490234-121490384  cccccccaaattgggaggatagtttaaatgtgtctaggatgaagggaaagatagtctgctacattccagatgtaaaaacaaacactagaagaaagaagcacaagtaagaatttcattaaatccataatgacaaactgtttttTCTTTCAg
 7.09 G7039426@J929833@j_at.+.chr2:153507617-153507767     caggctgctttgcacgcagcaaagtggaaggacaggccatggaaccaagacagtggtgctctgtgctcctagggaaggctgactctagctttccctgatctcctcctctgcatctccttgtTCCGTCTtctctgtctgtctctcacacag
 6.73 G7051170@J929944@j_at.+.chr2:156854574-156854724     ctcagaagaggccttttagctggggctagaccctcgtgctgaagcaggagtgtcagtcctccctcctcccatggatcttgctccatagatctcactgtgaagctctgaatctttgttcTCTTCCTcctctctccttcccccatgctgcag
 7.91 G7014264@J929997@j_at.+.chr2:158190691-158190841     gagaaaggaacggccttgacaggagctctggtctggtttaccatgtgtgtcctctgcttgtctgtctctctctctctctctctctctctctctctctctctctctcactcactgtCCTTTCTtgattctcaaacctctttcctttggcag
 3.07 G7029273@J930515_RC@j_at.-.chr2:171396087-171396237  ttaaaaaggtaagtattcccatgatgctttgtgggttgggagccatgagtgacacggcagtaactaattgtcacagtgtctggatatacagagaagacaagtgggTCTGTTTtaaaagcgaatctctaagctgtgtctgatgttgtccag
 6.12 G7016439@J930495@j_at.+.chr2:175578867-175579017     agaaaagcgacctaaggattaaccgggaggatggtacgcaggactgtcaggttttcttacctgactgtttaaagatgcagagactgtgtgggttttgtatgaaattgcagtgccttgcagataggtgagctttcaaTCTCTCTttaaaag
 7.60 G7074049@J931273@j_at.+.chr3:88948811-88948961       tatggctatcagatagacagactatctagatatccttttgggccacaaagagcactctgctcttaggcaaatagggggactggggtggccatatgggaagggcaggagccatagcctgaaCCTTCCTtttggttttatttctgctcccag
 5.96 G7027520@J931922_RC@j_at.-.chr3:104126342-104126492  cataacttcctacagtcccttccagctgtgatcctctggctgtgttatcttccaccgtctgctcatacagcacgcgttcccagggacatctatgctaactgtactggtttgttttcacgtagtcctaggctttttcTCTTCCTtcttcag
 6.23 G7045192@J932067_RC@j_at.-.chr3:108920869-108921019  atcatgagaaaatcagctcagtctagatccaaaagaaaaaacttctgctgaatcaggaccgggttcttgtagacagaaacctgagcctagctctattctacacagtaattcaagctttTCTCTCTttggctttgttttccttaactccag
 6.60 G7015108@J932346@j_at.+.chr3:137426947-137427097     ttgtctatgccaaaagccagcacttagacaaacattagttccccccccccacaccctcagttcctttgatcgtcactgacttgttctttagagttaagaaatcctcaactcattttctcattcattttgcacccCCTTTCTtctcttcag
 4.96 G7009086@J932579@j_at.+.chr3:158147529-158147679     ttgcaggtgtggaaatgtaaactttgctaggagaaccagctgtaacagatgtggtcgaggtgagcgctgacagataattctcttaatactgtatatgcagatCATTTCTttatttcccaggatttatatcgagttcttgtctgtttgcag
 2.99 G7106861@J933592@j_at.+.chr4:107132175-107132325     agctggtgcagccagtgaaggcctttgagaaagtgccgtaggcttttgctctgtacaccacctgcagttctttaaatgcttcctgtgaacatgtgcttgtgtgcttgtgtttgctgTATCTACtggttaattgtaatgattttgatccag
 4.67 G7094107@J933920_RC@j_at.-.chr4:115985276-115985426  agctgacccactctttctgtctgtgccccttcctcttgcccttcacctacagtcccttcagtgtcgaaccgcagaaccaggtgaccagaaagagggttcctgagctctgctCCTGTCCcattgttttcttttggtttgttttctctgcag
 4.76 G7072884@J934125_RC@j_at.-.chr4:123572136-123572286  ccagggccaaatcgagcctcttccccatcctagcctgcccgctccttcctctcccatcctgccctcagagcatcctgcatggaaggcctcagtgccccccctggctCCCGTCTggcccggccctaatgccgtgtgtcttttcccctccag
 5.16 G7117774@J935049_RC@j_at.-.chr4:144650354-144650504  gtagtttttgtatgctctaatttaattggtcctttgaatcactaaaaagaactaaacctcttcttgtccctagaaagtgttctgatttccatttattctcgaggcttatcccatgttcctttTCTCTCCtttaaatgctttcgtttgcag
 8.12 G7138057@J934892@j_at.+.chr4:145030849-145030999     caccaagtgcaagcttgtatgcaggtgaactgtgtcccagcagtcaagggggactttggtctctggggcccatgttcggctgctccttgaaagcacagtgtgaaggccctaacctcttggtCCTTTCTgccgtctgtcttgcctttccag
 5.84 G7153846@J939317_RC@j_at.-.chr6:94460013-94460163    ctgaccggacgaataaactctctttgccctatgttaacaaatgaagattttttctttcttgttatagggaatctaaatgttgaactttttctctttctctctttctcctTCTCTCTgactgttcttggtgctgggccctccctcctccag
 6.98 G7193738@J944098@j_at.+.chr8:24284936-24285086       gttccggtccccagctctcttgccttagctaaggcctggacagtgcagtgacctacgactcggctcgccctatggctcacctaactccctttctcctcctcctttctccacttggcTCTTCCTcctggcccttgtgggtggctgctgcag
 7.07 G7178708@J946283_RC@j_at.-.chr9:31283065-31283215    cacggtcagtttgtttatgggtatctcaggcatgtttttagtgaaaatgccttttggtcacattatagagaggaacttagaaggaaatcattttctttcttaatctccttttgtgctattttgtttttttattgttttCCTTTCTgctag
 2.89 G7201980@J946815@j_at.+.chr9:59178979-59179129       tgaaattggccctcttaccctattgtaacccaaaagggtcttcaacacacacagctttgataaagactgatagcattagaagcaggactctgagccagtaggtaagacctttggtatcttaggtggtaatggttCAATACTttttcacag
 5.58 G7206860@J946828@j_at.+.chr9:60180790-60180940       ctttctagagtaggtacctagagttatttggatgcacgagaaggtaggcaaatggaaagacagaagactgcatcataagtggtatggatgcctaatatacagccatgggggtcctaggctcatatatTCATCCTggtgtttccctgcaag
 6.61 G7183237@J947161_RC@j_at.-.chr9:72508462-72508612    cctttccagaactcagtacaagtagatcttgcagacctccacattaactttactaacaggttaccaacaagcacatcagctatttcctcgactctgttggagttaatcttaacctgtgctttgcctcctgtTCTGTCTtgactttgccag
 6.08 G7265051@J948464_RC@j_at.-.chrX:10671101-10671251    tgagatcagagtaatgtctgaaattgggtgggggggtcagcatgggggctgtgcttgtggattatctaaaggacccaactatggcttaatgacctgcttgctctaaaatcataacgtttgtcctttgtccatatgctgCCTTCCTcctag
5.3688 @ 72.34 sd 29.57 CTTTGCT
	a  0.003 0.003 0.097 0.136 0.003 0.060 0.003 
	c  0.839 0.155 0.098 0.003 0.155 0.724 0.098 
	g  0.060 0.003 0.155 0.098 0.838 0.212 0.003 
	t  0.098 0.838 0.649 0.763 0.003 0.003 0.896 
 5.05 G6865744@J908096@j_at.+.chr1:83629948-83630098       aaggattttcaaagcatttgagggatattatattgtactaaagcatacaatataatcctatctgacatttatttgtcttgtTTTTGCTttattttcgtatttctctgtttcctgattctgtcttgtgtcttctgcaaaaacctgccctag
 6.14 G6820594@J909190_RC@j_at.-.chr1:169393579-169393729  tcatgctactaaccaggctctgtggatgctgtttttgtcttacatttgatttggggggttgctttgcatgtcgttctcctCTTGGCTgttggttgcagggttgatccttttcctttctgtgattcaggtgcctcactctttcctttccag
 4.93 G6813886@J909757@j_at.+.chr10:17982545-17982695      tatgaagtgattatgggaattacaaactacagaattttgtcgatcctgcgaaatgcatcttgcagtgcagcctctgaatgacttgctaagtcttctccagtgcatctactgcatctcCCGTGCTgacgtgtctctcctctgtctgtccag
 7.76 G6829755@J909798@j_at.+.chr10:20217337-20217487      cagacagacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacaccacatacaCTTTGCTtttgttactgcagtaaaatctagaatttgcatgtaactaaatacctttgattgcattactaaaaactgtgttaatgttaatcag
 7.06 G6868962@J910360@j_at.+.chr10:70033515-70033665      ctgtttttattggcttctcttgctttgCTTTGCTctctaaatcagcttgccttgtgtgctcctactcagtccttctcatatcctgacactgttttccctgctgtccattataatattccttgtctctgcaatgcatcttgggaccaaaag
 6.22 G6860927@J912087@j_at.+.chr11:29704716-29704866      gttactatttcctacttcctttctgccttactagccatttctcttaaaatgtggttagctcattgtgaacttccCCTTGCTtagtctcttgctttcactcctccagcctgcttgtatttctgctgaggttgtattctgtttgtttttcag
 4.33 G6909490@J912863_RC@j_at.-.chr11:66344170-66344320   ccCTATGCTctccttgtcagtgtggtggggagagtgatttgaactgttcttgcattagttttattcatagtgtaatataacgatgcaatgtcatgttctgatttgtttgacttacagcaaatgaactgcaacttatctcttttactttag
 4.11 G6937358@J912962@j_at.+.chr11:71196576-71196726      agtgatctggggcaggctgtggagccttcactaatgagcgtgggctaggggagctgcagaccttacatagcatagctcatgttcCTAACCTttctcaccatctctcctgcttcctcctggccgcctttcttcctctgtggcccctcccag
 6.23 G6928027@J915031_RC@j_at.-.chr11:117189499-117189649 ctgccgtccctgtctggctgctctgctctggggagggtctgCTTGGCTtggggtggcccggccatttctaacctgttttttgcactttgcatctttcccctcctctatttccctcctccctctctgtgtgcactgcctgtcactccgtag
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