Improbizer Results

Improbizer will display the results in parts. First it will display the profiles (consensus sequences with the probability of each base at each position) individually as they are calculated. The position of a profile in a sequence is indicated by upper case. The strength of the profile match is indicated by the score on the left. There will be a delay during this phase as each profile is calculated. Second Improbizer will display all profiles at once over each sequence. Each profile has it's own color and the stronger the profile matches the darker it will appear in the sequence. Finally there will be a graphic summary of all the profiles at the end, using the same color conventions.

Looking for 2 motifs in 109 sequences. Longest sequence is 150 bases.

Settings are use location; don't include reverse complement; 1 occurrences per sequence; right align; restrain expansionist tendencies 6.000000; number of sequences in initial scan 1000; background model m2; background data bs.mm2.cassette.skip_0.up.fa;

5.4432 @ 126.44 sd 9.32 TGTCTTC
	a  0.049 0.204 0.031 0.022 0.076 0.031 0.122 
	c  0.012 0.221 0.340 0.525 0.003 0.351 0.718 
	g  0.003 0.572 0.003 0.003 0.022 0.003 0.021 
	t  0.936 0.003 0.626 0.451 0.899 0.615 0.139 
 5.01 G6834971@J907359_RC@j_at.-.chr1:24259490-24259640    ttatttttgatacagtgttttgctttgttaacattcttttagctacttttatcagaaatgcatgagtgtttgtttcttttctgatgtctctgggttttgatgactgcctTCTCTTCtttttcccttttccctttgcatctgcacatctag
 4.06 G6850160@J907675_RC@j_at.-.chr1:52778643-52778793    ccagaaagtggataatagtgatacaaataccacatacatgaccaagtattgggtagaaacttttatattcaggaataaaacttatagttggaataagcatatacaatatctgcgctataTATTTACaaactcttatttttttaaaaacag
 6.84 G6817930@J907925_RC@j_at.-.chr1:72293170-72293320    cagataatttgggatacattgcatataccatcattgcttgagcattccgtcaatttcactaccggtcacctgatgtacactgctttattttttcctttgttttttgcctctacttttctttTGCCTCCtctttgcttcgtaactcaatag
 7.60 G6865744@J908096@j_at.+.chr1:83629948-83630098       aaggattttcaaagcatttgagggatattatattgtactaaagcatacaatataatcctatctgacatttatttgtcttgtttttgctttattttcgtatttctctgtttcctgattctgtcttgTGTCTTCtgcaaaaacctgccctag
 7.74 G6845409@J908514_RC@j_at.-.chr1:120494641-120494791  aatcctagcactcagcaggcagagacctgtggatctttgtgagtttaagaccagttagggctacttagtgagatcctgtctcaaaaaggaaggaaaaaacatcataagacatagcctattgaagaTGCTTTCatattatttctcttccag
 6.40 G6819323@J908687@j_at.+.chr1:137044453-137044603     caggcagtgccaggccctctatcccagggacactactcagccgggtttcttcttttctctccttgttcctccatgtcccttctctcccctcccatctcttcctacctctcttctctgcctcTACCTCCcacccccccccccctcaaatag
 5.08 G6820698@J908972@j_at.+.chr1:165102109-165102259     atcaaaagttctctttcatgctaacgtcccctaatgaatgtattacgtgtttgtacttgtattgatgacttatagtttaaaggaagaaaaagacttggttgctctgctctaaccatagtgcgataacgaccaTGCTTTTtacttacgcag
 5.43 G6820594@J909190_RC@j_at.-.chr1:169393579-169393729  tcatgctactaaccaggctctgtggatgctgtttttgtcttacatttgatttggggggttgctttgcatgtcgttctcctcttggctgttggttgcagggttgatccttttcctttctgtgattcaggTGCCTCActctttcctttccag
 5.92 G6813886@J909757@j_at.+.chr10:17982545-17982695      tatgaagtgattatgggaattacaaactacagaattttgtcgatcctgcgaaatgcatcttgcagtgcagcctctgaatgacttgctaagtcttctccagtgcatctactgcatctcccgtgctgacgtgTCTCTCCtctgtctgtccag
 2.81 G6829755@J909798@j_at.+.chr10:20217337-20217487      cagacagacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacaccacatacactttgcttttgttactgcagtaaaatctagaatttgcatgtaactaaaTACCTTTgattgcattactaaaaactgtgttaatgttaatcag
 5.65 G6818160@J909922_RC@j_at.-.chr10:29328597-29328747   gtgcatcttgagagctccggcagtcgctttgttctgcttgctggatgtggagttttctccttaaccctccaccccatctgagagcgcacgggatccccattgttgtcactgtctTATTTTCtggacttttttttttttttttttttaaag
 6.03 G6836374@J910003@j_at.+.chr10:42610602-42610752      agtcaaggcttagcctgggcattgtgcttaataatgttacagtgtttgtatggtaaccatgtttgtcaccttatcagtgtgccagacatttccctccctttctgaatgtcttaatgttcttcaacttaggagtgactgtttTGCTTTCag
 5.12 G6868962@J910360@j_at.+.chr10:70033515-70033665      ctgtttttattggcttctcttgctttgctttgctctctaaatcagcttgccttgtgtgctcctactcagtccttctcatatcctgacactgttttccctgctgtccattataatattcctTGTCTCTgcaatgcatcttgggaccaaaag
 5.54 G6860927@J912087@j_at.+.chr11:29704716-29704866      gttactatttcctacttcctttctgccttactagccatttctcttaaaatgtggttagctcattgtgaacttccccttgcttagtctcttgctttcactcctccagcctgcttgtatttctgctgaggtTGTATTCtgtttgtttttcag
 4.60 G6891129@J912265@j_at.+.chr11:49591379-49591529      ttctacggtcctgacttatcttccttttcagtttttcctgctctctcctgattatgtgtaacttttcaaagaaaaaattaacatctttgttgttctaacttttttctgtcatgtttttcagagacttcttttttctTGTTTTTctatgag
 4.61 G6899511@J912281@j_at.+.chr11:50554203-50554353      gggaggactctcactgtaatagaaagtgtaaacaggagaggctcatccttgccttgggaggagggggtcacttgaatagagagagagcactggggacccagccctctgcttgagtctgagctcTGATTTCatccactctcactgaactag
 6.07 G6903939@J912580_RC@j_at.-.chr11:55237415-55237565   acatgcattaaaaagtaggttgtttgtttaaccatggtgctaagtgtgctctagcatttgggttcagttttcatttgtatcagttaattacatagaggggagaattgctccctgcagctttggctcctaactgcatgctttTGTTTTCag
 4.46 G6909490@J912863_RC@j_at.-.chr11:66344170-66344320   ccctatgctctccttgtcagtgtggtggggagagtgatttgaactgttcttgcattagttttattcatagtgtaatataacgatgcaatgtcatgttctgatttgtttgacttacagcaaatgaactgcaactTATCTCTtttactttag
 7.61 G6943938@J913182_RC@j_at.-.chr11:70558947-70559097   atgagacaccaaagtctgtgctgtcagccactaaatccttccagtaattagctttcattaatatttaaggggttggtgaaaattgagaaagagtccaaaaattaggaagaagtttgaggttgtaatgTGTCTTCtattttctctttgtag
 4.70 G6937358@J912962@j_at.+.chr11:71196576-71196726      agtgatctggggcaggctgtggagccttcactaatgagcgtgggctaggggagctgcagaccttacatagcatagctcatgttcctaacctttctcaccatctctccTGCTTCCtcctggccgcctttcttcctctgtggcccctcccag
 7.22 G6926528@J913333@j_at.+.chr11:78135993-78136143      aggaactggctggggaggcagatttccttgcatgctgtgtgttgagtgtgtggagatgtgtctgagcttgacgtgtgaaggcaagagcggcctgctgctgggtaattgctgctctgtcctattcttccctttgcTGCCTTCctggattag
 7.54 G6923307@J913923_RC@j_at.-.chr11:94720161-94720311   accagcgtccttagtattggaacaagtaggtattctgtttgtctagttgaatgagggggtccaggagccgttggctttgaatttccatgtgccaggttttctaccgagagagggtttctcccttgactgTATCTTCtgctgtccttggag
 4.12 G6928027@J915031_RC@j_at.-.chr11:117189499-117189649 ctgccgtccctgtctggctgctctgctctggggagggtctgcttggcttggggtggcccggccatttctaacctgttttttgcactttgcatctttcccctcctctattTCCCTCCtccctctctgtgtgcactgcctgtcactccgtag
 4.31 G6876366@J915273@j_at.+.chr12:3105957-3106107        atcccccttgagtgctgtgacctcgacgtgacccctgacctaccgctgaccccggtgtgaccccacaaccccaaggtgatccctgacctccccatgaccccagcaacctcgaagtcaccatgtaaTCCCACCatgaccctgacccaacag
 3.77 G6910999@J915678@j_at.+.chr12:65574335-65574485      taaacttaataaatgttatttttatattttttctttgaccctttaagtgcatcagagatatttccagatgtttttgtggccattgtttctttggcagatatttagaaaaaaggttataagttgagtatgtAATTTTCcatttctttgcag
 5.18 G6875109@J916256_RC@j_at.-.chr12:94625494-94625644   agagggttaggaaaggaatgcagaacgtggatagaagggctggctctctcaggctttgacatctggtttcctttcgtgtagttcttgtgagaagtgtgctgattctgttcccTCTCTTCagttgtccttgtttttgactttgtgctgcag
 6.32 G6909211@J916434@j_at.+.chr12:107324455-107324605    tagaaccttttggtggaatcaggttttaatcctgctcctgcttccctacccagtgaggcctttgtcatgctagttcagagtgctggtgtgaggatgctctctgctggtttgctttaatatgctctagactagaaggcTGTTTCCttccag
 4.45 G6861125@J916686_RC@j_at.-.chr13:9647286-9647436     ctaggtattttctctcttgttttaacacattaaatgtcttaaaaaatgtttataatgcctaacttgtgatggactttagtttcaattttgttcttagttattgaagatattgacaaaaTGTCATAcaaaattattttgtattttttgtag
 4.65 G6885622@J917196_RC@j_at.-.chr13:55052060-55052210   attctgattaggaaaccagggccatgttgtacaatgtgggggttcaaggatgccttgcaggtcactgtttagttctctgtcctgtgcttcaagtaatacatttggtttgggcaagtcttacttagtaAGTTTCCctatcattttttccag
 5.45 G6961633@J917826_RC@j_at.-.chr13:109044426-109044576 tctggtattggacgtcctaatggaggtaatgttctaaggaataatagaacgcatgatttttttcataacctttaggatgttttgattgctattcagtcattaagtgtaactatctttgaatttatattactttacTGTTATCaaataaag
 7.88 G6946480@J918038_RC@j_at.-.chr14:14227560-14227710   ggagtgcctcttttttactgtgcatacttccgccaggaatagtgtagatgtgtatgagtgggagatgctactgttaaactgcagtgtattgatgaagcaggttgagagtgaagacatttgaacttgattttcctTGTCTTCattttaaag
 5.34 G6963012@J918087_RC@j_at.-.chr14:15859037-15859187   cctcctcctctccctactctccctcctcctcctctccctcctctccctcgatgcagagcccgagctggtgcactaacctgcggtgtgtctgggcttctcttctcacctcctctctccccttcTCTTTCCctcttgctgtggtgtgtccag
 0.00 G6933241@J918246@j_at.+.chr14:26357294-26357444      tggtggctaaagccagggagctctttgggattggatggcattggtagccccctggactgtggctgttcacccttgtttctagttgcttcttagtaatggagctttggtgccagtcaggcccctaaggtatacaatgttgggttgtggcag
 5.15 G6924354@J919294_RC@j_at.-.chr14:94383434-94383584   tactcaggtggcttcagtttcactttagcaaaattgtatttcctattggcgctggaactcaggaaatgtcactgtgaacgcatcttctgcagatgatcctctgttccctttccttgttgaTATCTTTctttcttaaactttgttgctcag
 8.07 G6972175@J919743@j_at.+.chr15:42030844-42030994      tgaactaggaaaagatagcttggttaccattctcttctcccatttaaatctctccctttgcctcctctttctctcctgtcttttctttttatatacatattctcttctcaactgtcagtggaattatTGTCTTCctgtttccatattcag
 6.42 G7020186@J921131_RC@j_at.-.chr15:99654804-99654954   agtctgggtgtgagtgggccttggtattcatagtcccttctggtgtttacccagtagtgagtgaactccagccttgactttggcaaattccacgaatatgaagtctttacaaacagttgatggtaaggagtttgTGTTTCCtttgtctag
 4.89 G7138543@J921328@j_at.+.chr16:4369680-4369830        gctcttagccgtgcaacaacgtgggaagtggagtctgagatgagagcaaagactggagtggactcagggctgtgccaatgctgtagggaaagggagaaagtcccagccatgacctctcattggcctccctctctTATCTCActgctttag
 4.47 G7004322@J921471_RC@j_at.-.chr16:10613429-10613579   attggtttctgttcagggcggtgacttgcaagctcttaatttcttactcaaaagaggcctttaaaaaaagtcttctctcttcttccgtacaaaagtgtaatggaagaaaataagtaagtggagaaattgtttgTGTTTACtcttttttag
 3.27 G6990278@J921938@j_at.+.chr16:31634004-31634154      gaaaaatctacaggcgtgctttgtacactgtgtgtacctgtaatggtcttggaactgtctcttattgtagcaccaattctatgcatcactgacaactattttctttgatTATCTTTttattgcttgctctctggggactactctctacag
 4.33 G7187550@J923324_RC@j_at.-.chr17:29744295-29744445   gtctagactacacatcaaaaactgtttcaaaaagaaaataactgtaatcagtactgatggcctttggtggagagtttgggtggctgatagaatgtgtggttttgtgcgcatgctcctcttgctcacTAACTCCcactccttctctgacag
 6.72 G7003427@J924356@j_at.+.chr17:68413830-68413980      gagcattacgcttggtgtctaagatagcattgcatctgcgtaccagagacctgtcctgcacacaggtcttgtgtgtagaccacaggtcttcaaccgtagcgtgaatcccttggtaagtctcTATCTCCcgctctttctcgatgctggcag
 6.78 G7003427@J924363@j_at.+.chr17:68427560-68427710      ttcagcatatgcctttgaatcctcccataatcgttgtgcctcggtgttaactgtgggggtagatttagctcgtaagtctacatcttgctactgctcatgcatgtcccacctccttttTGTTTTCgcccttctgtgatttcccggggatag
 5.27 G6987676@J924493_RC@j_at.-.chr17:79123044-79123194   ggccaggctgagacctggctcagctgttatctattacggaaagctgtttcttatatttcttcctggattgtttgaatatagacatttctcttgtggtggtggttaaaatgatcctcattaagtgcccagacctcaTCTCATCatatgcag
 6.75 G6995877@J924815@j_at.+.chr18:24735867-24736017      aaaggagagagtcccaggaatagagttggttagttctaggcccttgtttcctttcattctgtaagaaattttggaatagttgtaaaagtctaggtccagtattctcagtgctgtatccaaggcacaccttactgactgtTATCTTCctag
 6.22 G7133634@J926017_RC@j_at.-.chr19:3469465-3469615     tggctttaccttagctctccctgcccggagctgctctcagggcctgacctgcatctgcaaggctccagctgactctggccctgccctgcttcctaacccaggcgctctgtctccccataacccgggcctctcgctgctttTGTCTCCtag
 5.94 G7137886@J926032_RC@j_at.-.chr19:3655443-3655593     agtgaaaacagtcactagaataaagtttgagtcttctttggccagtaagcccagttaaaatgataatgtttgaccctccagaaaaagaaggttacaatgaagattcctgtgtgggcttgtcaaattctcattctgtaTATTTTCtttcag
 5.86 G7145382@J926054_RC@j_at.-.chr19:4454637-4454787     ttgggggtttttgcctcagtgtgtcactgatcagtcgtccctttcaaagtctccgagttcttcatgcttgttattgagatttgagatgttttttggtaacattgtcttttttccatcctttttttTCTTTCCtaacctggtttcttccag
 2.71 G7077638@J925810@j_at.+.chr19:6534291-6534441        gctcaggaggtaaaagaaagtcctttctttcgttccctggactggcagatggtcttcttacagaaggtaaaaatctatccaggggtagatgggaatctcctccgctgccccTCCCTCAcccatgctgatgcccagccccgctctgtgcag
 4.35 G6981819@J926487@j_at.+.chr19:23370594-23370744      tttttgctttataaagtaagagggaagttaactggttaacttagctgcattctgcttccaagagagcatcatgcaggatttgtacattgttgaggagaaaggaaaagcctttgtgaatgtccttctcacgTCCCTTTttcttcctacaag
 5.96 G7011234@J926633_RC@j_at.-.chr19:32492157-32492307   tatggttttccttcaaatggggcccttcttaaacaatgggcaatgttttattttgaccaaaagttagtttcttttacttaggtcagcttgctttctctcccaactttaatatatggtTATTTCCtagtgacttttctgtgtctttttaag
 4.78 G7125552@J927684_RC@j_at.-.chr2:23231650-23231800    agataacttttaaaatgcatttgaaatagagctggataaaaacttaacataagttcagtaatataaatgtcaacctgtcctgtgagatacaacttacctagaattaatttctacttttcccccctctttttTGTTTTTgccaacataaag
 6.06 G7116657@J927635@j_at.+.chr2:30350047-30350197       tgtcgaagctataacctgtctaatggagctgcccctgtgctgttcccatgcgccgatcttcctggggaagtatgatggcagagtgaggctctagtagctgagacatgttcatatcagttactgaattctTCTTTCCatctgtttttgtag
 5.80 G7053597@J928548_RC@j_at.-.chr2:71554818-71554968    gagaaactcaaaggtggcttctttttagctgtgtgttattgagagaacctagaaccctgtaggcaggcagttgtgtgcagctgtgcaggcacctacactccacaggagtgtggcatagggttctcactcatcaggcttTCCCTTCcacag
 5.69 G7027452@J928484@j_at.+.chr2:72024286-72024436       tagtatgtaggttttgtgttagtcttactaaccgtgtagttagttcttagttgtaaatagcgtgctagttagctgtttatggagtgcatttgcttgactaacttctgaccttttttactaaTGCTTCAtggttgccctacaaccatttag
 4.74 G7035205@J928611_RC@j_at.-.chr2:74709244-74709394    gtgtgctaacagtagattgattgtcttatagtataagctggtgtttcactgctaatggtggttttacatgttgtggaaattgatatcctttatcagttttctttgatcaaattgaaaatcttaactaTATTTTAaaactttttgccacag
 6.21 G7006030@J928689_RC@j_at.-.chr2:85513818-85513968    tgatgggctcccaagcttggttggtggtggcttgctttctgcactgcagtaaaaccacagaggacatctttggcgctggggattaacaattcttctgtcttctctgacctgtgatctttTCTCTTCtctcttctccgcccccctccctag
 5.09 G7023578@J928807_RC@j_at.-.chr2:92120099-92120249    catcttaaaagctgaaccccgggaacctgtgggataagcaggggctagatctagatgaagctgggcttgggcgtgactcaccaggctgtctctttctgtctcctttctttcctctTGCTACCatgttcctccctgctcacaaattggcag
 5.60 G7023578@J928812_RC@j_at.-.chr2:92125497-92125647    tcctcaaccctacccaaattaagatatcttggtatctcttagccaataatgctgtgtctgaaacggaatgagcatgggcggggtgattcctgtcctttgacaagtctgactttctgtcttTCTCTCCtgcttgcattgcatctggggtag
 4.94 G7039426@J929833@j_at.+.chr2:153507617-153507767     caggctgctttgcacgcagcaaagtggaaggacaggccatggaaccaagacagtggtgctctgtgctcctagggaaggctgactctagctttccctgatctcctcctctgcatctccttgttcCGTCTTCtctgtctgtctctcacacag
 6.24 G7051170@J929944@j_at.+.chr2:156854574-156854724     ctcagaagaggccttttagctggggctagaccctcgtgctgaagcaggagtgtcagtcctccctcctcccatggatcttgctccatagatctcactgtgaagctctgaatctttgtTCTCTTCctcctctctccttcccccatgctgcag
 3.84 G7029273@J930515_RC@j_at.-.chr2:171396087-171396237  ttaaaaaggtaagtattcccatgatgctttgtgggttgggagccatgagtgacacggcagtaactaattgtcacagtgtctggatatacagagaagacaagtgggtctgttttaaaagcgaatctctaagctgtgtctgaTGTTGTCcag
 4.34 G7016439@J930495@j_at.+.chr2:175578867-175579017     agaaaagcgacctaaggattaaccgggaggatggtacgcaggactgtcaggttttcttacctgactgtttaaagatgcagagactgtgtgggttttgtatgaaattgcagtgccttgcagataggtgAGCTTTCaatctctctttaaaag
 4.46 G7011056@J930591@j_at.+.chr2:179303490-179303640     gcttatgggtactagccctttagttagtctgtgcacatgtggtccaccgctcttctgcattcttttggggcatctctttttgtcttcggggtcctaatcctgccctgagctgctttgtgagttgtgtgTGCCACCctaccccctttgcag
 7.54 G7011056@J930594@j_at.+.chr2:179310328-179310478     aaggactgcatcatgagaccctttttattaataaaaagaaaagaaaaaggctatggtgaggggtgtgttctctgccacttgtgggcgttgctaatgcgactcccacacctgctctttctctgtaacTGCCTTCgtgcctactgggtcaag
 6.20 G7027520@J931922_RC@j_at.-.chr3:104126342-104126492  cataacttcctacagtcccttccagctgtgatcctctggctgtgttatcttccaccgtctgctcatacagcacgcgttcccagggacatctatgctaactgtactggtttgttttcacgtagtcctaggcttttTCTCTTCcttcttcag
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 4.62 G7099206@J936094@j_at.+.chr5:64656836-64656986       aataatatcataaaagtgtgtcatgtaatttatcttgggataccattttcttcaaggtatattttacctttatatgttgggttttttgtttgtttgtttgttttctgtcctccttattacttaaaaactcaagtgTGCTTTAtattctag
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Graphical Summary of Profile Hits
Colors represent different profiles. Darker colors represent
stronger matches to profile.