Improbizer Results

Improbizer will display the results in parts. First it will display the profiles (consensus sequences with the probability of each base at each position) individually as they are calculated. The position of a profile in a sequence is indicated by upper case. The strength of the profile match is indicated by the score on the left. There will be a delay during this phase as each profile is calculated. Second Improbizer will display all profiles at once over each sequence. Each profile has it's own color and the stronger the profile matches the darker it will appear in the sequence. Finally there will be a graphic summary of all the profiles at the end, using the same color conventions.

Looking for 4 motifs in 43 sequences. Longest sequence is 150 bases.

Settings are use location; don't include reverse complement; 1 occurrences per sequence; right align; restrain expansionist tendencies 6.000000; number of sequences in initial scan 1000; background model m2; background data bs.mm2.cassette.inc_0.up.fa;

5.2257 @ 53.72 sd 22.71 ATAGCCA
	a  0.646 0.119 0.815 0.003 0.092 0.163 0.827 
	c  0.118 0.119 0.050 0.392 0.698 0.786 0.003 
	g  0.073 0.352 0.115 0.601 0.160 0.026 0.166 
	t  0.163 0.410 0.021 0.003 0.049 0.025 0.003 
 6.14 G6872891@J907741@j_at.+.chr1:60594009-60594159       tcttataagtgagagtctagaaaaaattgagtatgattcttttcataaaACACCCAgaaacatttgtgagagatactgccagtacttgacctgttcttcccattgatttaaataaacgctgttttcctctgttctttgcctgtactgcag
 6.94 G6879570@J910939_RC@j_at.-.chr10:81181335-81181485   ctgagagtccctacattaaagtggtaagtgacacttgggttgctgcagggcgggccattggcggagcAGACCCAtccttagaagccttgtggggctggcggcagtagccgggcaccaagctcaagcatcagtatagggcactctctgcag
 7.29 G6849168@J911119_RC@j_at.-.chr10:91329316-91329466   gaactcatctttctacctagttgtggctggtggctaaagctgcatactagtgatagtactATACCAAaaggaaatagtttttttttttccttcccctcgacttccttagtctctgaagaaataattgatcttttttcttcaatcaaacag
 3.11 G6882959@J912548@j_at.+.chr11:60308581-60308731      tgacgctgccaaccttggagaaatgaagtcaaggatcccagtgtgctctcagatggatgtgtctggggggtgggggagagggcCTGGCCAgcgtgctgcatttagaactgattgtgtgtgtgtcttattttttgctctttcctctgacag
 4.62 G6937358@J912959@j_at.+.chr11:71195757-71195907      agggtgcgctcatgtggcagcctagggagtaagagatatagggactttgccaggttatctgcataggggtggggcaAGCCCCAaatcaggcacctcatcccctccctgtgccaccacgacccgccccggcaccctgtgctccctccacag
 3.91 G6883077@J913624@j_at.+.chr11:86001886-86002036      tgggtgctggggattgagctccatttgccAGACTCAtgttggaagcatctttatcttacagattgaacgtctcaacagcccacaggacttaaaataaaatttttgtttatttgatgttagtgttttgaaatagggtcttctgtaccacag
 6.48 G6931276@J913814@j_at.+.chr11:95752018-95752168      acggctaggctttccctcaggaaagctgtgaagggttgACACCCAcaccccctccacgtgccaggcatgagtggtgagggctgggttactgtaggtagggtcatgttagaggcatgggggcccacgtaagagggcttttgcctgctgcag
 3.58 G6917162@J914007_RC@j_at.-.chr11:98021017-98021167   aagaaaggtcatcttgtgatatgtgcattaatcctgagaaaccattagactcTAAGGCActgtattttaagcatggttaatttaatacaactgagatcttactcagcaaaaatggctgaaaactctttttttactgttctacacttcaag
 4.61 G6934608@J914484_RC@j_at.-.chr11:104713398-104713548 aagagatagaaaatcaattcaaataagctTGAGCAAaagaatatatcggctctaagcagtagtctggactggcctcaaggactttaacttggttgtcgggtctgtgtttccaagtgtgtatctgatgtgtgtggcctttgctttctgtag
 5.46 G6925246@J915027_RC@j_at.-.chr11:117085896-117086046 cagtctgtagcgggaggccgagactgcacgcACACGCGcgcacaccacacacacacacacacacacaagcacgctaaccctaacagtgatgagagcgtgtagcgcagtctgcagcgctgggctgagatatttttcttttctctcctgtag
 7.92 G6811641@J915383_RC@j_at.-.chr12:16664409-16664559   ccttttgctggtgctgggtgacagccaaacgtttccatttcttagagtcgttgtgctgAGAGCCAcaagcagtggtagaacatttcgtttaactgactgtgacattttccccccctttctttttgctgtgtgtccgtccggtgcctccag
 1.14 G6864761@J916227@j_at.+.chr12:100061897-100062047    aattatttaatctcaaaaagcccctttagaagagactctgaactattttacttcctctttatagttttgaaaactttataaattaaagcgttaATTGGCAgataatctaaatttcattttggagaataaagcttttttttttaaaaacag
 5.33 G6909211@J916431@j_at.+.chr12:107302119-107302269    acttcttactcccctctgtccttgcacctcaagacctagggtcctcctccctgcgctggAGAGACAtcctgaggctttcctctggggaggatctgataatcatgaggtgctctttatccaatggtgtcttgtctctttctcatcccctag
 4.64 G6949158@J918471_RC@j_at.-.chr14:37418272-37418422   gacagaagcctagaggtgcgctccttgtgggctaggcttaatcagcctatttggaatgtggttcttaacgaTTGGCCActgcaacactgaaggccatttgtaactatcagccttgcctttacaccgcgtattgtttgtttttcttcacag
 2.48 G6912708@J918654_RC@j_at.-.chr14:43771742-43771892   ttcatcctctcctgtcttgttttttgtccctctttctgtatttggtgtctgttggtctctctTTACCTAcctttttgtgtccgtctctccatttgctgtctgtctctgtccgtgtgtgtctgtgtgtgtctgtgtgtcgtgtctctccag
 6.35 G6898830@J919225@j_at.+.chr14:70572675-70572825      attaagatgtgaaatgcATACCCAattttatacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacatatatatggatcataatgtattttagtattttctaggagacttcatgttgaaacactgttctttcttgtatggtag
 4.99 G6937960@J920661_RC@j_at.-.chr15:84170695-84170845   ccacatgtctgactaaaataatcttccatcaacacccttctcctctcatcggaagaGGAGCCGctataaccctagagatactgtcttcctcagcagggcctttagtgggcccccagctgtggtccctgaaagctctctttctccccatag
 5.33 G6999901@J920844_RC@j_at.-.chr15:91798203-91798353   acccccctccaccgccccaagaaataaatttagagctttcagatcagattggctgttgaggtttttaaatgtAGACACAttaaaaatagttaaaataaaaataaaataaataaataaataaaaaataattaaaattttttcctgttgtag
 7.73 G7022739@J920930@j_at.+.chr15:101419110-101419260    ggggaaaggatggggggggcgggtctgcgaggcacaagcttccttgtcggtAGAGCCGgggaggggccggtgtgtgtgcatgtgagtgaccacggtaggcgattcaaaccgggataacaccacgttctgtcctccactttaatggggcag
 6.45 G7138543@J921334@j_at.+.chr16:4379884-4380034        tgatgcagaattttggttgtgttaagtctaccatagttttagagttcctgggtgtgcttggaggcagAAAGCCAgagcctgtctcaccctgctggtccccacgccatgtggaggtagaagttgtaaaacatgtgatttttattttgacag
 6.28 G7003688@J922441@j_at.+.chr16:95331116-95331266      tacttagactggagatcaaccaggctcctgaggaaaaggaacaaactcAGAGCAAtccaatgagaaagcccgagatgagttccgaaaccacaaaccatacatactttcaccttttaccagataaaaatcagaataattttcttcttttag
 5.40 G6980115@J924138@j_at.+.chr17:55758391-55758541      ggagggtgaagcctgggttcccccggtcctgagcaatgtaacctctactgTTAGCAAagtgagtctttacaagacctgagaagagcccagggtgtatgtctctatgggtggggctgggaacagaactctaagccttggctgcccacttag
 5.63 G6979996@J924335_RC@j_at.-.chr17:63406157-63406307   tttgttatctatttacttatgttttattttttaattgaatgagcacctgactcaacGTAGGCAtcagcagtcctacctagcccataatgactccatctgacaaaaataacttagtgtatgatggtagtttatgtctgttctgatttgcag
 5.65 G6946572@J924535_RC@j_at.-.chr17:84385782-84385932   caatgatatgcccagaattatgtaagataAAAGCCAtcttgcttttgaaccccctctgagtacctgagattcccattaagttcatttactcatttgcaaattattttattttgtttgttttctgttttgttttgttttgttttgttttag
 5.74 G6995328@J926515@j_at.+.chr19:26965931-26966081      gctggcgaaggatctgcctggcttccaCTACCCAgtgtgcctgtgtacctgaccactgagccccaggtgttgcacttccaggcagcacgggagcagcaactttgcactgaccagtttggaggctcttttgagactgtatgtcatcaacag
 2.96 G6995328@J926518@j_at.+.chr19:26976216-26976366      tcagatatgtccactttaccagttaattccgcagtgggttgtctttattacctggaattaaaataacctttcagcattacttctctggaCTACACAgtcagcaactcaggaaccttggccttaaccgggttcttggtttttataatccag
 3.23 G7055471@J926782_RC@j_at.-.chr19:40026648-40026798   atagaagttgtgtccgtaagtccctttgacagtgatctttaatgtctcttccttgtTCACCGAtgccttcctccttagttgcttatgtggccattttccgttaagctggaccagatgattcactgcctgttttatgcaatttcatggcag
 5.47 G7055471@J926807_RC@j_at.-.chr19:40101047-40101197   atttttaaggactgcatccacggctctcttcattgttcttgtggcGTAGGCAgtttcctcctattgtccccacacagttcctcgacttgcctgagcggctcccaaatgttgtttctggatgcaccgtttaccctcttgtgtttccaacag
 5.50 G7004866@J926970@j_at.+.chr19:47553801-47553951      tctttcccaccaactaatgcttctgctgatgcatggtgaaaggaatctttttaacagctttagtcttgatctgtagctttctgctcACACGCAcacgctttctgtggaggaagtgtcattccccaccgcccgcgtgcttgtgtactgtag
 4.89 G7037819@J927031@j_at.+.chr19:53205674-53205824      agttaaggtaacagtacttacatctcagggttattatgagattcagtgatgaaagcatactcctcccttaattaaATAGTCAtagcataggagctcaagaaaagttgggtattctgaaaacattcccctcttgttatatttttattccag
 1.79 G6970069@J928301_RC@j_at.-.chr2:53691167-53691317    ggccttattcttttttaaaaaataattaaagtttATGCAAAttttaaatgatgtaacattttttgtgggctcttattttcttgttgctctagatctcagttctatagattttaaatagatttttatttgatttgattccattgaaactag
 4.31 G7027488@J928846_RC@j_at.-.chr2:92400686-92400836    gaagaggaAAAGCCAgtctgaaatgtgtttccttctccaaaaagacagctcaggtgcccagctatctctcccctccgggggtgcaggtgcgctgtttgaattctttaatcactcacataaattaaagcttattcctttgcatttacaaag
 5.47 G7016231@J930644@j_at.+.chr2:179852551-179852701     aaaaaaacccctagtttatatacctagggacgacattttaAGAGGCGattttgtgtcgtgctctttggggagagaattagggactcattcgtttaggctccaacttgtgttatatggctggattaaagacttgtttttccttgtgtctag
 3.93 G7050388@J932165@j_at.+.chr3:127324379-127324529     aaattgctatttaatgtagaagggatgggtgcaaatgtatTGGGCCGggggctagttttctctgcatatctcgtaagtgttaagggataaagcctatttaagaaaacttccttttatgccaggtggcttaaatggggcttctcttaatag
 5.89 G7054825@J932224@j_at.+.chr3:132065607-132065757     ttagccctcattgccatgattttgttctaagtcattagcatgCTAGCCGtctacattcatctcttgtcttactgttctcttgactctgatgtgtaattacaggttccagggtggggaagtgtttgtatataaatgtttgctttttcctag
 6.76 G7052903@J932422_RC@j_at.-.chr3:139486768-139486918  tgatttctcaacaagacattccgtcaccccgcttgagtttattttcaatttattaaatgaagaATAGCAAaccgtgttatgttttgtatttgaaattgcaaggtacatttcctttttattttatttttaatttaactctttgttttacag
 3.42 G7102920@J935010_RC@j_at.-.chr4:143261858-143262008  cATGGCCAggatctgtccctctcctccttgtttgtttgtccctgtgctggctcctttccgtctctgcttggcaggggttggattcttatcatggctccaagagtctgctgtgccctttaccctctgtactctttcgtttcaatttctcag
 7.67 G7114952@J937288@j_at.+.chr5:123699415-123699565     aacccagcacttgggaggcagagacaggcggatctctgtgagttggaggccagcctggtctacagagtgaggttcagaATAGCCAgggctattaaacaaccctctcttgaacccacccccccatctcaccccccaaaaaatactgtgcag
 4.72 G7155252@J939659_RC@j_at.-.chr6:120577310-120577460  aatatatgcctttgaaaattgagttaggggaacagctttgattattttatgtaagttattgttatttcagaggtcactgtggctcagaatcagataatatgaAGACCCGagttggcacatgagtgaaaaacaataacaatgtcgtgacag
 6.82 G7151520@J941822_RC@j_at.-.chr7:68631168-68631318    taagaagatgacgaaaagcctgctttgtgtggagttaccttcgctgttccgtactgtccaaggccactctgctcccAAAGCCActcctcctgggcgagccagggctagggatgtggaagaagaggtcatcctgcttttctctcctaccag
 6.25 G7240091@J945309_RC@j_at.-.chr8:104324864-104325014  aagcgtcatgccttgaggcAGAGCCAggtttttattttagtgttcctagacttttggggttagttgtgttttgaagagttcttgtggcgaagatttatttttgtggaaaactagcctcatctctctgactttcacttctctgggatgtag
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 6.77 G7224708@J948118@j_at.+.chr9:119301624-119301774     tatagatagatttagttatatatctaaaaagagctccaaagtttcatttcagtactatgaaatATACCAAacaccttgctttttatttttaaaacaactctgactcctttagttcctgatcttttttataaacttttcttttccttatag
4.8629 @ 36.56 sd 26.14 AAGAGAT
	a  0.498 0.874 0.215 0.568 0.051 0.758 0.003 
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 6.43 G6879570@J910939_RC@j_at.-.chr10:81181335-81181485   ctgagagtccctacattaaagtggtAAGTGACacttgggttgctgcagggcgggccattggcggagcagacccatccttagaagccttgtggggctggcggcagtagccgggcaccaagctcaagcatcagtatagggcactctctgcag
 6.60 G6849168@J911119_RC@j_at.-.chr10:91329316-91329466   gaactcatctttctacctagttgtggctggtggctaaagctgcatacTAGTGATagtactataccaaaaggaaatagtttttttttttccttcccctcgacttccttagtctctgaagaaataattgatcttttttcttcaatcaaacag
 5.82 G6882959@J912548@j_at.+.chr11:60308581-60308731      tgacgctgccaaccttggagaaatgaagtCAAGGATcccagtgtgctctcagatggatgtgtctggggggtgggggagagggcctggccagcgtgctgcatttagaactgattgtgtgtgtgtcttattttttgctctttcctctgacag
 8.18 G6937358@J912959@j_at.+.chr11:71195757-71195907      agggtgcgctcatgtggcagcctagggagtAAGAGATatagggactttgccaggttatctgcataggggtggggcaagccccaaatcaggcacctcatcccctccctgtgccaccacgacccgccccggcaccctgtgctccctccacag
 3.69 G6883077@J913624@j_at.+.chr11:86001886-86002036      tgggtgctggggattgagctccatttgccagactcatgttggaagcatctttatctTACAGATtgaacgtctcaacagcccacaggacttaaaataaaatttttgtttatttgatgttagtgttttgaaatagggtcttctgtaccacag
 5.32 G6931276@J913814@j_at.+.chr11:95752018-95752168      acggctaggctttccctcaggaaagctgtgAAGGGTTgacacccacaccccctccacgtgccaggcatgagtggtgagggctgggttactgtaggtagggtcatgttagaggcatgggggcccacgtaagagggcttttgcctgctgcag
 2.98 G6917162@J914007_RC@j_at.-.chr11:98021017-98021167   aagaaaggtcatcttgtgatatgtgcattaatcctgagaaaccatTAGACTCtaaggcactgtattttaagcatggttaatttaatacaactgagatcttactcagcaaaaatggctgaaaactctttttttactgttctacacttcaag
 7.10 G6934608@J914484_RC@j_at.-.chr11:104713398-104713548 AAGAGATagaaaatcaattcaaataagcttgagcaaaagaatatatcggctctaagcagtagtctggactggcctcaaggactttaacttggttgtcgggtctgtgtttccaagtgtgtatctgatgtgtgtggcctttgctttctgtag
 5.28 G6925246@J915027_RC@j_at.-.chr11:117085896-117086046 cagtctgtagcgggaggCCGAGACtgcacgcacacgcgcgcacaccacacacacacacacacacacaagcacgctaaccctaacagtgatgagagcgtgtagcgcagtctgcagcgctgggctgagatatttttcttttctctcctgtag
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 7.01 G6864761@J916227@j_at.+.chr12:100061897-100062047    aattatttaatctcaaaaagcccctttagAAGAGACtctgaactattttacttcctctttatagttttgaaaactttataaattaaagcgttaattggcagataatctaaatttcattttggagaataaagcttttttttttaaaaacag
 3.86 G6909211@J916431@j_at.+.chr12:107302119-107302269    acttcttactcccctctgtccttgcacctcAAGACCTagggtcctcctccctgcgctggagagacatcctgaggctttcctctggggaggatctgataatcatgaggtgctctttatccaatggtgtcttgtctctttctcatcccctag
 3.92 G6949158@J918471_RC@j_at.-.chr14:37418272-37418422   gacagaagccTAGAGGTgcgctccttgtgggctaggcttaatcagcctatttggaatgtggttcttaacgattggccactgcaacactgaaggccatttgtaactatcagccttgcctttacaccgcgtattgtttgtttttcttcacag
 0.00 G6912708@J918654_RC@j_at.-.chr14:43771742-43771892   ttcatcctctcctgtcttgttttttgtccctctttctgtatttggtgtctgttggtctctctttacctacctttttgtgtccgtctctccatttgctgtctgtctctgtccgtgtgtgtctgtgtgtgtctgtgtgtcgtgtctctccag
 2.10 G6898830@J919225@j_at.+.chr14:70572675-70572825      attAAGATGTgaaatgcatacccaattttatacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacatatatatggatcataatgtattttagtattttctaggagacttcatgttgaaacactgttctttcttgtatggtag
 6.42 G6937960@J920661_RC@j_at.-.chr15:84170695-84170845   ccacatgtctgactaaaataatcttccatcaacacccttctcctctcatcggaagaggagccgctataacccTAGAGATactgtcttcctcagcagggcctttagtgggcccccagctgtggtccctgaaagctctctttctccccatag
 5.34 G6999901@J920844_RC@j_at.-.chr15:91798203-91798353   acccccctccaccgccccAAGAAATaaatttagagctttcagatcagattggctgttgaggtttttaaatgtagacacattaaaaatagttaaaataaaaataaaataaataaataaataaaaaataattaaaattttttcctgttgtag
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