Improbizer Results

Improbizer will display the results in parts. First it will display the profiles (consensus sequences with the probability of each base at each position) individually as they are calculated. The position of a profile in a sequence is indicated by upper case. The strength of the profile match is indicated by the score on the left. There will be a delay during this phase as each profile is calculated. Second Improbizer will display all profiles at once over each sequence. Each profile has it's own color and the stronger the profile matches the darker it will appear in the sequence. Finally there will be a graphic summary of all the profiles at the end, using the same color conventions.

Looking for 2 motifs in 80 sequences. Longest sequence is 150 bases.

Settings are use location; don't include reverse complement; 1 occurrences per sequence; right align; restrain expansionist tendencies 6.000000; number of sequences in initial scan 1000; background model m2; background data bs.ms.mm2.cassette.skip_1.up.fa;

5.5444 @ 126.99 sd 10.82 TCTCTTC
	a  0.003 0.103 0.003 0.003 0.028 0.127 0.116 
	c  0.003 0.506 0.214 0.990 0.026 0.066 0.555 
	g  0.078 0.115 0.003 0.003 0.003 0.329 0.027 
	t  0.916 0.276 0.779 0.003 0.942 0.477 0.303 
 6.86 G6834971@J907359_RC@j_at.-.chr1:24259490-24259640    ttatttttgatacagtgttttgctttgttaacattcttttagctacttttatcagaaatgcatgagtgtttgtttcttttctgatgtctctgggttttgatgactgcctTCTCTTCtttttcccttttccctttgcatctgcacatctag
 5.01 G6850160@J907675_RC@j_at.-.chr1:52778643-52778793    ccagaaagtggataatagtgatacaaataccacatacatgaccaagtattgggtagaaacttttatattcaggaataaaacttatagttggaataagcatatacaaTATCTGCgctatatatttacaaactcttatttttttaaaaacag
 6.43 G6865744@J908096@j_at.+.chr1:83629948-83630098       aaggattttcaaagcatttgagggatattatattgtactaaagcatacaatataatcctatctgacatttatttgtcttgtttttgctttattttcgtatttctctgtttcctgattctgtcttgTGTCTTCtgcaaaaacctgccctag
 6.51 G6819323@J908687@j_at.+.chr1:137044453-137044603     caggcagtgccaggccctctatcccagggacactactcagccgggtttcttcttttctctccttgttcctccatgtcccttctctcccctcccatctcttcctacctctctTCTCTGCctctacctcccacccccccccccctcaaatag
 2.53 G6820698@J908972@j_at.+.chr1:165102109-165102259     atcaaaagttctctttcatgctaacgtcccctaatgaatgtattacgtgtttgtacttgtattgatgacttatagtttaaaggaagaaaaagacttggttGCTCTGCtctaaccatagtgcgataacgaccatgctttttacttacgcag
 4.85 G6820594@J909190_RC@j_at.-.chr1:169393579-169393729  tcatgctactaaccaggctctgtggatgctgtttttgtcttacatttgatttggggggttgctttgcatgtcgttctcctcttggctgttggttgcagggttgatccttttccTTTCTGTgattcaggtgcctcactctttcctttccag
 6.08 G6838319@J909406@j_at.+.chr1:186494706-186494856     cacatttcctattacagcacctgtgggtagacagtaaaatgaccggggagtatggacgttctgtttagttcttagctcctcagagagttaagggtaagaatcccgttgaagcatgttaatgagttTCTCTGTgaaatgtttttgttttag
 5.75 G6813886@J909757@j_at.+.chr10:17982545-17982695      tatgaagtgattatgggaattacaaactacagaattttgtcgatcctgcgaaatgcatcttgcagtgcagcctctgaatgacttgctaagtcttctccagtgcatctactgcatctcccgtgctgacgtgTCTCTCCtctgtctgtccag
 3.30 G6829755@J909798@j_at.+.chr10:20217337-20217487      cagacagacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacaccacatacactttgcttttgttactgcagtaaaatctagaatttgcatgtaactaaaTACCTTTgattgcattactaaaaactgtgttaatgttaatcag
 7.30 G6868962@J910360@j_at.+.chr10:70033515-70033665      ctgtttttattggcttctcttgctttgctttgctctctaaatcagcttgccttgtgtgctcctactcagtccttctcatatcctgacactgttttccctgctgtccattataatattccttgTCTCTGCaatgcatcttgggaccaaaag
 6.41 G6860927@J912087@j_at.+.chr11:29704716-29704866      gttactatttcctacttcctttctgccttactagccatttctcttaaaatgtggttagctcattgtgaacttccccttgcttagtctcttgctttcactcctccagcctgcttgtaTTTCTGCtgaggttgtattctgtttgtttttcag
 4.84 G6891129@J912265@j_at.+.chr11:49591379-49591529      ttctacggtcctgacttatcttccttttcagtttttcctgctctctcctgattatgtgtaacttttcaaagaaaaaattaacatctttgttgttctaacttttttctgtcatgtttttcagagacttcttttttcttgttTTTCTATgag
 5.05 G6899511@J912281@j_at.+.chr11:50554203-50554353      gggaggactctcactgtaatagaaagtgtaaacaggagaggctcatccttgccttgggaggagggggtcacttgaatagagagagagcactggggacccagccctctgcttgagtctgagctctgaTTTCATCcactctcactgaactag
 6.76 G6909490@J912863_RC@j_at.-.chr11:66344170-66344320   ccctatgctctccttgtcagtgtggtggggagagtgatttgaactgttcttgcattagttttattcatagtgtaatataacgatgcaatgtcatgttctgatttgtttgacttacagcaaatgaactgcaacttaTCTCTTTtactttag
 7.47 G6937358@J912962@j_at.+.chr11:71196576-71196726      agtgatctggggcaggctgtggagccttcactaatgagcgtgggctaggggagctgcagaccttacatagcatagctcatgttcctaacctttctcaccatctctcctgcttcctcctggccgccTTTCTTCctctgtggcccctcccag
 5.76 G6928027@J915031_RC@j_at.-.chr11:117189499-117189649 ctgccgtccctgtctggctgctctgctctggggagggtctgcttggcttggggtggcccggccatttctaacctgttttttgcactttgcatctttcccctcctctatttccctcctcccTCTCTGTgtgcactgcctgtcactccgtag
 5.97 G6928027@J915034_RC@j_at.-.chr11:117193849-117193999 gaggcgttaaggggcatgctcgatgttgggtgggcgggcgggcgagcgagggtgggcacgggcgggcggggcaggtggagggccgctgctgttctctctcactcactccctaggtcttcctctctccTCTCTGTgtggctctggtgacag
 5.61 G6910999@J915678@j_at.+.chr12:65574335-65574485      taaacttaataaatgttatttttatattttttctttgaccctttaagtgcatcagagatatttccagatgtttttgtggccattgtttctttggcagatatttagaaaaaaggttataagttgagtatgtaattttccaTTTCTTTgcag
 6.00 G6909211@J916434@j_at.+.chr12:107324455-107324605    tagaaccttttggtggaatcaggttttaatcctgctcctgcttccctacccagtgaggcctttgtcatgctagttcagagtgctggtgtgaggatgctctctgctggtttgctttaatatgctctagactagaaggctgtTTCCTTCcag
 6.92 G6884091@J917174_RC@j_at.-.chr13:54994530-54994680   accagccctcggctgctcctggccatcccctgccagagctctcttctgtcccttcctcctttccttccctccatcctccctgcctcccttccatctctccttccttccacttcctcctcctcctcctctctctcttTCTCTGCccctcag
 5.73 G6885622@J917196_RC@j_at.-.chr13:55052060-55052210   attctgattaggaaaccagggccatgttgtacaatgtgggggttcaaggatgccttgcaggtcactgtttagttctctgtcctgtgcttcaagtaatacatttggtttgggcaagtcttacttagtaagttTCCCTATcattttttccag
 5.46 G6872544@J917571@j_at.+.chr13:93965336-93965486      ataggtgcgtggagtcagcacttgctgctgtgcctgcttcatacagtgcttgttttctcttctttatcttgtgtttgcaagttggtactgaatgctctgttgtgcctttgttctgattccttggttttTTTCTTTgtctgtctctggtag
 6.94 G6946480@J918038_RC@j_at.-.chr14:14227560-14227710   ggagtgcctcttttttactgtgcatacttccgccaggaatagtgtagatgtgtatgagtgggagatgctactgttaaactgcagtgtattgatgaagcaggttgagagtgaagacatttgaacttgattttcctTGTCTTCattttaaag
 0.00 G6933241@J918246@j_at.+.chr14:26357294-26357444      tggtggctaaagccagggagctctttgggattggatggcattggtagccccctggactgtggctgttcacccttgtttctagttgcttcttagtaatggagctttggtgccagtcaggcccctaaggtatacaatgttgggttgtggcag
 6.00 G6924354@J919294_RC@j_at.-.chr14:94383434-94383584   tactcaggtggcttcagtttcactttagcaaaattgtatttcctattggcgctggaactcaggaaatgtcactgtgaacgcatcttctgcagatgatcctctgttccctttccttgttgaTATCTTTctttcttaaactttgttgctcag
 6.99 G6972175@J919743@j_at.+.chr15:42030844-42030994      tgaactaggaaaagatagcttggttaccattctcttctcccatttaaatctctccctttgcctcctctttctctcctgtcttttctttttatatacatattctcttctcaactgtcagtggaattatTGTCTTCctgtttccatattcag
 4.86 G7020186@J921131_RC@j_at.-.chr15:99654804-99654954   agtctgggtgtgagtgggccttggtattcatagtcccttctggtgtttacccagtagtgagtgaactccagccttgactttggcaaattccacgaatatgaagtctttacaaacagttgatggtaaggagtttgtgtTTCCTTTgtctag
 6.04 G7138543@J921328@j_at.+.chr16:4369680-4369830        gctcttagccgtgcaacaacgtgggaagtggagtctgagatgagagcaaagactggagtggactcagggctgtgccaatgctgtagggaaagggagaaagtcccagccatgacctctcattggcctcccTCTCTTAtctcactgctttag
 6.64 G6990278@J921938@j_at.+.chr16:31634004-31634154      gaaaaatctacaggcgtgctttgtacactgtgtgtacctgtaatggtcttggaactgtctcttattgtagcaccaattctatgcatcactgacaactattttctttgattatctttttattgcttgctctctggggactacTCTCTACag
 5.18 G7187550@J923324_RC@j_at.-.chr17:29744295-29744445   gtctagactacacatcaaaaactgtttcaaaaagaaaataactgtaatcagtactgatggcctttggtggagagtttgggtggctgatagaatgtgtggttttgtgcgcatgctcctcttgctcactaactcccactcctTCTCTGAcag
 6.79 G7003427@J924356@j_at.+.chr17:68413830-68413980      gagcattacgcttggtgtctaagatagcattgcatctgcgtaccagagacctgtcctgcacacaggtcttgtgtgtagaccacaggtcttcaaccgtagcgtgaatcccttggtaagTCTCTATctcccgctctttctcgatgctggcag
 6.55 G7003427@J924363@j_at.+.chr17:68427560-68427710      ttcagcatatgcctttgaatcctcccataatcgttgtgcctcggtgttaactgtgggggtagatttagctcgtaagtctacatcttgctactgctcatgcatgtcccacctcctttttgttttcGCCCTTCtgtgatttcccggggatag
 6.92 G6995877@J924815@j_at.+.chr18:24735867-24736017      aaaggagagagtcccaggaatagagttggttagttctaggcccttgtttcctttcattctgtaagaaattttggaatagttgtaaaagtctaggtccagtattctcagtgctgtatccaaggcacaccttactgactgtTATCTTCctag
 4.92 G7137886@J926032_RC@j_at.-.chr19:3655443-3655593     agtgaaaacagtcactagaataaagtttgagtcttctttggccagtaagcccagttaaaatgataatgtttgaccctccagaaaaagaaggttacaatgaagattcctgtgtgggcttgtcaaattctcattctgtatatTTTCTTTcag
 5.33 G7011234@J926633_RC@j_at.-.chr19:32492157-32492307   tatggttttccttcaaatggggcccttcttaaacaatgggcaatgttttattttgaccaaaagttagtttcttttacttaggtcagcttgctttctctcccaactttaatatatggttatttcctagtgactTTTCTGTgtctttttaag
 5.51 G7125552@J927684_RC@j_at.-.chr2:23231650-23231800    agataacttttaaaatgcatttgaaatagagctggataaaaacttaacataagttcagtaatataaatgtcaacctgtcctgtgagatacaacttacctagaattaaTTTCTACttttcccccctcttttttgtttttgccaacataaag
 3.55 G7116657@J927635@j_at.+.chr2:30350047-30350197       tgtcgaagctataacctgtctaatggagctgcccctgtgctgttcccatgcgccgatcttcctggggaagtatgatggcagagtgaggctctagtagctgagacatgttcatatcagttactgaattcttctTTCCATCtgtttttgtag
 6.62 G7053597@J928548_RC@j_at.-.chr2:71554818-71554968    gagaaactcaaaggtggcttctttttagctgtgtgttattgagagaacctagaaccctgtaggcaggcagttgtgtgcagctgtgcaggcacctacactccacaggagtgtggcatagggttctcactcatcaggcttTCCCTTCcacag
 4.62 G7027452@J928484@j_at.+.chr2:72024286-72024436       tagtatgtaggttttgtgttagtcttactaaccgtgtagttagttcttagttgtaaatagcgtgctagttagctgtttatggagtgcatttgcttgactaacttctgaccttttttactaatgcttcatggttGCCCTACaaccatttag
 1.98 G7035205@J928611_RC@j_at.-.chr2:74709244-74709394    gtgtgctaacagtagattgattgtcttatagtataagctggtgtttcactgctaatggtggttttacatgttgtggaaattgatatcctttatcagtTTTCTTTgatcaaattgaaaatcttaactatattttaaaactttttgccacag
 7.63 G7006030@J928689_RC@j_at.-.chr2:85513818-85513968    tgatgggctcccaagcttggttggtggtggcttgctttctgcactgcagtaaaaccacagaggacatctttggcgctggggattaacaattcttctgtcttctctgacctgtgatctttTCTCTTCtctcttctccgcccccctccctag
 6.36 G7023578@J928807_RC@j_at.-.chr2:92120099-92120249    catcttaaaagctgaaccccgggaacctgtgggataagcaggggctagatctagatgaagctgggcttgggcgtgactcaccaggctgtctctttctgtctcctttctttcctcttgctaccatgttccTCCCTGCtcacaaattggcag
 5.44 G7023578@J928812_RC@j_at.-.chr2:92125497-92125647    tcctcaaccctacccaaattaagatatcttggtatctcttagccaataatgctgtgtctgaaacggaatgagcatgggcggggtgattcctgtcctttgacaagtctgactttctgtcttTCTCTCCtgcttgcattgcatctggggtag
 4.74 G7013508@J929323_RC@j_at.-.chr2:121490234-121490384  cccccccaaattgggaggatagtttaaatgtgtctaggatgaagggaaagatagtctgctacattccagatgtaaaaacaaacactagaagaaagaagcacaagtaagaatttcattaaatccataatgacaaactgtttTTTCTTTcag
 6.43 G7039426@J929833@j_at.+.chr2:153507617-153507767     caggctgctttgcacgcagcaaagtggaaggacaggccatggaaccaagacagtggtgctctgtgctcctagggaaggctgactctagctttccctgatctcctcctctgcatctccttgttccgtctTCTCTGTctgtctctcacacag
 7.74 G7051170@J929944@j_at.+.chr2:156854574-156854724     ctcagaagaggccttttagctggggctagaccctcgtgctgaagcaggagtgtcagtcctccctcctcccatggatcttgctccatagatctcactgtgaagctctgaatctttgtTCTCTTCctcctctctccttcccccatgctgcag
 4.75 G7014264@J929997@j_at.+.chr2:158190691-158190841     gagaaaggaacggccttgacaggagctctggtctggtttaccatgtgtgtcctctgcttgtctgtctctctctctctctctctctctctctctctctctctctctcactcactgtcctttcttgattctcaaacctctTTCCTTTggcag
 5.97 G7029273@J930515_RC@j_at.-.chr2:171396087-171396237  ttaaaaaggtaagtattcccatgatgctttgtgggttgggagccatgagtgacacggcagtaactaattgtcacagtgtctggatatacagagaagacaagtgggtctgttttaaaagcgaaTCTCTAAgctgtgtctgatgttgtccag
 5.50 G7016439@J930495@j_at.+.chr2:175578867-175579017     agaaaagcgacctaaggattaaccgggaggatggtacgcaggactgtcaggttttcttacctgactgtttaaagatgcagagactgtgtgggttttgtatgaaattgcagtgccttgcagataggtgagctttcaatcTCTCTTTaaaag
 6.50 G7074049@J931273@j_at.+.chr3:88948811-88948961       tatggctatcagatagacagactatctagatatccttttgggccacaaagagcactctgctcttaggcaaatagggggactggggtggccatatgggaagggcaggagccatagcctgaaccttccttttggttttaTTTCTGCtcccag
 7.69 G7027520@J931922_RC@j_at.-.chr3:104126342-104126492  cataacttcctacagtcccttccagctgtgatcctctggctgtgttatcttccaccgtctgctcatacagcacgcgttcccagggacatctatgctaactgtactggtttgttttcacgtagtcctaggcttttTCTCTTCcttcttcag
 5.81 G7045192@J932067_RC@j_at.-.chr3:108920869-108921019  atcatgagaaaatcagctcagtctagatccaaaagaaaaaacttctgctgaatcaggaccgggttcttgtagacagaaacctgagcctagctctattctacacagtaattcaagcttttcTCTCTTTggctttgttttccttaactccag
 7.40 G7015108@J932346@j_at.+.chr3:137426947-137427097     ttgtctatgccaaaagccagcacttagacaaacattagttccccccccccacaccctcagttcctttgatcgtcactgacttgttctttagagttaagaaatcctcaactcattttctcattcattttgcaccccctttctTCTCTTCag
 4.92 G7009086@J932579@j_at.+.chr3:158147529-158147679     ttgcaggtgtggaaatgtaaactttgctaggagaaccagctgtaacagatgtggtcgaggtgagcgctgacagataattctcttaatactgtatatgcagatcatttctttatttcccaggatttatatcgagttctTGTCTGTttgcag
 6.56 G7106861@J933592@j_at.+.chr4:107132175-107132325     agctggtgcagccagtgaaggcctttgagaaagtgccgtaggcttttgctctgtacaccacctgcagttctttaaatgcttcctgtgaacatgtgcttgtgtgcttgtgtttgctgTATCTACtggttaattgtaatgattttgatccag
 6.43 G7094107@J933920_RC@j_at.-.chr4:115985276-115985426  agctgacccactctttctgtctgtgccccttcctcttgcccttcacctacagtcccttcagtgtcgaaccgcagaaccaggtgaccagaaagagggttcctgagctctgctcctgtcccattgttttcttttggtttgtttTCTCTGCag
 4.86 G7072884@J934125_RC@j_at.-.chr4:123572136-123572286  ccagggccaaatcgagcctcttccccatcctagcctgcccgctccttcctctcccatcctgccctcagagcatcctgcatggaaggcctcagtgccccccctggctcccgtctggcccggccctaatgccgtgTGTCTTTtcccctccag
 6.97 G7092563@J934518@j_at.+.chr4:135781431-135781581     ttcctttcatttgtctgactctgtcaaaccaatatccgtaagacacctgccctgaaaagccagcgtgcgagcacgtaaacatcaccagccaaggtccagttggactgatacttagtgtttTATCTTCttgctctttgatctcattcatag
 5.54 G7117774@J935049_RC@j_at.-.chr4:144650354-144650504  gtagtttttgtatgctctaatttaattggtcctttgaatcactaaaaagaactaaacctcttcttgtccctagaaagtgttctgatttccatttattctcgaggcttatcccatgttcctttTCTCTCCtttaaatgctttcgtttgcag
 6.79 G7138057@J934892@j_at.+.chr4:145030849-145030999     caccaagtgcaagcttgtatgcaggtgaactgtgtcccagcagtcaagggggactttggtctctggggcccatgttcggctgctccttgaaagcacagtgtgaaggccctaacctcttggtccTTTCTGCcgtctgtcttgcctttccag
 4.81 G7150822@J935803_RC@j_at.-.chr5:31966600-31966750    gccttgctgtccaggttggtcttccggctgctgcagctggacagggctaaggatatagcaaaaagtttcgctctcatgaagcgtcctggagtctgagttttagctggcctttgatggcgttttaacttgTCTCTTGtgtttgatttttag
 3.32 G7181518@J935699@j_at.+.chr5:33329107-33329257       atgtccagtatctgcacgtagcactgtcatcaaccataccgttgacagctgcccctgctgcatgctcttagccggctttatcctgtcttcttggttggtatttgtaaggctgggcctggtgtGCTCTGAtgactcagtttactgttgcag
 1.76 G6919881@J936079_RC@j_at.-.chr5:61666923-61667073    tttcacatcccggagccatgtgtctgccagagtcaatgtcgaagtaattacaaatgggattctcacagaaagtagattatttggcatggctatgggggtgtggtacataatgaaatcacacaccaatggcactaaattgtgTTTCCACag
 5.17 G7099206@J936090@j_at.+.chr5:64641340-64641490       ttttttaggtcttagaaaaacatagacttgttttactaaagtaaatcaaacatgaaaaaatgtttttttaatttttttaataggtaatattttaaaataggttttcttcttgctggtataactaacatttatTTTCTGTttatttttaag
 4.24 G7153846@J939317_RC@j_at.-.chr6:94460013-94460163    ctgaccggacgaataaactctctttgccctatgttaacaaatgaagattttttctttcttgttatagggaatctaaatgttgaactttttctctttctctctttctccttctctctgactgttcttggtgctgggcccTCCCTCCtccag
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