Improbizer Results

Improbizer will display the results in parts. First it will display the profiles (consensus sequences with the probability of each base at each position) individually as they are calculated. The position of a profile in a sequence is indicated by upper case. The strength of the profile match is indicated by the score on the left. There will be a delay during this phase as each profile is calculated. Second Improbizer will display all profiles at once over each sequence. Each profile has it's own color and the stronger the profile matches the darker it will appear in the sequence. Finally there will be a graphic summary of all the profiles at the end, using the same color conventions.

Looking for 2 motifs in 80 sequences. Longest sequence is 150 bases.

Settings are use location; don't include reverse complement; 1 occurrences per sequence; right align; restrain expansionist tendencies 6.000000; number of sequences in initial scan 1000; background model m2; background data bs.ms.mm2.cassette.skip_1.down.fa;

8.3356 @ 0.04 sd 1.00 GTAAGTG
	a  0.003 0.003 0.745 0.597 0.102 0.127 0.300 
	c  0.003 0.053 0.053 0.075 0.051 0.162 0.112 
	g  0.990 0.003 0.088 0.189 0.708 0.164 0.337 
	t  0.003 0.941 0.115 0.139 0.139 0.547 0.250 
 6.65 G6834971@J907359_RC@j_at.-.chr1:24259259-24259409    GTATAGTaatgttttccgcatgtgcattggtacagttcactgctagatgggcttcccctcacagtgctgtgagttaggaacaccagtagaattcatgttttgaatgatctccagggtaaaaaccaccacatgcattaagttattaaatct
 6.68 G6850160@J907675_RC@j_at.-.chr1:52778371-52778521    GTAAAAAtttctgccaaacctttaatggtgatttgctatgctgtatggtgattttgctttcaaaacacaattttatcttttaaagaccagtgttatagtgtaactgagaaagagatttgtaaatattatttctttgaagaccagtgatgg
 7.94 G6865744@J908096@j_at.+.chr1:83630158-83630308       GTAACTTtggagactttgattaccaaagaacacgcagacttgatggagcttgtattgtgcaggacatcatgatgcatgtcatagccgtgattatatttatgtatacgacttaggcctctgtagctttcccttagaagaaatgatgtgctt
 8.14 G6819323@J908687@j_at.+.chr1:137044783-137044933     GTATGAGcctgttttactcttaaccttcttacttcacgccctgcctggccctacagatcaccctccccgaccctcttgctagcatgagcagtgggccagaaccctaaggtggcagagaacagggggaggcattcaggcctggacacaaca
 9.67 G6820698@J908972@j_at.+.chr1:165102325-165102475     GTAGGTGcctgacttccctttccccaggaatgtcccctgtggcccggaacctgggtgtgccgaggcttcgtgtggctgccatttccctgcactatgctgcatgtccagcgtcacccgtgcttctcagattttgtttcccccgaatcatcg
 8.29 G6820594@J909190_RC@j_at.-.chr1:169393316-169393466  GTAGGGAcccagccaatatgccaccaggtggattcagtagagtgtaccagccttcagttttctcagcgtcctgctcctgtctggacagaaagaaggagaaagaaagggagggaaaggcagacaggcagtagtcaaatcaaatcagagtaa
 9.19 G6838319@J909406@j_at.+.chr1:186494983-186495133     GTAATTAaaagtgtagtgatgaccttttctcagaaaaatgggttaaaatcagagctcagtctgacgccttcatggtacgagaataagtttggtttcattgctgcctttcccctcttcatctgcatatttcatgcctgagacctaagccaa
10.20 G6813886@J909757@j_at.+.chr10:17982776-17982926      GTAAGTCaatcacttagcttgcttgtttgaaattaattttattaacccaatatccatcattatggtttttactgatatgcatgattcagtgtagtgcttagagggaaagttggcaggcctttggggttttttgggttttgtgggtttttg
 7.00 G6829755@J909798@j_at.+.chr10:20217634-20217784      GTGGGTGttagaaatctgtttcatttgatttgtgttgatttccaaacatcctaggggaatacatttcattcagaacagatggtcaccactatgagattttcattgtaacttgggcgaacattttttttttactatcattacttaaattgt
 7.76 G6868962@J910360@j_at.+.chr10:70033692-70033842      GTAATATgaaaacttctgctcttattctatccaaggtagactagatatcggatatgcgtggaaaagcttgcagcgggctcaggtgtgggaacagcctaaatgatcttgtgcctcttagccgatcctgaggtagagttagctttctttaac
 8.54 G6860927@J912087@j_at.+.chr11:29704923-29705073      GCAAGTTctttctgccagcctttcttctgtattctaactcactctaatgttaactcaacagagtactttgcatttactagaaatcaatgttgggccaagaatgttgtttttacaagagagacatggtcaggatttgattcataattgtaa
 6.91 G6891129@J912265@j_at.+.chr11:49591629-49591779      GTATTGAaatcttattaatgtcccccatcataattccagtaattaaaatggtactggaagggctggagagatgacttagcagttaagagcatttgatgctcttgcagaggacctgggtccagttcccaacaccctatgatcacacccaac
 8.51 G6899511@J912281@j_at.+.chr11:50554472-50554622      GTAAGGCccatgtcccaccgacaaccaacccagctccctttgtgaagtgctagcggccacacacagttgttgctccatatctgtgggatacaatgaattccatggattcaaccaactgtgtgtcgaaaatatttggggaaaaggattgta
 9.13 G6909490@J912863_RC@j_at.-.chr11:66343987-66344137   GTAAGCTaaaattttgatattctgttacttttttctcatatccatcttggtattgggaatgtgtccactgttgtttcaactaacagaccatggggattttgcactgaaagagcttccatttttcattctgttccttcccacccttagtta
 9.39 G6937358@J912962@j_at.+.chr11:71196750-71196900      GTTAGTGaggggctgctgggaagccctctgttccctgcctgcacctccgctggcaggcacccttcctcggtgttgcttctgcccaagccctactgcctcccctcatctcctcttctctgcaggactttgtgttgctcaaagagcggactc
11.22 G6928027@J915031_RC@j_at.-.chr11:117189310-117189460 GTAAGCGgtgcgactccccagccccatcctcccctccaaaacccggtgggtgaggttcccaggggaccagccctcaggacccactggggcggggcagaggggcagagggactgagttccttaaggatgccctcacctcccctggctccct
 8.22 G6928027@J915034_RC@j_at.-.chr11:117193606-117193756 GTAATCAccctgtgctcccccctcttccactgtgtgtctgtcgctcactcatcaggcagggcagagcctcccccaggagggccgtgggacagatcctacggggctgggtgggagtggcagacacccctgatacccctcaggcctcagcag
 6.59 G6910999@J915678@j_at.+.chr12:65574558-65574708      GTATTTTttttaaaacaaacagaaaactatggactggcatggtggctcagtatggaaaggtgcttgttgaacaagcctggcagttgaggtttacgctcggaacccacataaaggtagaaagagagaaccacttccacagagttgtcatcc
10.71 G6909211@J916434@j_at.+.chr12:107324695-107324845    GTAAGTGggatacctggatagtgaggatttgagaaagtcagtgctttggatagtaaactctccttcccatggtgcccagggtgatgggcacactttgttcaataccctggagatggtggactcatttcctcccaagtgccctgagtgaca
 5.06 G6884091@J917174_RC@j_at.-.chr13:54994075-54994225   GTCTGCActgcctttgagcatggaaataaacattctcggccctgcttcctttgcctctgtctcccatcttttgggtctggttatgttttgggtttgggatgctaaatggtttagacatggtataggtcccgcagcttgtttctcagtggg
 6.75 G6885622@J917196_RC@j_at.-.chr13:55051849-55051999   GTACTTTacataatttatttccttctgtcctcacaactctgtgaagtatggtgttattcccatttcataaattgagaaacctgagactcagaatttgagtaatactcaaaatactgaaatggcagaagagggatttgaacttagaacaat
 5.52 G6872544@J917571@j_at.+.chr13:93965564-93965714      GTACTGTataaaatatatagagtggacttgagtcttttttgctgtatttccgcctgcttgcccagttctaagcaattgattgggctacttgttttggttttgaattttaaatagtcacaaaggttaagaaggctttccttatctactaag
11.00 G6946480@J918038_RC@j_at.-.chr14:14227359-14227509   GTAAGTActtcggtttcatttatttgtatattttgtaaaaggtacatttgattaaagagcaaaaacagtgtggtggcttggactcaaggaagtggagaccggggttgtaattggctgttcacagaaactgcatgtagtgagcatgactgt
 7.00 G6933241@J918246@j_at.+.chr14:26357537-26357687      GTGGGTGacccctctactgcccaaggacagctgctctgagaagatgggctgggatgccctcatgtgccttctttttcacagattgatgaccagcgaaggacccacaactatgacgagtttatctgtaccttcatatccatgctggctcag
 8.54 G6924354@J919294_RC@j_at.-.chr14:94383209-94383359   GTGAGTTaactgtaaggaacaataagcatgttccaggtgtctcagcatgtgcaacaggattgacattgtatttgaggctttgcttagagttaagaaactgaaaagttactgggggaaaactctgtgcaaagtgctgcagttgcgtttccc
 1.56 G6972175@J919743@j_at.+.chr15:42031075-42031225      GTGCCCCcttctgtagtttaaactcctttggagattaaatgctccttgtttttagtgtcctttctcaagacaaatctcacattagaaggatttgccttgaatgaaacactaaaataagccaccaggaaattcctgtcttgaagaatggtt
 9.23 G7020186@J921131_RC@j_at.-.chr15:99654417-99654567   GTAAGGGcaagctgaggggaggcaggcaaggccttcccttcccaggcaggttcatacacctctcgggcttcagagagagtgtctgtttaactttggcaggtgctggagctgccgtttgcccacctgccctggccctctgatgggggaact
10.71 G7138543@J921328@j_at.+.chr16:4369880-4370030        GTAAGTGccatcctggccaccaccctgtagcctgggaactggagcaggcagtggtaaggcagaatgttctagaaaaaggccagcccattaggaccctcaagaacctgccagcacaggctagggtgcctgcatggagacccttgccacaga
10.71 G6990278@J921938@j_at.+.chr16:31634188-31634338      GTAAGTGatcaaaatactcccaagttgttttaacctcctaccgtatgcagggacactgaggttcacagtggggcctttctggcctgaggaggtgtgtgctttagatggtttttaacaaacttgggatttctacctccgtgatacaatttt
10.71 G7187550@J923324_RC@j_at.-.chr17:29743933-29744083   GTAAGTGtataataataataatggttattcttattattacttatatttaagtcatgtgggaagcagtggtgtttcctatgaaaaatatgggactcaagtataccaagtggaatccagtgtctagacttgtcacttcctgagaaatccccc
 6.12 G7003427@J924356@j_at.+.chr17:68414016-68414166      GTAGAAAactaaagatctggcgacccccgcccctcccaccagaccagtgtgtgataaaccattgtctgccaggtgtcttccgcatgctccctcttggttaccatgccaacagcgtgccgaatggcgtttgtccccgtgactaccgtgtcc
 8.98 G7003427@J924363@j_at.+.chr17:68427827-68427977      GTAAGAGgtggaacggatcctccaggctttgcctctgtggcatgtagcatggggcacttccctcccatcctttgcctgatccgccctctcctccgttccctcactggcacatgtggggctggctagcaagaagatggagaactggtttgt
 7.59 G6995877@J924815@j_at.+.chr18:24736084-24736234      GTCAGTCtgaagttttactagatgtgaacatgatggggacaagtttgttttagttcagaaaggcagcctttcctgctttagtttctaagttttctttgtgggctacattgcctgctgtcccacattgtctaacaaaacttagaaagtttt
 7.99 G7137886@J926032_RC@j_at.-.chr19:3655236-3655386     GCAAGTCcataactttttttgcacattaataaaaagaaaaatgttaagaaagaggctgtagctgaggatgaggtgggaatcttttattgccccacatttcttaaaatggaaactaactactagtccgtcctttctctactgaagagttgc
 8.14 G7011234@J926633_RC@j_at.-.chr19:32491832-32491982   GTATGAGgacagcaggggtgaggagggtggtaggggtgaaggccatgcttcctgtgccagcaaagactgtttacccaagctgagattgtaaatgtaaaacttgggtggccattccttgctgcagcttttcaatatcaagcctgaaaatct
 8.98 G7125552@J927684_RC@j_at.-.chr2:23231485-23231635    GTAAGAGacattacttatcgtttgatccacagtacttcctctatgttgacagaggctgcagagtcactaaaatgtgaaaacttgtctgtctgcttttctctgtaggatttatatagattaaatatgcttaaacttagatcacatcagcag
10.76 G7116657@J927635@j_at.+.chr2:30350212-30350362       GTAAGTTtttcacacttttaagagttctagatatttgagctctgggatttatgttctactctgtagagtactgttactgtggttacatctggtccactggtgtctgttcatccgtcatcagtctaatccccagtcactccatccaagtgt
11.22 G7053597@J928548_RC@j_at.-.chr2:71554599-71554749    GTAAGCGgtagctgccctgtagcatcagttcacagtttagtgttcagatgagcacatgtgtactgagacctgtaaaacagtttagttctaaaccaagtggagttaaacacaaaacaactatcaagaatatttttagtttatttcttctgg
 5.82 G7027452@J928484@j_at.+.chr2:72024496-72024646       GTATTGCatagatttattacattccctctttaataattaatttcttttttgtgaaactgtcctaatattactttgccgtagtttctaacattgtgtctagttaagaattataatttactgtaaaaaccttatttatcattttataattaa
 9.67 G7035205@J928611_RC@j_at.-.chr2:74708997-74709147    GTTAGTAtatgcttttattaatggcttatataatatttcacccagaatgtgcacaattttgtgtattctctgtaaatactatagtctggtgatagtccaattgcttcatttacagtaaatgttagcaacatgtatttacccattacattt
 6.12 G7006030@J928689_RC@j_at.-.chr2:85513379-85513529    GTAACCCtctctcctttagacctgcaggtaggacattggcatggtcacaactgaggcctatatatccttagtgagatactactggccctgggctgtccagtgcttatacttcacgatgaactgttccagggatattataaatgctgatta
 8.01 G7023578@J928807_RC@j_at.-.chr2:92119886-92120036    GTAACTGcctttctttgtgtgatgtgctcatccctcctcctggggaggggcaaggcctcacgtggaggtctctggggtcggaggcaaaatgtattagatctgggagaaaggtttggtttccattgctctgaaatttggaatgaccttgtt
 9.26 G7023578@J928812_RC@j_at.-.chr2:92125293-92125443    GTAAGGAatgaatgccccttcctgtcccccagtctcccatacctgccaacttcccaggcccaaattggggcaggctccctttgtcagccccactccaaatttgttcttgggtggtatttggaggaagagttgaaaagacaggtcagagac
 6.06 G7013508@J929323_RC@j_at.-.chr2:121487915-121488065  GTGTGTGcctctcatacctgtccttggcttcttttaaaggttaccacacattggccttgattaaaaccaagttcttgttcaacttaaattaaacttgtgccaaaaatacccattgtagatgtctgctttaattcagtattaagcactggc
 7.53 G7039426@J929833@j_at.+.chr2:153507967-153508117     GTAGGGCagatgttccagccttagtggaaagtgagggaatgtcactgggctggtggcaggaaggggctggtggcaggaagcagctcttcacaaccatccgtacttgctgcccagagtctcggtcccactattctcttctgctctccagca
10.71 G7051170@J929944@j_at.+.chr2:156854739-156854889     GTAAGTGgccctgcccccagggaggccaagcccccacttctgaggcagcctgccctcctggaatggggaggtttggatgggtccgggatgtatctttgaggtggggttcctcacagcaggtagttgggactagaagatgggatgaaattg
 7.25 G7014264@J929997@j_at.+.chr2:158190889-158191039     GTAAAGAtgaagggcgactcgtcccagaggcaggctccctcccaccttgtccacatcatgcatgccagttactgtcctgtttccacccacttgttcctccccaccactccctctaccagggtgaattcagaggctgttttaaacttgtta
 6.13 G7029273@J930515_RC@j_at.-.chr2:171395799-171395949  GTCTGTAtctcctcacaccaggaggaaagaggaccctgttcttcactctgctgcctaggatccagtgcctactggcccctccgcccctagccttccgtgcctgtgatcagcaagcaggaactgaagatgctgaggcctgaaatttgggca
 8.50 G7016439@J930495@j_at.+.chr2:175579062-175579212     GTAGGCAcattcaaaaacagaaaactcttctaacaaacaaaacaaacatgaagaccatagcgggggaaactgaggacacagactggggaacaaagcagagatcatcccagggccatcagccatcttggtgtgcatttgcaaatgacgtgt
10.71 G7074049@J931273@j_at.+.chr3:88948982-88949132       GTAAGTGcagctaagatgttaacagtgtctttgagttccagctttgcccagtgttattcagtctgtagcatgagtttatgtacctgtcttctccctgtgtgtttaatgtggttgtcaggagctgtgcatagagctgagtgggatactaag
 8.23 G7027520@J931922_RC@j_at.-.chr3:104126101-104126251  GTAAATTtgcatgtcttttaaatcacttctttcattttctttttaattaaaatgatgctattaaatacatctgtttctgtcttctgcactttttcaatctccctttgacattaaatttgacagcctaacaaccacattttggttaccaca
 6.63 G7045192@J932067_RC@j_at.-.chr3:108920647-108920797  GTCAGGTtgtaagctcctctcttaaacccagtctccagagccgggcgtggtggcgcatcccttaatctcagcactcaagaagcttaggcaggctctgtatgttcgaggccagcctgatctatctagtgtgttccaggacagccagaccta
 8.23 G7015108@J932346@j_at.+.chr3:137427127-137427277     GTAAATTggccagtcccctttctgttgtgcctgcaacagacaagggctctgctgggtgtattcatttttttttttatttgctgtagcttgtacagagtgtgtgggtgttgggctaacagttgtggctcagtattaaccaaaatgttcttg
 9.05 G7009086@J932579@j_at.+.chr3:158147788-158147938     GTATGTGcttcagattgctgtctgttactgcaacaacatgatgaactcttgctaattatgtgacaagatgctatgccatattgatccaaacattcattggtcttaggctaactatagtaaaagggaaattttaagtggtatctttcaggg
11.00 G7106861@J933592@j_at.+.chr4:107132507-107132657     GTAAGTActgtgactgggctgtttggggaaaatcttttcatttatagtttgaagagtttcaaggatttcttcatagtcttccaaattttcatcattttatcaatatactaaaaattatcttttatccttcccccaagcaaaacctctgtt
 9.43 G7094107@J933920_RC@j_at.-.chr4:115985093-115985243  GTTAGTTttcaaagttcccacattggtttggggacactttggcttcagtgtgtctccactcttctacttcctcacgtctccccactttctccttgcccttttccccttgcctttatcccttccctccccttccggcgtctcccttctctc
 8.98 G7072884@J934125_RC@j_at.-.chr4:123571875-123572025  GTAAGAGaaggctcagccttccccctccagagccccttatagccagccccccgagagctcagcaagaatactcatccctggagctctccctatgactccaggtccagccctgctctattccacccagggctctgtgccctttaggggagc
 8.71 G7092563@J934518@j_at.+.chr4:135781697-135781847     GTAAATGctgacagtgaaggcagcaagcaactcttaggcagcccatgtcagagagcatggcagcttggcgtgacctaggtgtcattatgagcagataagacatggatttcgtaatccagcccttcagggttcagttggctcagctcttgc
 9.18 G7117774@J935049_RC@j_at.-.chr4:144650186-144650336  GTACGGTggggatggtcacgctgaactagcttagtgataagctctatggctttaatactttcagaggataaatagggcatgagttagaatagaaccttccaaaaggtttttctttttctttttcttttttttttttttggctttggaatt
 6.72 G7138057@J934892@j_at.+.chr4:145031056-145031206     GTTGATGgatcaccccacccccacccgcattccccattcactatagcgtttcctttaaagatgagacgttgatccattccacatgtcgcatgagatgagcagattgcatttcgaccccagacaccatttcagctgcttgcctgcattgag
 8.24 G7150822@J935803_RC@j_at.-.chr5:31966257-31966407    GTTGGTAggggttgccaagtgaagccatctctgcaaaggaactacaggagggacttgggttgcaaagttaggcagactgacctgtggctgatgactgtgggatgcctgaggaatgtgcttggtgtttgcaggctgccttggtcagcagtc
 6.07 G7181518@J935699@j_at.+.chr5:33329344-33329494       GTACTCActgccctgtcctcgcctacctattggtccgcagtgctcttctcccctccctcccccaagtagctcccctctactgctccatcttagttactgaagcacttgataaggacctctgagactgtagagaaggtgtgctccgaccgt
 8.00 G6919881@J936079_RC@j_at.-.chr5:61666638-61666788    GTTGGTTataattttgtggttcttgttgtagcctctggtatttccctgtggcttcacatggctgggtgtattaattacatcattggcttctggtgcctagcaacaatcactttgtgaaactcaataatgtgcatactacatgaagaaaat
 8.79 G7099206@J936090@j_at.+.chr5:64641584-64641734       GCAAGTActtttttctgtatcaaaatattgtgcttattaaaatttgtctgaaacactgagtcagtgtaaccctgagccatccatctataaaattcatggaaggtaattttattggtttagggtatattgcagtttttaaaatgataaatt
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 7.14 G7180187@J940332@j_at.+.chr7:3471410-3471560         GTAATGCtgtgcctcgctgctcctggtcagctgggagagagcctgggtctcgagaggacttagaaccattagtctgcatgatttcaaagctgccccctcccttcctctttgttctttcttgccaagaggctcctaatttaaaagcttagc
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