Improbizer Results

Improbizer will display the results in parts. First it will display the profiles (consensus sequences with the probability of each base at each position) individually as they are calculated. The position of a profile in a sequence is indicated by upper case. The strength of the profile match is indicated by the score on the left. There will be a delay during this phase as each profile is calculated. Second Improbizer will display all profiles at once over each sequence. Each profile has it's own color and the stronger the profile matches the darker it will appear in the sequence. Finally there will be a graphic summary of all the profiles at the end, using the same color conventions.

Looking for 4 motifs in 57 sequences. Longest sequence is 150 bases.

Settings are use location; don't include reverse complement; 1 occurrences per sequence; right align; restrain expansionist tendencies 6.000000; number of sequences in initial scan 1000; background model m2; background data mm2.control.gold.down.fa;

8.2844 @ 0.00 sd 1.00 GTAAGT
	a  0.003 0.003 0.731 0.593 0.125 0.177 
	c  0.003 0.055 0.038 0.106 0.072 0.124 
	g  0.990 0.003 0.107 0.177 0.714 0.177 
	t  0.003 0.938 0.125 0.125 0.090 0.523 
 6.47 G6834971@J907359_RC@j_at.-.chr1:24259259-24259409   GTATAGtaatgttttccgcatgtgcattggtacagttcactgctagatgggcttcccctcacagtgctgtgagttaggaacaccagtagaattcatgttttgaatgatctccagggtaaaaaccaccacatgcattaagttattaaatct
 7.32 G6850160@J907675_RC@j_at.-.chr1:52778371-52778521   GTAAAAatttctgccaaacctttaatggtgatttgctatgctgtatggtgattttgctttcaaaacacaattttatcttttaaagaccagtgttatagtgtaactgagaaagagatttgtaaatattatttctttgaagaccagtgatgg
 8.46 G6865744@J908096@j_at.+.chr1:83630158-83630308      GTAACTttggagactttgattaccaaagaacacgcagacttgatggagcttgtattgtgcaggacatcatgatgcatgtcatagccgtgattatatttatgtatacgacttaggcctctgtagctttcccttagaagaaatgatgtgctt
10.52 G6845409@J908514_RC@j_at.-.chr1:120494383-120494533 GTAAGTttaagcagttacctttcatttcttgtagtttttctttgtgtccattatataaagcccttttttatttaatgagttttagtattttttaattagattcaattttttttttttttttgcctgttaaactttctttgggattttagg
 8.28 G6820594@J909190_RC@j_at.-.chr1:169393316-169393466 GTAGGGacccagccaatatgccaccaggtggattcagtagagtgtaccagccttcagttttctcagcgtcctgctcctgtctggacagaaagaaggagaaagaaagggagggaaaggcagacaggcagtagtcaaatcaaatcagagtaa
10.52 G6813886@J909757@j_at.+.chr10:17982776-17982926     GTAAGTcaatcacttagcttgcttgtttgaaattaattttattaacccaatatccatcattatggtttttactgatatgcatgattcagtgtagtgcttagagggaaagttggcaggcctttggggttttttgggttttgtgggtttttg
 7.16 G6829755@J909798@j_at.+.chr10:20217634-20217784     GTGGGTgttagaaatctgtttcatttgatttgtgttgatttccaaacatcctaggggaatacatttcattcagaacagatggtcaccactatgagattttcattgtaacttgggcgaacattttttttttactatcattacttaaattgt
 7.65 G6868962@J910360@j_at.+.chr10:70033692-70033842     GTAATAtgaaaacttctgctcttattctatccaaggtagactagatatcggatatgcgtggaaaagcttgcagcgggctcaggtgtgggaacagcctaaatgatcttgtgcctcttagccgatcctgaggtagagttagctttctttaac
 8.24 G6860927@J912087@j_at.+.chr11:29704923-29705073     GCAAGTtctttctgccagcctttcttctgtattctaactcactctaatgttaactcaacagagtactttgcatttactagaaatcaatgttgggccaagaatgttgtttttacaagagagacatggtcaggatttgattcataattgtaa
 9.22 G6909490@J912863_RC@j_at.-.chr11:66343987-66344137  GTAAGCtaaaattttgatattctgttacttttttctcatatccatcttggtattgggaatgtgtccactgttgtttcaactaacagaccatggggattttgcactgaaagagcttccatttttcattctgttccttcccacccttagtta
 9.34 G6937358@J912962@j_at.+.chr11:71196750-71196900     GTTAGTgaggggctgctgggaagccctctgttccctgcctgcacctccgctggcaggcacccttcctcggtgttgcttctgcccaagccctactgcctcccctcatctcctcttctctgcaggactttgtgttgctcaaagagcggactc
 5.59 G6926528@J913333@j_at.+.chr11:78136170-78136320     GTACCCacacctgttggctgcaggctgtgacgtttgggtgggggaggcttggtgtgtgacctcggggtctcatctccctgagccccctgcatgcttgggaggcaaccagcaggggccaggccatccctcatgtctggcctctctcctccc
 9.72 G6875109@J916256_RC@j_at.-.chr12:94625320-94625470  GTAGGTatctgctttccctgtagcttccccacggctttgcatgggaggcccctagacgcctgtcccctccctctaggagtccagtagtgctttgaccgacaggagggacacaagccgccctccgacacagtgaacactggagctagctgc
10.52 G6909211@J916434@j_at.+.chr12:107324695-107324845   GTAAGTgggatacctggatagtgaggatttgagaaagtcagtgctttggatagtaaactctccttcccatggtgcccagggtgatgggcacactttgttcaataccctggagatggtggactcatttcctcccaagtgccctgagtgaca
 6.96 G6885622@J917196_RC@j_at.-.chr13:55051849-55051999  GTACTTtacataatttatttccttctgtcctcacaactctgtgaagtatggtgttattcccatttcataaattgagaaacctgagactcagaatttgagtaatactcaaaatactgaaatggcagaagagggatttgaacttagaacaat
 6.99 G6963012@J918087_RC@j_at.-.chr14:15858854-15859004  GTGAGCcttgcctgcccacccaccctccacttcatgctgcttgtgcccgcctgccagccatgcagacccattctgccatgtgcgtgtgcgtcactcatcctcactgcatgtctgtgctgtgtgggcaggtgtggcctgtcctgccaggcg
 8.28 G6924354@J919294_RC@j_at.-.chr14:94383209-94383359  GTGAGTtaactgtaaggaacaataagcatgttccaggtgtctcagcatgtgcaacaggattgacattgtatttgaggctttgcttagagttaagaaactgaaaagttactgggggaaaactctgtgcaaagtgctgcagttgcgtttccc
 3.06 G6972175@J919743@j_at.+.chr15:42031075-42031225     GTGCCCccttctgtagtttaaactcctttggagattaaatgctccttgtttttagtgtcctttctcaagacaaatctcacattagaaggatttgccttgaatgaaacactaaaataagccaccaggaaattcctgtcttgaagaatggtt
 9.31 G7020186@J921131_RC@j_at.-.chr15:99654417-99654567  GTAAGGgcaagctgaggggaggcaggcaaggccttcccttcccaggcaggttcatacacctctcgggcttcagagagagtgtctgtttaactttggcaggtgctggagctgccgtttgcccacctgccctggccctctgatgggggaact
10.52 G6990278@J921938@j_at.+.chr16:31634188-31634338     GTAAGTgatcaaaatactcccaagttgttttaacctcctaccgtatgcagggacactgaggttcacagtggggcctttctggcctgaggaggtgtgtgctttagatggtttttaacaaacttgggatttctacctccgtgatacaatttt
10.52 G7187550@J923324_RC@j_at.-.chr17:29743933-29744083  GTAAGTgtataataataataatggttattcttattattacttatatttaagtcatgtgggaagcagtggtgtttcctatgaaaaatatgggactcaagtataccaagtggaatccagtgtctagacttgtcacttcctgagaaatccccc
 6.65 G7003427@J924356@j_at.+.chr17:68414016-68414166     GTAGAAaactaaagatctggcgacccccgcccctcccaccagaccagtgtgtgataaaccattgtctgccaggtgtcttccgcatgctccctcttggttaccatgccaacagcgtgccgaatggcgtttgtccccgtgactaccgtgtcc
 9.31 G7003427@J924363@j_at.+.chr17:68427827-68427977     GTAAGAggtggaacggatcctccaggctttgcctctgtggcatgtagcatggggcacttccctcccatcctttgcctgatccgccctctcctccgttccctcactggcacatgtggggctggctagcaagaagatggagaactggtttgt
 8.24 G7137886@J926032_RC@j_at.-.chr19:3655236-3655386    GCAAGTccataactttttttgcacattaataaaaagaaaaatgttaagaaagaggctgtagctgaggatgaggtgggaatcttttattgccccacatttcttaaaatggaaactaactactagtccgtcctttctctactgaagagttgc
 7.96 G7011234@J926633_RC@j_at.-.chr19:32491832-32491982  GTATGAggacagcaggggtgaggagggtggtaggggtgaaggccatgcttcctgtgccagcaaagactgtttacccaagctgagattgtaaatgtaaaacttgggtggccattccttgctgcagcttttcaatatcaagcctgaaaatct
 9.31 G7125552@J927684_RC@j_at.-.chr2:23231485-23231635   GTAAGAgacattacttatcgtttgatccacagtacttcctctatgttgacagaggctgcagagtcactaaaatgtgaaaacttgtctgtctgcttttctctgtaggatttatatagattaaatatgcttaaacttagatcacatcagcag
10.52 G7116657@J927635@j_at.+.chr2:30350212-30350362      GTAAGTttttcacacttttaagagttctagatatttgagctctgggatttatgttctactctgtagagtactgttactgtggttacatctggtccactggtgtctgttcatccgtcatcagtctaatccccagtcactccatccaagtgt
 5.93 G7027452@J928484@j_at.+.chr2:72024496-72024646      GTATTGcatagatttattacattccctctttaataattaatttcttttttgtgaaactgtcctaatattactttgccgtagtttctaacattgtgtctagttaagaattataatttactgtaaaaaccttatttatcattttataattaa
 9.34 G7035205@J928611_RC@j_at.-.chr2:74708997-74709147   GTTAGTatatgcttttattaatggcttatataatatttcacccagaatgtgcacaattttgtgtattctctgtaaatactatagtctggtgatagtccaattgcttcatttacagtaaatgttagcaacatgtatttacccattacattt
 8.46 G7023578@J928807_RC@j_at.-.chr2:92119886-92120036   GTAACTgcctttctttgtgtgatgtgctcatccctcctcctggggaggggcaaggcctcacgtggaggtctctggggtcggaggcaaaatgtattagatctgggagaaaggtttggtttccattgctctgaaatttggaatgaccttgtt
 9.31 G7023578@J928812_RC@j_at.-.chr2:92125293-92125443   GTAAGGaatgaatgccccttcctgtcccccagtctcccatacctgccaacttcccaggcccaaattggggcaggctccctttgtcagccccactccaaatttgttcttgggtggtatttggaggaagagttgaaaagacaggtcagagac
 8.28 G7039426@J929833@j_at.+.chr2:153507967-153508117    GTAGGGcagatgttccagccttagtggaaagtgagggaatgtcactgggctggtggcaggaaggggctggtggcaggaagcagctcttcacaaccatccgtacttgctgcccagagtctcggtcccactattctcttctgctctccagca
10.52 G7051170@J929944@j_at.+.chr2:156854739-156854889    GTAAGTggccctgcccccagggaggccaagcccccacttctgaggcagcctgccctcctggaatggggaggtttggatgggtccgggatgtatctttgaggtggggttcctcacagcaggtagttgggactagaagatgggatgaaattg
 5.59 G7029273@J930515_RC@j_at.-.chr2:171395799-171395949 GTCTGTatctcctcacaccaggaggaaagaggaccctgttcttcactctgctgcctaggatccagtgcctactggcccctccgcccctagccttccgtgcctgtgatcagcaagcaggaactgaagatgctgaggcctgaaatttgggca
 8.30 G7016439@J930495@j_at.+.chr2:175579062-175579212    GTAGGCacattcaaaaacagaaaactcttctaacaaacaaaacaaacatgaagaccatagcgggggaaactgaggacacagactggggaacaaagcagagatcatcccagggccatcagccatcttggtgtgcatttgcaaatgacgtgt
 8.73 G7027520@J931922_RC@j_at.-.chr3:104126101-104126251 GTAAATttgcatgtcttttaaatcacttctttcattttctttttaattaaaatgatgctattaaatacatctgtttctgtcttctgcactttttcaatctccctttgacattaaatttgacagcctaacaaccacattttggttaccaca
 6.50 G7045192@J932067_RC@j_at.-.chr3:108920647-108920797 GTCAGGttgtaagctcctctcttaaacccagtctccagagccgggcgtggtggcgcatcccttaatctcagcactcaagaagcttaggcaggctctgtatgttcgaggccagcctgatctatctagtgtgttccaggacagccagaccta
 8.77 G7009086@J932579@j_at.+.chr3:158147788-158147938    GTATGTgcttcagattgctgtctgttactgcaacaacatgatgaactcttgctaattatgtgacaagatgctatgccatattgatccaaacattcattggtcttaggctaactatagtaaaagggaaattttaagtggtatctttcaggg
10.52 G7106861@J933592@j_at.+.chr4:107132507-107132657    GTAAGTactgtgactgggctgtttggggaaaatcttttcatttatagtttgaagagtttcaaggatttcttcatagtcttccaaattttcatcattttatcaatatactaaaaattatcttttatccttcccccaagcaaaacctctgtt
 9.34 G7094107@J933920_RC@j_at.-.chr4:115985093-115985243 GTTAGTtttcaaagttcccacattggtttggggacactttggcttcagtgtgtctccactcttctacttcctcacgtctccccactttctccttgcccttttccccttgcctttatcccttccctccccttccggcgtctcccttctctc
 9.31 G7072884@J934125_RC@j_at.-.chr4:123571875-123572025 GTAAGAgaaggctcagccttccccctccagagccccttatagccagccccccgagagctcagcaagaatactcatccctggagctctccctatgactccaggtccagccctgctctattccacccagggctctgtgccctttaggggagc
 9.53 G7117774@J935049_RC@j_at.-.chr4:144650186-144650336 GTACGGtggggatggtcacgctgaactagcttagtgataagctctatggctttaatactttcagaggataaatagggcatgagttagaatagaaccttccaaaaggtttttctttttctttttcttttttttttttttggctttggaatt
 6.46 G7138057@J934892@j_at.+.chr4:145031056-145031206    GTTGATggatcaccccacccccacccgcattccccattcactatagcgtttcctttaaagatgagacgttgatccattccacatgtcgcatgagatgagcagattgcatttcgaccccagacaccatttcagctgcttgcctgcattgag
 8.24 G7049941@J935311@j_at.+.chr5:14765577-14765727      GCAAGTatttccttgttgctcaatttctttctgtttagtacacagcattttcactaatattttcattcctattggatactatcctctgtgcttcacagttgctagaatttcctccatgacttcctgaaagttggcagcagaacagggcag
 5.92 G7100590@J936246_RC@j_at.-.chr5:76920880-76921030   GTACAGtaacagtctacctagtttgggaattggttattaaatggcaagtgcccgttccagagttcttcaaggaaagcgaatttaaaagcctaaatgaaatagccacgggcacattcaggttacacaccagggggaaaaaacctgtggcat
 8.77 G7110767@J938459_RC@j_at.-.chr6:32949699-32949849   GTATGTgtgtatcttaattaaccttagcatatatttagcaaataagtaaaaagtagcaaattattaccatgctgtgttagggttttactttgtgaactgataccatgaccaaggcaactcttttttttttttttcattagatattttctt
 6.97 G7153846@J939317_RC@j_at.-.chr6:94459774-94459924   GTTTGTagctcaatcaatactaggtgtttctgtgctgtggcctcatttcctcattgcttctgcttagctctatcttggtatgtttggcaattcattctgagcaccctgccttctttgaattgtaagtacatagctgacctgttgaagtgt
 7.07 G7155252@J939653_RC@j_at.-.chr6:120417369-120417519 GTGAGAaacagctttccttaattatgggaatgattttcgcttgttttcatgtttcattctccgtgctcacttcacatcttctctgtacagccatgaactccctagtgtgctctctgctccttttattttcacatgactcttgtgtggatt
 7.32 G7148033@J939983_RC@j_at.-.chr6:131996868-131997018 GTAAAAtgcacctgagactcctcagcagtcctcacccttcatccttctctgcctcctcctcctcctccttcaactccagctatcagaagtaacacattgcttattgcttgcagcttcctgtgctaccaaagctgaggcaaggcccacgcc
 7.40 G7180187@J940332@j_at.+.chr7:3471410-3471560        GTAATGctgtgcctcgctgctcctggtcagctgggagagagcctgggtctcgagaggacttagaaccattagtctgcatgatttcaaagctgccccctcccttcctctttgttctttcttgccaagaggctcctaatttaaaagcttagc
 8.01 G7193738@J944098@j_at.+.chr8:24285353-24285503      GTTGGTagcaatgccctctgccctatcccactcctccaactttgctagtttgaaagggaggcgggcttcccctccatgatcccgcccctactctgcttcagaactgccgcccactaacattgctccctgcccgctgcgtggcttggcgct
 8.01 G7178708@J946283_RC@j_at.-.chr9:31282879-31283029   GTTGGTttgtcaaagacgttccttaagacctccattccttctcacttccccagtgtgttggaagtttcattttatgtttcataccaccatctgactctccccgcctcatttcttcagccatggctgtgagtggagctagagtagccctgc
 8.28 G7201980@J946815@j_at.+.chr9:59179263-59179413      GTGAGTaggaggcagtcctgtgcttgattgagtgttttcctgaagaggttcagacatctggaccagttgtagtaacaactgtttctttgatgtaggcgtggcttgggtcattgtggagtgaattgcagtttacactataaatatagagtt
 9.22 G7206860@J946828@j_at.+.chr9:60181010-60181160      GTAAGCgatactctctggctaccttgactctctttatagtgcatctatttgtgaacacacgatctgtgctgtctcttcccccatcatgagtacatggtctttatcagcaccttctcaaatcatggatacacaatctgtctctatttcctt
 6.53 G7183237@J947161_RC@j_at.-.chr9:72508240-72508390   GTACTAtttcatttagatggtgccttttttgtgtgtttcaattacttataacgtcccttactcatttaaatgatcaagctgtacagactccaacactgagcattgcagctcttgtagcagtgtgtagaagtagacttttgtcttgtttat
 9.22 G7223440@J947227@j_at.+.chr9:80864792-80864942      GTAAGCttaatgaaattagaacatggatgtagcagtaaaatatcagcttatttgctttgaatattaccctgaattggagttcatcactaaagcttactatttaatgacaggaaaccgattaataatacgttgcaatattttggtatgtgg
 9.72 G7265051@J948464_RC@j_at.-.chrX:10670933-10671083   GTAGGTatccctttgttttcctctaaggtttatctttatgcaaaagtgtttggctctgcatggttcataattggcttgactttttccatggctgcttgtgtttagatgtttaaaagtgaattttaacactgtctgaccataaaataaaaa
5.0571 @ 66.20 sd 30.58 CCTTCCT
	a  0.055 0.003 0.280 0.003 0.038 0.175 0.021 
	c  0.730 0.767 0.038 0.003 0.714 0.785 0.212 
	g  0.211 0.055 0.142 0.003 0.141 0.003 0.038 
	t  0.003 0.175 0.540 0.990 0.107 0.037 0.730 
 4.96 G6834971@J907359_RC@j_at.-.chr1:24259259-24259409   gtatagtaatgttttccgcatgtgcattggtacagttcactgctagatggGCTTCCCctcacagtgctgtgagttaggaacaccagtagaattcatgttttgaatgatctccagggtaaaaaccaccacatgcattaagttattaaatct
 3.98 G6850160@J907675_RC@j_at.-.chr1:52778371-52778521   gtaaaaatttctgccaaacctttaatggtgatttgCTATGCTgtatggtgattttgctttcaaaacacaattttatcttttaaagaccagtgttatagtgtaactgagaaagagatttgtaaatattatttctttgaagaccagtgatgg
 4.97 G6865744@J908096@j_at.+.chr1:83630158-83630308      gtaactttggagactttgattaccaaagaacacgcagacttgatggagcttgtattgtgcaggacatcatgatgcatgtcatagCCGTGATtatatttatgtatacgacttaggcctctgtagctttcccttagaagaaatgatgtgctt
 4.00 G6845409@J908514_RC@j_at.-.chr1:120494383-120494533 gtaagtttaagcagttacctttcatttcttgtagtttttctttgtgtCCATTATataaagcccttttttatttaatgagttttagtattttttaattagattcaattttttttttttttttgcctgttaaactttctttgggattttagg
 6.61 G6820594@J909190_RC@j_at.-.chr1:169393316-169393466 gtagggacccagccaatatgccaccaggtggattcagtagagtgtaccagccttcagttttctcaGCGTCCTgctcctgtctggacagaaagaaggagaaagaaagggagggaaaggcagacaggcagtagtcaaatcaaatcagagtaa
 6.28 G6813886@J909757@j_at.+.chr10:17982776-17982926     gtaagtcaatcacttagcttgcttgtttgaaattaattttattaacccaatatCCATCATtatggtttttactgatatgcatgattcagtgtagtgcttagagggaaagttggcaggcctttggggttttttgggttttgtgggtttttg
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 5.16 G6868962@J910360@j_at.+.chr10:70033692-70033842     gtaatatgaaaacttctgctcttattctatccaaggtagactagatatcggatatgcgtggaaaagcttgcagcgggctcaggtgtgggaacagcctaaatgatcttgtgcctcttagcCGATCCTgaggtagagttagctttctttaac
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